曹洞宗最为显著的思想是理事、正偏的兼带回互。它的思想渊源，远可以追溯到《华严经》、华严宗，近可以上溯到石头希迁。关于华严的理事无碍思想，请参《禅宗思想渊源》之《〈华严经〉、华严宗与禅宗思想》章。 希迁的禅风圆转无碍，时人称为“石头路滑”。其五言偈颂《参同契》，借用东汉末年炼丹方士魏伯阳著作的名字，展开各种思想的会通：
　　竺土大仙心，东西密相付。人根有利钝，道无南北祖。灵源明皎洁，枝派暗流注。执事原是迷，契理亦非悟。门门一切境，回互不回互。回而更相涉，不尔依位住。色本殊质像，声元异乐苦。暗合上中言，明明清浊句。四大性自复，如子得其母。火热风动摇，水湿地坚固。眼色耳音声，鼻香舌咸醋。然于一一法，依根叶分布。本末须归宗，尊卑用其语。当明中有暗，勿以明相遇；当暗中有明，勿以明相睹。明暗各相对，譬如前后步。万物自有功，当言用及处。事存函盖合，理应箭锋拄。承言须会宗，勿自立规矩。触目不见道，运足焉知路。进步非远近，迷隔山河固。谨白参玄人，光阴莫虚度。《洞山悟本录》
　　《参同契》中，“参”意为参差不齐，指世间万法分殊，各守其位，互不相犯；“同”，意为万法虽殊，同归真如；所谓“契”，则是二者的统一。具体说来，心、物有别，内、外有别，理、事有别，但这些分别，归根结蒂，不过是体用之别，从本质上看是一体的。石头的《参同契》，就是既要分辨出它们的不同，又要辨明它们的契同，达到理事圆融。
　　“竺土大仙心，东西密相付。”石头在一开始就强调《参同契》所颂的是佛陀的心法。佛陀将涅槃妙心传付给迦叶，历经二十七祖，传至达摩。达摩东渡来华，禅宗遂开始了“东西密相付”的历史。“人根有利钝，道无南北祖。”在传授禅法的时候，由于人的器根有利钝愚鲁的不同，所以悟道也有顿、渐不同，由此生起了北宗的渐修和南宗顿悟的差别。但就求道悟道而言，并没有高下之分，所以不能有南宗、北宗的门户之见。
　　“灵源明皎洁，枝派暗流注。”“灵源”，指心、理，即本体。“枝派”，指物、事，即现象。自心自性，即是万法之源，光明皎洁，但它并不是单独的存在，而是显现在一物一事之中。树木有千百条枝干，河流有千万条支流，但树木的根部只有一个，河流的源头只有一个。“灵源”正像树木的枝干、河流的枝派一样，流注在万事万物之中。虽然物、事只是个别，只是殊相，只体现了真如的一支、一脉，但真如却暗暗流注于其中，所以它们同样是真如的全体。理、事虽有体用之别，却是一个统一体的两个侧面，二者不能偏废，更无高下之分。
　　“执事原是迷，契理亦非悟。”“理”是渗透在千差万别的现象界事物中的理体；“事”则是被法性渗透的现象界中千差万别的事物，属于用的范畴。执着于千差万别的某一现象界事物是迷，仅仅体会了寓于事物中的理体也是迷。换言之，执着于事相而求法求道是迷妄，执着于契理而不识事相差别同样也是迷妄。只有理事融通，才能无所执着。
　　“门门一切境，回互不回互。”宇宙间万事万物就是“门门一切境”，它们的关系是既回互而又不回互：“回互者，谓诸根境互相涉入，如帝网珠也；不回互者，谓诸根境各住本位，未尝混杂也。虽互相涉入，而实各住本位；虽各住本位，而实互相涉入，此非意识之境。”永觉禅师《洞上古辙》卷上《参同契注》，收于《永觉元贤禅师广录》卷27，卍续藏第125册。 　“回而更相涉，不尔依位住。”事理之间尽管界限分明，但我中有你，你中有我，互相依存，互相作用，同时又保持其独立的个性。事与理虽然彼此相依相涉，却各有分限，互不淆杂。
　　“色本殊质像，声元异乐苦。”明确了理事关系的基本原则之后，还要深入了解万法殊相，从纷繁复杂的森罗万象来悟入理体。“色”大约相当于物质，凡是我们的六根所能感受得到的，都可纳入“色”的范畴。“色本殊质象”，是说我们的六根所感受的现象界事物的本来面目，与六根依缘六尘而生的六境是很不相同的。这是因为我们习惯于从一己的立场来看待世间万物，由此而产生对事物表象的虚妄认识，与色尘的本来面目大相径庭。同理，“声元异乐苦”，人们的耳根所依缘声尘而生的耳识，与声尘的本来面目差之千里。“暗”与“明”的关系犹如理与事、体与用的关系，“暗合上中言，明明清浊句”是说，在本体上似是符合上中根机的言句，放在体用的角度去看，却又是清浊分别见之境了。
　　“四大性自复，如子得其母。火热风动摇，水湿地坚固。”构成色法的地、水、火、风四大要素，火性暖，风性动，水性湿，地性坚。由于四大和合的原因，使其自性不能显现。只要透过四大和合的一切现象界事物而见到四大的自性，就会在用中见体，如同因子而见其母。“母”与“子”，就是体与用，也是共相与殊相、一般与个别、理与事、心与物。
　　“眼色耳音声，鼻香舌咸醋。然于一一法，依根叶分布。”人们认识外物，眼根所对为色尘，耳根所对为声尘音声，鼻根所对为香尘，舌根所对为味尘 咸醋，身根所对为触尘，意根所对为法尘。六根执着于六尘。如果洞知五蕴本空，六尘非有，则佛道自成。站在权宜方便的角度上看，有四大、六根之分；站在根本的立场上看，世间纭纭万法都是由真如之根所派生出的枝叶。
　　“本末须归宗，尊卑用其语。”明确了体用关系之后，就可以灵活地运用禅机了。“本”就是心性，性理；“末”就是万物，事相。在运用机锋之前，首先要把所涉及的理、事的内涵、性质辨析得准确清晰，然后要分清二者在这段机语中的主从、轻重关系。
　　“当明中有暗，勿以明相遇。”这里的“明”、“暗”，有两层含义：其一，事相显豁为“明”，性理深奥为“暗”。当学人悟道处在用中有体时，作为师父不能单纯地从用的角度去接引他；“当暗中有明，勿以暗相睹。”当学人悟道处在体中有用时，作为师父也不能单纯地从体的角度去接引他。其二，明白的语言称为“明”，含蓄的语言称为“暗”。“当明中有暗，勿以明相遇”是说对明白显豁的道理，不要以明对明，流于浅薄；“当暗中有明，勿以暗相睹”是说深奥的道理，应当注意语言的通俗易懂，不要以暗对暗，流入晦涩。“明暗各相对，譬如前后步。”理与事、明与暗各自相对待而又统一于真如之体，如同人在行走时两足有先有后，不可偏废。
　　“万物自有功，当言用及处。”世间万法各有其功用，学人当明其“用”与所用之场合。世间万法纷然，既不能妄立一法，也不能妄废一法。