明末政治腐败，加重了士人背离道学，向佛教的倾斜。及至明亡，抗清复明而又独具见识的士人，有相当一批归于佛教，如戒显、澹归、药地、蘖庵、担当、大错，及明宗室八大山人石涛等，均出家为僧：未出家者，也借佛教义学阐述自己的理论体系，包括方以智（1611—1671）、黄宗羲（1610—1695）等。
　　清自道光，国家衰势已定。殖民主义的侵略，开始唤起民族的觉醒。一批先进的文人，也把佛教义学作为可以挽救国家民族的精神武器。龚自珍（1792—1841）从佛教“业报”学说引申说道：“人心者，世俗之本”，心力所至，足以“报大仇，医大病，解大难，谋大事”，据此而言，“天地人所造，众人自造，非圣人所造”。这种不依靠“圣人”，而要求“众人”以自有心力创造天地的呼喊，无疑潜在着某种革命的因素。其后经魏源（1794—1857）到康有为，尤其是谭嗣同、梁启超，继续实发挥佛教的主观战斗精神，宣传悲天悯人的忧国忧民之思，鼓动不怕牺牲，团结奋进的宗教热情。居士佛教成了中国近代民主革命思想中的一个不可忽略的环节。
　　与此相应，居士佛教对于佛典的搜集整理和义理的探究，也有新的发展。这类居士在清初有宋文森、毕奇、周梦颜、彭绍升，以彭绍升（际清，1740—1796）最著名。他广读大小乘经论，信仰净土，撰有《屠士传》、《二林居集》、《行居集》等。晚清刻印佛经成风，郑学川在苏州、常熟、杭州、如皋、扬州等地设置刻经处；杨文会（1837—1911）则创金陵刻经处，影响尤大。
　　杨文会号仁山，安徽石埭县人。他由受学《起信论》、《楞严经》入佛，募款重刻方册藏经和佛菩萨图像。光绪年间，随外交使团数次出国到伦敦、巴黎，结识日僧南条文雄（1849—1927）。回国后，与南条互相交换两国所缺佛经，刻印流通。光绪二十一年（1894），在上海会晤来自斯里兰卡的达磨波罗（1864—1933），对“印度摩诃菩提会”发起的复兴佛教运动表示赞同，又与日本、朝鲜佛教复兴运动相呼应，着手在中国实施振兴佛教的计划，包括编撰佛教教材、创办学校、搜集和刻印佛经等，1901年，他捐出私宅作刻经处；1908年，在刻经处成立祇洹精舍，教授僧俗学生；1910年开办佛学研究会，每周讲经一次，听者踊跃。随其从学者，除谭嗣同就义之外，居士欧阳渐建支那内学院，发展义学一途，尤以法相唯识影响于当时的思想界；僧太虚与陈元自、章太炎等创“觉社”，成为中国“佛教复兴运动”和推动佛教西渐的主力；熊十力则另辟溪径，创“新唯识”论。欧阳渐弟子吕澂，长期主持支那内学院，对当代中国的佛学建设贡献良多。
　　4.喇嘛教
　　17世纪初期，喇嘛教已传至关外。清太宗（皇太极）开始与西藏达赖喇嘛五世（罗桑嘉措）建立关系，互致问候。入关不久，顺治帝遣使去西藏问候达赖、班禅，达赖和班禅也派人到北京朝贺。顺治九年（1652），达赖五世率班掸代表应请入京，清廷封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇但喇达赖喇嘛”，有意让他成为藏蒙两地喇嘛教的领袖。回藏后，达赖五世用从内地带回的金银，在前后藏新建黄教寺庙十三所。康熙继位后，继续遣使迸藏看望达赖、班禅，带去贵重礼品。1682年，五世达赖死后，据有天山南北的蒙古准格尔噶尔丹，与掌握西藏政权的巴桑结嘉措相勾结，东图青海蒙古和硕特部，北攻漠北蒙古。1688年，漠北蒙古由哲布尊丹巴率喀尔喀部归清。此后，各世哲布尊丹巴均受清廷册封，成为统治外蒙古的主要支柱。康熙三十年（1691），封章嘉喇嘛为“呼图克图”，灌顶普慧广慈大国师，总管内蒙古佛教事务。当西藏上层为争夺六世达赖职位而斗争不已的时候，康熙五十二年（1713），遣使封五世班禅罗桑耶歇为“班禅额尔德尼”，为黄教树立另一领袖，以便分权统治。五十九年（1720）派兵两路进藏，册封格桑嘉措为达赖六世。次年，废除第巴职位，设立四噶伦管理西藏地方行政事务。雍正亦重视喇嘛教，他在即位的第三年（1725），将其前住的潜邸改为雍和官，至乾隆九年（1744），立为喇嘛教寺庙，成为国都喇嘛教的中心。在雍正、乾隆年间，喇嘛教在内地相当流行。藏密经籍的翻译也有所开展。
　　清王朝对藏地佛教的支持，是它整个统治政策的组成部分。入关之前，清统治者采用满、蒙联合的手段对付明王朝。入关以后，为了巩固统治，清帝室根据满、蒙、藏民族相似的文化、宗教、历史背景，力图用喇嘛教激发他们共同的思想感情，并通过喇嘛上层控制边疆地区，康熙曾说：“蒙古惑于喇嘛，罄其家赀，不知顾惜，此皆愚人偏信祸福之说而不知其终无益也。”他明知愚惑无益，却还是多方扶植，目的就在“除逆抚顺，绥众兴教”。乾隆统一新疆后，对厄鲁特蒙古同样采取“因其教不易其俗”的政策，这叫做“绥靖荒服，柔怀远人”。乾隆在《御制喇嘛说》碑中更明确地指出：“盖中外黄教，总司以此二人（达赖、班禅），各部蒙古一心归之。兴黄教，即所以曳蒙古，所系非小，故不可不保护之，而非若元朝之曲庇番僧也。”
　　在清室扶植下，喇嘛教在全国，特别是在蒙藏和三北地区有相当大的发展。仅据藏地统计，乾隆二年（1737）属达赖的寺庙3150多所，喇嘛302560人，农奴121438户；属班禅的寺庙327所，喇嘛3670人，农奴6752户，总计寺庙（属黄教的）3477所，喇嘛316230人，所属农奴128190户。到光绪八年（1882），黄教大寺庙1026所，僧尼491242人，加上其他派别的（包括部分甘、青、康藏族地区）寺庙25000余所，僧尼76万余人，据估计，约占当时藏族人口的二分之一。至此，喇嘛教已经走到它的反面。按黄教戒律，僧尼不得婚嫁；喇嘛一般不事生产，特别是不能从事农业生产。这对于藏族地区人口和经济的正常发展是极其严重的威胁，也危害了整个民族的发展。在蒙古地区，情况大体相似。