天井正面的建筑，可以说是全国独特的。从庭院向上看，正中四根立柱架起一重飞檐，檐上一个悬空亭阁，东南西全部落地窗。这就是全国闻名的沉香阁的阁，赵朴初居士为之题额为“南海飞渡沉香大士宝阁”。登两侧的楼梯而上，立即可闻到芳香馥郁，到此方是真正的沉香阁。虽然名称为阁，实际上，阁只是凸出向外的十乎方的小阁，放几把明式单背的椅子和高脚花几而已。
　　阁的后面的就是一个观音殿，上面张挂着绣有“南海宝筏飞渡沉香大士”的欢门和四条风幡。正面一个大佛龛，龛前一张明式楠木大供桌，明黄色瓷五供具，恰到好处地陈列在供桌上，二尺高的缕空香炉内，飘出缕缕檀香味。佛龛两侧有铜制伽蓝神和两童子像。佛完内供的就是沉香观音。这尊沉香观音，又名如意观音。观音呈坐像，原高三尺，是用特别名贵的沉香木雕就，故而得名。屈右足于坐上，右肘倚于右膝上，左手支撑于座上，头微右侧，作凝思状，花冠缨络，庄严慈祥。传说，据《隋书》记载，隋大业四年(608)，隋炀帝派大臣常骏出使南方国家，赐赠中国工艺品等礼品，赤土国回赠沉香观音一尊，常骏回到长安，正值隋炀帝巡游扬州，常骏等从淮河乘船赶往扬州，途上遇风翻船，沉音观音沉落淮河。直至明代潘允端发现后，奉回上海，建阁供于此处。据说原来每逢雨天，沉音芳馥四溢。可惜“文革”之中不知去向。
　　现在的沉香观音，是由沉香阁住持观性法师1990年专程去泰国，从泰国募集到一段极其珍贵的真正的沉香木，价值一万多美元。运回上海，配以上等檀香木，照原样放大重雕而成，其神态和工艺水平，不逊于原像。阁的楼下为慈云堂，里面装修、布置简洁古雅，正中北壁一长几、一八仙桌、两张靠椅，两侧各四张靠椅，居上空地一张园拼桌，四个鼓形园凳。全部明式红木所制，无桌围椅披，高雅而有气度；所有摆设，不过是左右各一座黄梨木独幅屏风，红木长几上一大理石插屏和一对花瓶而已。正面壁上一幅彩描观音中堂和两副对联，分别由赵朴初居士和真禅法师所撰书：
　　赵朴初所撰为：
　　花海沉思洞明自性；
　　旃檀香风恒可众心。
　　真禅法师所撰为：
　　无我无人观自在； 
　　 非色非空见如来。
　　慈云堂西面是贵宾接待室。东面是方丈室，现沉香阁住持为观性法师。观性法师，现已85岁高龄，现任中国佛教协会常务理事，上海市佛教协会副会长，曾任南市区人民代表、区政协委员，又兼慈修居住持。由她带领这两个比丘尼道场的六七十比丘尼和二十多位佛学院尼众班学尼熏休修持。