根据《国务院关于机构设置的通知》（国发〔2008〕11号），设立国家宗教事务局（副部级），为国务院直属机构。
　　一、职责调整
　　（一）增加负责宗教方面的外事归口管理工作。
　　（二）加强指导地方政府宗教事务部门依法履行管理职能的职责。
　　二、主要职责
　　（一）研究宗教理论和国内外宗教现状，负责宗教动态和信息的汇总、分析，提出处理宗教领域问题的政策建议。
　　（二）起草宗教事务工作的法律法规草案，制定部门规章和政策措施并推动落实，负责宗教法律法规和政策的督促检查、宣传教育工作。
　　（三）依法履行宗教事务管理职责，依法保护公民宗教信仰自由和正常的宗教活动，维护宗教界合法权益，促进宗教关系和谐。
　　（四）指导宗教团体依法依章开展活动，支持宗教团体加强自身建设，帮助宗教团体办好宗教院校，推动宗教团体在宗教界开展爱国主义、社会主义、拥护祖国统一和民族团结的自我教育，办理宗教团体需由政府解决或协调的有关事务。
　　（五）指导地方政府宗教事务部门依法履行管理职能、处理宗教事务的重大事件，防范利用宗教进行的非法、违法活动，抵御境外利用宗教进行的渗透活动。
　　（六）负责组织宗教工作队伍和有关人员的培训工作。
　　（七）负责宗教方面的外事归口管理工作，组织、指导有关部门和宗教界对外以及对港澳台的宗教交往活动，参与涉及宗教对外宣传工作。
　　（八）承办国务院交办的其他事项。
　　三、内设机构
　　根据上述职责，国家宗教事务局设8个内设机构（副司局级）：
　　（一）办公室。
　　协助局领导协调机关各项工作，督促检查重要事项的落实；负责机关文电、会务、机要、档案和安全保密、信访工作；负责信息工作和对内对外宣传报道工作；负责机关财务、基建等工作，指导监督事业单位财务工作。
　　（二）政策法规司。
　　起草宗教事务工作的法律法规草案、部门规章并承担督促检查工作；研究综合性政策问题，拟订具体政策措施； 组织推动宗教政策、法律法规的宣传教育和贯彻实施。
　　（三）业务一司。
　　承办佛教、道教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；指导佛教、道教团体依法依章开展工作；联系佛教、道教界人士；指导地方政府宗教事务部门依法对佛教、道教事务进行管理。
　　（四）业务二司。
　　承办天主教、基督教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；指导天主教、基督教团体依法依章开展工作；联系天主教、基督教界人士；指导地方政府宗教事务部门依法对天主教、基督教事务进行管理。
　　（五）业务三司。
　　承办伊斯兰教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；指导伊斯兰教团体依法依章开展工作；联系伊斯兰教界人士；指导地方政府宗教事务部门依法对伊斯兰教事务进行管理；承担伊斯兰教朝觐事务等有关管理工作。
　　（六）业务四司。
　　承办其他宗教的宗教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；承办设立宗教院校相关事务和具体指导工作；配合有关部门做好防范和处理邪教工作。
　　（七）外事司（港澳台办公室）。
　　承担宗教外事管理和有关审核审批工作，指导地方和宗教团体对外以及对港澳台的宗教交往工作。
　　（八）人事司。
　　负责机关和直属单位的人事工作；承担宗教工作队伍和有关人员培训规划的拟订和组织工作；负责机关离退休干部工作。
　　机关党委 负责机关和在京直属单位的党群工作。
　　四、人员编制
　　国家宗教事务局机关行政编制为98名（含离退休干部工作人员编制3名）。其中：局长1名、副局长3名，正副司长职数25名（含机关党委专职副书记1名）。
　　五、其他事项
　　所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。
　　六、附则
　　本规定由中央机构编制委员会办公室负责解释，其调整由中央机构编制委员会办公室按规定程序办理。