至相寺，其创始及位置已如前述。普安法师崇重《华严》，创建者青彡渊法师亦以义学称著。至相寺从一开始便是弘扬华严学的重镇。隋代，高僧智正曾至此从青彡渊研习《华严》；华严宗的初祖法顺、二祖智俨、三祖贤首国师法藏都曾在此研习、弘扬《华严经》义。至相寺实际上是华严宗的发祥地。后人只是因为法顺寂后葬于樊川北之少陵原华严寺才称此为祖庭，这其实是欠确切的。真正的祖庭应当是至相寺。
　　净业寺，位于终南山北麓沣峪口内柳林坪(昔名清官村)后庵山上。始建于隋末。唐初，道宣律师常住此寺，潜心研习弘扬律学。麟德二年(665)，奉诏于此寺内创设戒坛授戒。因此寺地处南山，故道宣律师依《四分律》而创立的律宗亦称南山宗。师寂后，门徒于寺后峰起舍利塔供养，今寺后石崖间仍有其静修遗址。寺东南又有唐代诗人白居易衣冠冢。
　　丰德寺，位于终南山北麓沣峪口东山坡上。北周武帝灭法时，此地乃禅僧智藏隐居之所，开皇三年(583)正式定居于此。文帝以其道望隆广，多所施赐，并诏以所住寺为丰德寺。唐贞观十六年(642)至十九年，道宣住此，撰成《比丘尼钞》3卷(今作6卷)，后一度参与玄奘译场工作。贞观二十年，复返丰德寺，将前作《四分律删补随机羯磨》1卷扩充为2卷，将《羯磨疏》2卷增为4卷。永徽二年(651)，又将《四分律比丘含注戒本》及此戒本《疏》进行增订。至此，南山律宗宗义大备，而丰德寺成了他完善本宗理论的重要场所。寺院今存，为尼寺。
　　百塔寺，位于终南山天子峪至鸟鸣坞。开皇十四年(594)，三阶教创始人信行和尚入寂后葬于此，因成塔院。后代僧人慕其德行，死后亦多建塔于此。唐大历六年(771)，正式更名百塔寺，宋以后称兴教院。明代秦藩重修，国初尚存残破砖城、北门城楼、照壁，残垣内有3所寺院，各有堂殿、僧舍，残垣西北方有砖塔一座，方形、13层；东南方有舍利塔数10座。由此尚可见出当年院宇的规模。百塔寺今为一小院，尚有香火。信行所创立的三阶教由于执着“末法”思想，与封建统治阶级的欲望产生矛盾，先后于隋开皇末年、武后圣历二年(699)、玄宗开元十三年(725)被敕禁或限制，但从若多僧人慕名随葬的情况看，它在佛教徒中的地位还是相当高的。作为三阶教在隋代长安城中的五所寺院即化度寺、光明寺、慈门寺、慧日寺和弘善寺早已无存，百塔寺因此而更具历史价值。
　　香积寺，位于终南山北子午峪口外数里处。据《隆禅法师碑》载，唐永隆二年(681)，净土宗的创始人善导和尚入寂，弟子怀恽为其崇灵塔于神禾原。“其地前终(南山)峰之南镇，后帝城之北里”。“歌钟沸出，移上界于阴门；泉流激洒，比连河于阳面”。又于塔侧“广构伽蓝，莫不堂殿峥嵘，远模忄刃利；楼台岌山业，直写祗园”。环境清幽，寺宇雅致。王维有诗云：“不知香积寺，数里入云峰。古木无人径。深山何处钟?泉声咽危石，日色冷青松。薄雾空潭曲，安禅制毒龙。”寺院建成后，不仅成了净土宗祖师的塔院，而且成了弘扬净土宗的中心道场，怀恽、净业相继充任寺主，继续弘扬净土教义。由于善导正式创立了净土宗，香积寺也因此成为本宗的祖庭。
　　古代长安在一个相当长的历史时期里曾经是中国佛教的弘传中心，终南山山水如画，又距帝京不远，因此，这里的佛寺比其它任何一处名山都多，人谓“长安三千金世界，终南百万玉楼台”，“一片白云遮不住，满山红叶尽为僧”，这是最恰当不过的比喻了。据志书记载，迨至明代，仅户(同雩阝)县一地便有佛寺千余所之多，而且几乎是“无地不寺，无寺不奇”。长安县境乃神居帝里，寺院之多不亚于户。这偌多的寺院好大一部分即在终南山中，除上述祖庭、中心寺院外，比较重要的还有：
