绍琦（1404—1473有语录四卷曰《笑岩集》。德宝门下出幻有正传，正传门下有密云圆悟、天隐圆修、雪峤圆信三名僧，各传道一方，时称为临济中兴。圆悟（1566—1642）重兴宁波天童寺，为明末禅宗著名宗匠。嗣法弟子有汉月法藏、浮石通贤、破山海明、费隐通容、木陈道忞等十二人。其法系蕃衍，遍于全国。
　　慧经（1548—1618）住江西新城（今黎川县）寿昌寺，倡导农禅，重振曹洞宗风。其法嗣四人，以博山元来、鼓山元贤二系最盛。由此二系的蕃衍，使曹洞一宗在江西、福建、广东三省和天童一系的临济禅形成对峙之势（《五灯会元续略》卷一）。元来（1575—1631）开法江西博山，门下出宗宝道独、栖壑道丘、星郎道雄等，其法系颇盛于广东。元贤（1578—1657）住福建鼓山，大唱曹洞禅，著有《补灯录》、《继灯录》、《永觉禅师广录》（三十卷）等二十余种。圆澄（1561—1626）在法系上与元来、元贤为同门昆季。他开法绍兴云门显庆寺，法席大盛。门下麦浪明怀、石雨明方、三宜明孟、瑞白明雪等，都是禅宗知名者。著有《慨古录》、《宗门或问及语录》八卷（《南宋元明僧宝传》卷十五）。
　　华严宗在正德至嘉靖之间（1506—1565）稍弘于北方。无极（明信）由鲁庵（普泰）传授贤首教旨历二十余年，门下出雪浪洪恩（1545—1608），尽传其学，著名于江南。雪浪弟子知名的有巢松慧浸和一雨通润。一雨的弟子有苍雪读彻和汰如明河。慧浸（1566—1621）善于讲说，通润（1565—1624）精于著述。明河（1588—1640）曾疏《楞伽》、《楞严》二经，并著《补续高僧传》二十六卷。苍雪（1588—1656）别号南来，善讲《华严大疏》，并工诗文，有《南来堂诗集》行世（弘方《贤首宗乘》）。
　　天台一宗，宋元两代盛传于江浙。入明以来，只有东溟慧日、原璞士璋、白庵力金（一作万金）等数家。慧日以后，继述的有无碍普智、万松慧林、千松明得、百松真觉诸家。至万历间无尽传灯（1553—1627）住天台幽溪高明寺，始重立天台祖庭，大开讲席。他著有《法华玄义略辑》一卷、《天台传佛心印记注》二卷等，时称为天台中兴。其后智旭继之，著有《法华纶贯》一卷、《法华会义》十六卷、《大乘止观释要四卷》等，为明代天台最后的一大家。
　　慈恩宗典籍，宋元间渐次失传，至明初几乎成为绝学。正德年间（1506—1521）鲁庵稍弘于北方，无极继之，渐传于南地。雪浪从无极学《华严》，旁及《唯识》，辑有《相宗八要》。其门人巢松曾领学徒在焦山专攻《成唯识论》三年；一雨著有《成唯识论集解》十卷，可知其学风的趋向。后紫柏盛赞慈恩一宗，学者复继起研究。明昱（1527—1616）曾讲唯识于南京、北京及杭州等地，著有《成唯识论俗诠》等《相宗八要解》（王肯堂《成唯识论俗诠序》）。王肯堂（？—1614）亦治《成唯识论》，因感慈恩著疏亡失，乃辑藏中经论及《华严疏钞》、《宗镜录》诸典正释唯识之文，编撰《成唯识论证义》十卷。崇帧年间（1628—1644），祩宏的弟子绍觉（广承）讲唯识于杭州莲居庵，其门下有灵源（大惠）、辩音（大基）和新伊（大真）等。广承著有《唯识音义》八卷，未成而寂，由辩音补辑成书。大惠著有《成唯识论自考录》十卷。新伊著有《成唯识论合响》十卷（《灵峰宗论》卷八之一）。新伊的法嗣智素，又撰《成唯识论音响补遗》十卷。此外，当时的唯识学者还有古德、内衡等（钱谦益：《上内衡法师书》，见《有学集》卷四十）。
