“乌则”为该寺最早的藏书室，据说在八思巴以前就放满了图书，八思巴时代也有少量的珍本藏入该室。该室除藏有大量古藏文抄本外，还有为数不少的梵文贝叶经和汉文经卷。这些经书部部都由金汁、银汁、朱砂或墨汁精工写成。

南寺大殿的藏书数量最多，据说这里的书籍是八思巴任法王时集中了全藏的书写家抄写的。“古绒”藏书室内的绝大部分藏书也是手抄本。其书写时代可能稍晚于“乌则”和南寺大殿。此外，这里还藏有一部明永乐八年附有御制后序的内地印制《华严经》。

北寺“古绒”藏有天文、历算、医药、文学、历史等方面的藏文书籍3000函，其中很多是宋、元、明各代的手抄本和稿本，而且多为历代法王批注校释过的珍本。现在保存完好而又为人们特别珍视的要算南寺大殿法墙中的藏书，大殿后部和左右两侧靠墙处为通壁大书架，架上摆满了经文典籍，大小版本约有2万余函，其中最大一部名为“八千颂铁环本”经书，长1.31米宽1.12米。

这些经典中有的珍本和孤本，是极为宝贵的文化遗产。因此，有些学者认为萨迦的藏书和壁画可以同敦煌相比美，称之为第二敦煌。除这三个较大的藏书室外，其它小殿和两个法王的颇章内，也有为数不少的抄本和印本书籍。

除些之外，萨迦寺还存有历史档案文件十作箱，据说其中有不省是萨迦派执政时期的重要文件，其它多系乌拉差役、税收、封文、民间诉讼之类的文件，是研究西藏土封建农奴制度的珍贵资料。此外，萨迦寺还藏有印版2000余块，其中有“萨迦历代史略”、“萨迦教主法王传记”、“萨迦传法记”等颇有价值的印版。

萨迦寺的历史文物非常丰富，作为西藏地方和中央政府关系的历史见证，保存有元代中央政府给萨迦地方官员的封诰、印玺、冠戴、服饰；有宋元以来的各种佛像、法哭、刺绣、供品、瓷器以及法王遗物等。其中年代悠久、制造精美、价值很高的文物有两颗印，一为玉质梵文印，一为铜质刻有汉、藏、蒙三种文字的三体印，上面刻有汉文“成化二十一年九月礼部造”字样。

据不完全统计，萨迦寺的各种佛像约有两万多尊，其中很多系元、明以来的珍贵文物，其中铸有“大明永乐年施”款识的铜佛有数十尊。萨迦寺有四件珍奇的宝物，即贡布古如（由竹青白瓦巴从印度请来的依怙神像胶）、朗结曲丹（由大译师帕白洛扎瓦修建的佛塔，塔里经常出水，被视为神水）、文殊菩萨像（系萨班的本尊像，据说在像前念七天文殊经就能打开智慧之门）、玉卡姆度母像（八思巴供奉的本尊佛像），四大奇宝中三件是佛像。

萨迦寺的镇寺之宝是当年忽必烈送给八思巴的一个黑木匣子，匣中有一只硕大的白皮书海螺，寺中僧人视其胜于生命，只有宗教吉日才开启木匣，捧出海螺由高僧吹奏。萨迦寺收藏的各种瓷器约有2000余件，其中多为元、明时期的瓷器，也有少量宋瓷。唐卡和壁画是西藏寺院绘画艺术的两大奇葩，萨迦寺仅唐卡就存有3000余幅，据鉴定，宋、元、明时期的珍贵唐卡有360余幅。