　　西段的太白山中，昔有九林寺，是9大寺院的总称，9寺之中今存铁佛寺。相传这里是北周武帝灭佛时禁锢关西僧人的地方。此外又有不少僧人因避祸或隐修来至山中结茅，既有汉僧，亦有胡僧，唐代诗人岑参有《太白胡僧歌》云：“闻有胡僧在太白，兰若去天三百尺。一持《楞伽》入中峰，世人难见但闻钟。窗边锡杖解两虎，床下钵盂藏一龙。草衣不针复不线，两耳垂肩眉覆面。此僧年几哪得知，手种青松今十围。心将流水同清净，身与浮云无是非。商山老人已曾识，愿一见之何由得。山中有僧人不知，城里看山空黛色。”经过历代营建，山上寺院达数十座，由此构成了太白山独特的古建筑群，这些寺院多用铁瓦覆顶，佛像多为铁铸或木雕。如今，由远门口登山，于海拔1060米处有下坂寺、上坂寺；由营头口登山，于海技2000米处有菩萨山(俗称大殿)，往上又有平安寺、明心寺、向阳寺等。由太白山向东渐次有骆峪寺，原为隋大业间(605—617)高僧道哲潜隐之所，后又“营构禅宇，立徒策业，教以正法，训以律仪”，寂后葬此。黑水峪内之仙游寺，始建于开皇二十一年(即仁寿元年，601)，初时亦宫亦寺。隋文帝第一次下令在全国建数十座舍利塔，仙游寺占其一，此塔至今犹存，名法王塔，方形7级，高31米。咸通元年(860)分而为三寺，现留一寺，位于黑水南岸。这里山环水绕，到处是茂林修竹，甘泉飞瀑，加之薄雾缭绕，古洞幽奇，素有“洞天福地”之谓，此处古今皆为山水胜地。唐代诗人白居易曾住此写成不朽名篇《长恨歌》。如今，寺院已将毛泽东手书此诗中之一段及臧克家的跋文镌刻成巨碑供游人观尝。田峪内之神田寺，高僧僧照于周武灭法时避祸於此，独处幽居，“高步松苑，顾影与心，相娱自得”。至隋初，佛法大兴，僧照乃于田峪立神田寺，养徒纵业，名振谓川。
　　终南山中段户县境内无论于古于今都是佛寺最多的地方。其中，栗峪口西有明阳寺，本隋甘泉宫旧址，唐时改为佛寺，清代方毁于火，今仍存石碑、铁钟、舍利塔数座。栗峪口东慈云山山腰有大悲寺，创建年代不详，今寺内尚存清代石碑三通。直峪口的新兴寺，明洪武年间(1368—1398)始建，今存。皂峪、谭峪分水岭南端的九华山寺，因此地九峰相连，故名，周围茂林修竹，有12佳景。山下阿姑泉村有弥陀寺，寺内有唐代石佛像一尊，此两寺均建于唐代。西圭峰之阳面有圭峰寺，圭峰宗密禅师住持草堂寺时曾来此坐禅。其山阴有重云寺，五代后梁开平五年(911)京兆僧智晖创建，时有叠云祥出于众峰间，故名，后唐明宗天成五年(930)改名长兴寺。其西之牛头山下有金峰寺，唐代高僧一行和尚曾住锡此寺，今寺内塑有一行立像。西圭峰东山脚下及太平峪口有太平宫寺，隋文建宫，大业未改为佛寺，以法藏(俗姓荀，颖川颍阴人)名望，补为上座。直至贞观时，太平峪内山水奇绝，殆非人境。唐高祖、太宗都到过太平宫寺游历避暑。由太平峪口入山，经重云寺下院、入长啸洞、过虎溪、凤池，然后可达云际寺。此寺创建于魏武之始，因寺在山巅，山峰孤高，白云缭绕，故又称云际寺，今存古迹“风月楼”，楼外有“北瞻帝阙三千里，南望圣唐百二区”对联，楼内有“晓行先见红日起，晚步独披淡秋风”对联。此寺在唐代颇负盛名，与新罗求法僧有着密切关系。在紫阁峰山阴，除昔日由“大寺”分出的4寺外，还有高冠峪东侧小圭峰(或称东圭峰)上的圭峰寺，宗密禅师寂后曾于此荼毗。高冠峪西侧