一直以来，日本的佛教学研究都是以“宗学”为中心，即佛教各宗派的研究活动皆围绕自己宗派的祖师的思想而展开，这虽然在客观上促进了佛教学的发展，但由于研究内容的局限性和研究方法的固定化和单一化，这种研究有其根本缺陷。最大的问题在于，日本的佛教并不是各宗派祖师的思想所能涵盖的，所以以祖师思想为中心的“宗学”即使成果颇出，也并不能真实反映日本佛教的全部。实际上，如果我们转换一下视角，不是从祖师的立场，而是从普通信众的立场来审视日本的佛教就会发现，人们到寺庙参拜，并不是或者主要不是为了学习祖师的教义，而是为了在盂兰盆会等特定的日子祭扫建立在寺庙的先祖的墓地。日本的佛教，或者说民众的佛教是与祖先崇拜紧密联系在一起的。日本佛教寺院的根本特征，是作为“菩提寺”，供人们祭祀自己的祖先。

　　日本寺院的这一特征，形成于中世纪后期的末期，即16世纪到17世纪前半期。在此之前，佛教与丧葬礼仪等基本上没有交涉，而在应仁之乱（1467-1477）之后，各村落共同体竞相修建寺院，以供养去世的父母或近亲，从而掀起寺院建造的高潮。这一过程，同时也是官属的五山派禅宗寺院衰退、而非主流的林下派（具体而言即临济宗的大德寺派、妙心寺派以及曹洞宗）取得飞跃发展的时期。但在这一过程中，林下派并没有对五山派进行彻底否定，相反在礼仪和拈香的法语方面，对五山派多有继承。

　　在参禅的形式方面，这一时期形成了独特的“密参禅”，即要参禅宗的公案，无须“遍参”，只须得到师傅密传的口诀，即可嗣法。记载密参禅的文献资料，称为“密参录”。在近代临济宗的白隐禅和曹洞宗的卍山道白、面山瑞方的禅法兴起以后，“密参禅”隐没到了历史之中。铃木大拙在《日本公案禅的传统》一文中，称幻住派的“密参禅”为“变态禅”，痛加贬斥。但如果我们不仅仅把禅理解为禅僧的参禅办道，而是把普通的禅宗信众的信仰生活也纳入我们考察的视野，那么我们就会发现，“密参禅”的盛行，恰恰与禅宗寺院数量的爆发式增加、丧葬礼仪导入佛教的时期相一致。要更准确地评价中世纪的日本佛教，需要研究视野的开拓和研究方法的更新。