三、持明院（又名忿怒院）
　　中正为般若菩萨（般若佛母），其余分别为右面不动明王、降三世，左面胜三世、大威德明王共五尊。般若菩萨为胎藏界法身大日如来之正法车仑身，具有般若之妙慧，如觉母之在胎藏中涵藏。不动明王是胎藏界大日如来教令轮身，余胜三世、降三世明王代表金刚部主尊之教令轮身；大威德明王代表莲花部主尊之教令轮身。在密法中，一切本尊教令轮身皆现忿怒身唯孔雀明王例外。此院五尊除般若菩萨外皆忿怒形又名忿怒院。称持明院者，乃忿怒形之四明王，乃佛部、金刚部、莲花部主尊之持明使者，为降服顽劣持忿怒真言，幻化忿怒火焰而威伏之故。
　　四、莲花部院
　　此院以观自在菩萨为主尊，涵藏如来大悲功德，共有二十一主尊和十五伴尊合计三十六尊。此乃无量寿佛、观自在菩萨、大势至菩萨，大悲心普观十法界、化益众生之具象化表现。
　　五、金刚手院
　　此院以金刚萨埵为主尊，故又称萨埵院。三部之中，属金刚部，是以又称金刚部院。此院有二十一主尊和十二伴尊合计三十三尊。此院乃表大日如来之智德，大日如来大定、大悲、大智三德互不相离也。
　　六、释迦院
　　位于遍智院上方，中间门内坐著浊赤法衣说法的释迦牟尼尊，即以释迦如来为主尊，故名释迦院。为大日如来所现变化身释迦牟尼，住此说密教之甚深妙理，具利益众生之德。共有三十五主尊和四伴尊合计三十九尊。
　　七、文殊院
　　此院以文殊菩萨为主尊，故名文殊院。示大日如来之般若妙慧，断除一切之戏论。如此般若妙慧智德，对应金刚手院之实相智德（即本有之智德），而表观照之智德（即修生之智德）。此院共有十三主尊和十二伴尊合计二十五尊。
　　八、除盖障院
　　此院表大日如来一切智智已然除掉一切盖障、断灭一切烦恼之功德，故名除盖障院。金刚手院示大智之体，此院表大智之用。共九尊。
　　九、地藏院
　　此院以地藏菩萨为主尊，故名地藏院。表大日如来拔坚牢大地和地狱之苦，进而施与众生快乐菩提之美德。观音院现大悲之体，此院乃教化众生，救度恶趣，表大悲之用。共九尊（《大日经》宣有六尊，或者依《药师佛本愿经》为九尊）。
　　十、虚空藏院
　　此院以虚空藏菩萨为主尊，故名虚空藏院。相对于文殊院之智德，此院乃表福德；大日如来包藏世出世间之福德，应众生之愿望，表自在施与之力用。与地藏的坚固之德相比，虚空藏院如虚空广大自由自在之自利利他果德。二十二主尊和六伴尊合计二十八尊。
　　十一、苏悉地院
　　此院属于虚空藏院独立下院。苏悉地梵语译为‘妙成就’，表如来羯磨事业顺遂成就。由福德圆满之虚空藏菩萨而得万德具备，故成就大悲利他之行。无主尊，共八尊。
　　十二、外金刚部院（最外院、诸天院）
　　外金刚部院围绕曼陀罗四周，因以金刚杵标识为金刚界墙而得名。为胎藏最外之四方曼荼罗。此外院包括诸天、二十八星宿、诸曜和相关善神在内，其中东方三十八尊、南方六十二尊、西方四十八尊、北方五十三尊合计二百零一尊。乃大日如来所化出之等流身，以济度一切杂类，涵括十法界显理趣之真髓。　　金刚界曼陀罗
　　金刚界曼陀罗依据的经典主要是《金刚顶经》，全称《金刚顶一切如来真实摄大乘现证大教王经》。对应于胎藏界曼陀罗，金刚界曼陀罗曰智曼陀罗，由于大日如来的智慧作用而具象化的觉悟世界，又因为有九会故又曰金刚界九会曼陀罗。　　
　　一、金刚界曼陀罗核心——成身会
　　包括金刚界五佛，十六大菩萨，四菠萝蜜菩萨和内四供养外四供养菩萨总共三十七尊，四角地、水、火、风四大神，并围绕贤劫千佛和二十天。如此成身会便有一千六十一尊，三十七主尊对应三十七菩提分。
　　四波罗蜜菩萨为金刚界大日如来的四亲近女菩萨，由此四菩萨出生三世十方一切诸佛。金刚波罗蜜菩萨青色，左手持莲花，其上有函，右手结阿閦如来印，代表坚固菩提心；宝波罗蜜菩萨浅黄色，左手持莲花，上有宝珠，右手持金轮，莲花上宝代表万善功德；法波罗蜜菩萨肉色，结阿弥陀佛定印，寓智慧门宣法功德；业波罗蜜菩萨青绿色，左手莲花上有函，右手执羯磨杵，业为利益众生事业意。
　　金刚界五佛：中心大日如来，东方阿閦如来，南方宝生如来，西方阿弥陀如来，北方不空成就如来。大日如来属于自性法身，其功德分别由四方四佛表现。由于金刚界曼陀罗表现的是密教大日如来的智慧，故又名智曼陀罗。五佛分别代表五种智慧，五种智慧分别由九识转化而成，即转识成智。四方四佛各个有四大菩萨围绕，四方共十六大菩萨，代表修生的十六位。在大日如来与四方四佛的相互供养中出生内外四供养菩萨和四摄智菩萨。本会属于四种曼陀罗的大曼陀罗。
　　二、三昧耶会  
   三昧耶会与成身会编制相同，区别只是各尊都是三昧耶形标示。包括三十七尊、贤劫十六尊、外院二十天共七十三尊。三昧耶形示相诸尊之心秘密，各以其悲愿之象征三昧耶形如多宝塔、金刚杵、宝珠、等表示。属于三昧耶曼陀罗。
　　三、微细会
　　此会亦与成身会编制相同，共七十三尊。微细会所表达的智慧，无非大日如来法界体性智化现成三十七尊之各自智慧。为使一切众生成办如来事业，以三十七如来大智力害其嗔心而显现隐藏之菩提心。本会以诸尊种子字标示，属于法曼陀罗。
　　四、供养会
　　此会亦与成身会编制相同，共七十三尊。各以本誓之三昧耶形，以向心王大日如来及四佛表达恭敬而行供养，而诸尊又互相供养。此会的供养分为四种即菩提心供养、灌顶供养、法供养和羯磨供养，如果深化各个有四种则达十六种供养形式，属于羯磨曼陀罗。
　　五、四印会
　　以大日如来为主，四方围绕四佛得四亲近菩萨金刚萨埵、金刚宝、金刚法、金刚业，各以大曼陀罗的形式显现，而四隅的四波罗蜜菩萨以及大圆轮外四隅的内四供养菩萨则以三昧耶形式显现。四印者，四智印（金刚、宝、剑、羯磨），摄四曼陀罗之意。
　　六、一印会
　　一印者，唯独大日如来持智拳印一尊。表大日如来正在宣说三摩地法门。
　　七、理趣会
　　理趣会，以金刚萨埵为主尊，周围围绕欲、触、爱、曼四金刚菩萨，外部有内四供养金刚春、夏、秋、冬菩萨。金刚萨埵本为大日如来正法车仑身，由大日如来法身分流而出，即入三昧，演说正法之教相——无上密乘之般若理趣。理趣者，理即真理，趣为烦恼。般若理趣之核心——烦恼即菩提。