1949年10月1日,班禅额尔德尼·确吉坚赞致电毛泽东主席和朱德总司令,祝贺中华人民共和国成立,明确表示拥护中央人民政府,愿为解放西藏、完成祖国统一贡献力量。1951年4月27日率堪布会议厅官员45人抵达北京,参与中央人民政府与西藏地方政府关于和平解放西藏的谈判。5月29日发表声明,热烈拥护5月23日达成的《中央人民政府与西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》。次日致电达赖喇嘛·丹增嘉措,表示愿与之精诚团结,共商国是。1952年4月28日在拉萨布达拉宫与达赖喇嘛·丹增嘉措举行了初次会见。6月23日返抵日喀则扎什伦布寺。1956年4月西藏自治区筹备委员会成立,相继担任第一副主任委员、代主任委员。
1956年11月应印度政府邀请,赴印参加释迦牟尼涅槃2500周年纪念活动,并在印度各地进行友好访问,贝纳勒斯佛教大学授予荣誉佛学博士学位。1958年通过扎什伦布寺辩经大会,考取“噶钦”学位,并在该寺及塔尔寺开讲《菩提道次第论》、《时轮金刚灌顶法》等显密经义。他曾多次在西藏、四川、青海、甘肃等省区视察工作,为信教群众摸顶讲经。著作有《菩提道次第广论简释》、《双身喜金刚生、圆次第》等。