广州六榕寺早在南朝宋代(420一479年)已建有佛殿，称广州宝庄严寺。王勃《广州宝庄严寺舍利塔碑》有明确记载。梁大同三年(537年)，内道场沙门昙裕法师奉命出使返至广州，因病淹留宝庄严寺，修书表示“愿居此刹”，得到诏许并筑舍利塔，塔下痉藏自海外求得之佛舍利。王勃《碑记》写道:“夫宝庄严寺舍利塔者，梁大同三年内道场沙门昙裕法师所立也......仍分舍利、俾宏真福。”

　　唐永徽元年(560年)，舍利塔再次示现瑞象。王勃《碑记》中追述:“是岁也(650年），忽於宝塔重睹神光:玉林照灼，金山具足，倏来忽往，类奔电之舍云;吐焰流精，若繁星之转汉;倾都共仰、溢郭同窥......。”宝庄严寺上座宝轮和尚借重各级地方官(其中有皇族成员、广韶等州都督李燧)之力重修寺塔。上元二年(675年)十一月，王勃往交址省亲，途经广州，此时宝庄严寺舍利塔已经修葺一新，僧素都仰王勃大名，对他传说本寺史略及此次修塔因缘，请他撰写重修碑记，王勃慨然命笔。

　　公元971年，南海王刘龚称帝，国号大越，都广州，次年改国号汉(史称南汉、越汉)，年号乾亨，升广州为兴王府。南汉历代君主虔信佛教，宝庄严寺易名长寿寺，作刘氏宗室女修道之所，塔仍称舍利塔，每於上元、中秋佳节登塔燃烛悬灯(号曰“赛月灯”)以兆丰年。

　　南汉(917-971年)灭亡时，长寿寺“寺塔均毁、胜迹荡然”。宋端拱(988一989年)初，修葺寺院，铸造禅宗六祖惠能(638-731年)铜像。端洪二年重修，称净慧禅寺，此时宝塔仍在湮没中。

　　宋元祐元年(1036年)，本寺住持德超和尚、驻锡此寺弘法之名僧道琮和尚、南海郡人前任凤翔府宝鸡县主簿林修以及信士王衢等众檀越，共议重建宝塔。绍圣四年(1097年)六月三日，新塔落成，塔壁佛龛供奉贤劫千佛等圣像，自此称千佛塔。

　　宋元符三年(1100年)，苏轼来净慧寺留题墨宝“六榕”二大字，後寺僧榜诸山门，世间遂有“六榕寺”之称谓，但那时是俗称而已非寺名也。当时此寺有六株古榕，九口古井，至今尚存“吊碑井”於南墙外侧。清光绪元年(1875年)，继咸同年间修建殿宇之後，重修千佛塔亦告竣工，此时撰《重修六榕寺佛塔记》，净慧寺始正式易名为六榕寺。

　　清初，“环寺驻防”之清兵目睹千佛塔色彩斑斓，以其远东习俗称谓呼之曰“花塔”，故净慧寺亦曰“花塔庙”。民国重修时，“为通俗计”，在公函、募捐告示和《碑记》中悉称“花塔”，於是成为正式命名沿用至今。

　　南朝始创之大殿位於今仓前街以北数十米处。梁朝昙裕法师在大殿前(南)赠筑舍利塔。唐初重修宝庄严寺舍利塔时，“光合玉庑、栋宇绵邈”。寺院规模由此可见。宋、元以至明初，净慧寺“横直绵亘实逾二里”，其时寺址:东面包括广东迎宾馆之地和将军东、将军西、六榕路，北面拥有仓前街、稻谷仓、石马槽，西至福泉街、福泉二巷、三巷、净慧街，南达中山六路。明洪武六年(1373年)，净慧寺院大半改为永丰谷仓，洪武八年，住持僧愈坚和尚於塔东改建觉皇殿，自此，山门东向，一塔两殿的基本格局维持到清初。乾隆五年(1740年)，寺僧“广购近地”、建造禅堂、斋堂、僧寮、客舍、仓厨、园圃，是谓“中兴”。鸦片战争後，寺院东部原平南王府之部分旧址被占为英国领事馆(今广东迎宾馆南偏)。民国十年(1921年)，市政府拆城筑路，在六榕寺东部先後辟建花塔街(今六榕路)和净慧公园(今广东迎宾馆)，以致山门再往後退与天王殿相连，寺院范围再次缩小。而今占地面积不足八千平方米塔、殿、堂、楼、阁、廊、舍等建筑总面积4350平方米。此外，东北距寺院三公里处之白云山柯子岭，尚有一片面积为4315平方米的祖师墓塔杯，1996年辟建为墓圆。

　　六榕寺建筑有山门、花塔、大雄宝殿、观音殿、六祖堂、藏经阁、补榕亭、祖师墓圆等。

　　宋代广州净慧寺山门在今中山六路，明初割寺之半为永丰仓，山门亦在被割之列，洪武八年(1375年)在千佛东重建觉皇殿，改后山门东向。民国十年(1921年)起，广州市政府拆城筑路，在六榕寺东辟花塔街(今六榕路)，明初所设山门又退缩与天王殿相连。花塔是一座四角形的六层木塔。

　　南朝始创建的大雄宝殿坐北朝南，塔在殿前。此殿保存到明初，洪武六年(1373年)割寺之半为永丰仓时被割去。洪武八年住持僧愈坚建觉皇殿(在今塔东)，六榕寺即以此殿为大殿，正中门额挂着长形木刻匾“觉皇宝殿”，明清年间数次重修，清光绪三十年(1904年)，获皇帝赏赐匾额“清修忠悃”，悬在殿梁上.

　　明初净慧寺仅存千佛塔与观音殿，昔日殿址在今之说法堂。重建的观音殿1988年2月10日竣工，新殿坐落在六祖殿前榕荫园之东，建筑面积220平方米，高11米，以清代风格为基调，并糅合南方殿宇特色。

　　藏经阁在寺内解行精舍旧址东面。明代中叶净慧寺分为八房，此处是北堂所在地。绍圣元年(1094年)，苏轼(1036－1101年)贬谪惠州途经广州，但因净慧寺正在重建宝塔，未能到寺。元符三年（公元1100年)获赦北归复至广州，都转运使程怀立等官员迎到净慧寺设斋接风，逗留广州月馀，多次流转於擎天宝塔和六株古榕之下，并应寺僧恳请，留题“六榕”墨宝，从此成为六榕寺独具特色标志。