现今丛林，以其住持传承的方式不同，又可分为子孙的与十方的两类。本来从宋代起，丛林即有甲乙徒弟院、十方住持院、敕差住持院三种之分。甲乙徒弟院，是由自己所度的弟子轮流住持甲乙而传者，略称为甲乙院。十方住持院系公请诸方名宿住持，略称为十方院。敕差住持院，是由朝廷给牒任命住持者，略称为给碟院。甲乙院住持是一种师资相承的世袭制，故又称为剃度丛林或子孙丛林。十方住持院由官吏监督的选举，故称为十方丛林。后世即大体沿用其制度，无大变动（现无其第三种）。

另外，十方丛林中依住持继承制度的不同，还有选贤丛林与传法丛林之分。有如镇江金山寺名刹的住持，即是依法系相传的，称为传法丛林；宁波天童寺自清末寄禅（敬安）重兴后，改为十方选贤制度，称为选贤丛林。1924年厦门南普陀寺改子孙丛林为十方选贤丛林，即依天童寺选贤方法，订立‘十方常住规约’二十条。并规定选举法、住持任期及进院退院等手续（《厦门南普陀寺志》）。这种选贤制度是丛林住持史上的一个进步。

关于丛林制度详见于《百丈清规》和它的注书《百丈清规证义记》等。至于丛林中行事和古德风规，则有道融《丛林盛事》、慧彬《丛林公论》、慧洪《林间录》、净善《禅林宝训》、无愠《山庵杂录》等可资参考。