智化殿後，是一座黑琉璃筒瓦庑殿顶重楼。同一座建筑上下层异称:下层名叫“如来殿”，上层名叫“万佛阁”，该楼是智化寺内最高建筑。如来殿面阔五间，东西约19米，南北12．6米，四抹斜方格菱花隔扇。门上悬华带匾，上书“如来殿”三字。殿正中设八角形木制须弥座，上奉释迦牟尼佛。佛前二立侍，左持拂麈筐者为梵王，右持宝杵者为金刚。大殿两侧有高大精美的曲尺形经橱。如来殿佛像背後有东西二梯通楼上万佛阁。楼上面阔三间，拱券式门窗，门上悬匾，上书“万佛阁”。门外周边有廊，围有宝瓶木质护栏。楼上供有三尊佛像，中间为目比卢遮那佛，左供有卢舍那佛，右供有释迦牟尼佛。依据经书所说，此三佛分别是释迦牟尼佛的法身、报勇、应身。两层山墙是，置有佛龛近万，内置小佛九干余尊，“万佛阁”之名即由此而来。

　　从史书碑记来看，智化寺从明正统十一年建成一直到清康熙时期，寺中香火一直很兴盛。到了光绪年间智化寺由盛而衰。1900年，“八国联军”攻进北京，侵入智化寺，拆毁墙垣，封闭佛殿。至民国年间，据1929年北平庙宇登记，智化寺当时有土地26亩。房屋l99间，铜佛像七尊，泥像木像71尊，宝鼎一座，铜钟二口，铁钟一口，大小鼓七面，铛子一对，九音锣一副，铜钹、铸各一份，有僧八人。此时智化寺已靠出租房屋来维护寺院生计。日伪统治以後，竟在智化寺万法堂办起啤酒厂。1957年，智化寺定为北京市第一批文物保护单位，1958年市改府拨款修整智化寺，1961年，智化寺被定为第一批全国重点文物保护单位，1986年，国家文物局拨款全面整修智化寺。1990年，智化寺被北京市文物局定为私人收藏文物的展览窗口。