　　律宗自明初以来，也很衰微。正统间（1436—1449）朴原主杭州昭庆寺，奉命开坛传戒，时称宗师（《新续高僧传》卷二十八）。万历初，如馨（1541—1615）在南京古林寺传戒，三昧（1580—1645）继之，律学大振。晚年应请入南京宝华山传戒，著有《梵网经直解》四卷。其法嗣见月继制《传戒规范》，古林遂成律宗道场。同时福州鼓山元贤，广东鼎湖山道丘、弘赞等，均尽力于律学之复兴。弘赞著有《四分律如释》十二卷、《四分律名义标释》四十卷（《鼎湖山志》卷二、三）。
　　净土法门，自宋元以来成为各宗的共同信仰。明初梵琦、大佑、慧日、妙叶、普智、道衍等，都弘赞净土，各有著作。
　　嘉靖至万历间（1522—1619）宗本、传灯等都宣扬净土法门。
　　特别是云栖祩宏，专志净业，广受缁素的归向，建立了净土一宗的道场。智旭精究各宗教义，亦以净土为三学（禅、教、律）的指归。他的弟子成时，选编有《净土十要》，流传很广。
　　此外，慧经、元来、元贤、圆澄等曹洞宗匠，也都提倡禅净双修。其影响一直延至今日。
　　明代中叶，自宣宗至穆宗（1426—1572）一百多年间，各宗都衰微。但到神宗万历时期（1573—1619），名匠辈出，形成佛教的复兴气象。这个时期最重要的人物，是云栖祩宏（1535—1615）、紫柏真可（1543—1603）、憨山德清（1546—1623）、藕益智旭（1599—1655），号称明末四高僧。
　　明代在家居士对佛教的研究，也形成一种风气。宋濂、李贽、袁宏道、矍汝稷、王宇泰、焦竑、屠隆等，都于佛学有相当理解，遗有许多有关佛学的著作。
　　宋濂为明初翰林学士，曾三阅大藏，著有《宋学士文集》。所撰高僧塔铭等文字三十九篇，祩宏辑成《护法录》，为元末明初佛教史传的重要资料。李贽出入儒释之间，尤好禅宗。著有《文字禅》、《净土诀》、《华严合论简要》等书。袁宏道与兄宗道、弟中道三人，俱以文章知名。他初学禅于李贽，后归心净土法门，撰有《西方合论》，宣扬净土。矍汝稷博览内典，汇集禅门宗师语要，撰《指月录》三十二卷，盛行于世。王肯堂精于医学，学佛研习唯识，著有《成唯识论证义》。焦竑长于文字，举进士第一，与李贽往来论学，因归心佛法。著有《楞伽》、《法华》、《圆觉》等经的《精解评林》各二卷。屠隆是著名的文艺家，晚年学佛，著有《佛法金汤录》三卷，驳宋儒排佛言论。
　　其他如严讷、虞淳熙、庄广还等，多从祩宏习净土法门。
　　庄广还编有《净土资粮全集》六卷。紫柏、密藏之倡刻嘉兴藏，多得力于袁了凡、陆光祖、冯梦祯、陶望龄等的护持。这些居士对于明末佛教之复兴起着很大的作用（《居士传》卷三十七至四十六）。
　　明代佛教教义的研究，以《楞严经》为最盛。现存明代研究《楞严》的著述，尚有数十种，著名者为真鉴《楞严正脉疏》十卷、德清《楞严通议》十卷、通润《楞严合辙》十卷、智旭《楞严文句》十卷及《玄义》二卷、钱谦益《楞严经疏解蒙钞》十卷、曾凤仪《楞严宗通》四卷等。《心经》、《金刚经》、《楞伽经》，自明太祖指定为僧徒必须讲习的三经后，注解极多。除宗泐、如玘所释以外，《心经》有宋濂《般若心经解义节要》一卷、真可《心经注解》一卷、德清《心经直说》一卷、李贽《心经提纲》一卷等；《金刚经》有真可《金刚经释》一卷、德清《金刚经决疑》一卷、智旭《金刚经破空论》一卷、曾凤仪《金刚经宗通》七卷等；《楞伽经》有德清《观楞伽经记》八卷、通润《楞伽经合辙》八卷、智旭《楞伽经玄义》一卷及《义疏》九卷、曾凤仪《楞伽经宗通》八卷等。《法华》、《华严》、《起信论》，亦极流行。天台著述，有一如《法华经科注》七卷，如愚《法华经知音》七卷、通润《法华大窍》七卷、德清《法华通义》七卷，智旭《法华会义》十六卷等。华严有德清《华严经纲要》八十卷、方泽《注华严经合论纂要》三卷等。戒律的著述，以《梵网经》为最盛。现存的有祩宏《梵网菩萨戒经义疏发隐》五卷、寂光《梵网经直解》四卷、智旭《梵网经音义》一卷及《合注》七卷、今释《梵网戒疏随见录》一卷等。