镰仓时代至安土桃山时代(l192～1603）  历经南北朝时代(1333—1392)、室町时代(1392一1573)，直至安土桃山时代(1573一1603)为止，除前代备宗延续外，又建立了净士宗和禅宗，还产生了日本特有的净士真宗、时宗及日莲宗等派别。
　　净土思想早已传人日本，但净土宗却是源空依中国唐代善导的《观无量寿佛经疏》深信弥陀本愿理论而创立。源空应藤原兼实之请，撰《选择本愿念佛集》，标榜“偏依善导”，专修念佛，建立净士宗。他门下有圣光的镇西派、证空的西山派,隆宽的长乐寺派、觉明的九品寺派和幸西的一念义派，合称为净土五流。此外属于净土系的还有融通念佛宗和时宗，为第二次世界大战前十三宗中之二宗。
　　自净土宗分出的还有以亲鸾为宗祖的净土真宗，亦称“真宗”、“一向宗”。亲鸾撰《教行信证文类》6卷，作为创立净土真宗的根本圣典。真宗以净土三部经(《无量寿经》、《观无量寿经》、《阿弥陀经》)为依据，崇奉印度的龙树、世亲以及中国的昙鸾、道绰、善导和日本的源信、源空七位高僧，称为三国七祖。亲鸾寂灭后，其幼女觉信尼与亲鸾之孙如信和散在各地的弟子相谋，于京都东山大谷亲鸾墓旁建立佛阁，奉置亲鸾的影像，为本愿寺的起源。本愿寺的住持，顺序血脉相传。到第11代以后，分为东西两派，加上兴正寺派、佛光寺派、锦织寺派、毫摄寺派、中照寺派、证诚寺派、诚照寺派等，即为现在真宗的10派。1948年北海道还成立有本愿寺派等。目前真宗系共计有22个教团。
　　中国禅宗早由道昭、道睿、义空等传入日本，然未独立成为宗派。后睿山的觉阿于南宋乾道七年(l171)到中国，从杭州灵隐寺佛海禅师慧远受临济宗杨歧派法脉，四年后回国，是日本有临济禅之始。及荣西入宋回国，才开创日本临济宗。荣西灭后，日本禅宗逐渐得势，但多属临济宗派。及道元入宋归国，于嘉祯2年(1236)在山城京都极乐寺旧址，开堂讲法，设立僧堂，赐寺额为兴圣宝林禅寺，是日本有曹洞宗之始。
　　道元24岁时入宋。时曹洞宗如净禅师主天童寺，道元从学三年，嗣其法，为洞山第14世正统。南宋绍定元年(1228)回国，初寓京都建仁寺，宽元2年(1244)，波多野义重于越前(今福井县)建大佛寺，被请为开山，这就是现在曹洞宗的大本山永平寺，道元遂成为日本曹洞宗的开祖。曹洞宗的信徒多为地方农民，临济宗的多为将军武士，故日本向有“曹洞土民，临济将军”的俗谚。

禅宗自镰仓时代传入日本后，经吉野时代(亦称南北朝)至室町时代的200余年间，由于朝野崇奉，不断得到发展。临济宗14派的本山，几乎都在京都和镰仓。当时模仿中国宋代禅宗五山十刹制度的镰仓五山和京都五山的僧侣，致力于诗文的研究，形成了所谓五山文学。其后日本遣明的正副使节，多数为五山僧侣所担任。其中知名的有了庵桂悟和策彦周良等。此时禅宗的思想、文学、美术、风俗、习惯等，对日本国民生活的影响很大。如茶道、花道、香道与书道等；均随禅宗的发展而流行。
　　日莲宗  该宗以创宗者日莲的名字命名，与中国佛教无直接关系。日莲认为只有《妙法莲华经》是正法。建长5年（1253)，归乡访亲，4月28日登清澄山，向着海上初升的红日，高唱《南无妙法莲华经》10遍，为日莲宗创立之始。为了宣扬自己的新数义，他对其他宗派进行了剧烈的批驳，因此三度被流配。其教化方法有所谓“折伏”(恶逆的教化)和“摄受”(顺信的教化)两种。灭后由其门下的日昭、曰朗、日兴、日向、日顶、日持等六老僧葬其遗骸于身延山，建久远寺，即今日莲宗的总本山。著作有《守护国家论》、《立正安国论》等300余种。后来日莲的弟子各分成许多派别。近代日本新兴宗教的几十个数团，有70%属于日莲系。
　　这一时期，各派都采取否定现实的态度，厌恶秽士，欣求净士或耽于禅，教义和规则都较简单，具有“平民化”的特点。这些新派别还与日本15一16世纪的农民起义有关系。如1488年加贺国(今石川县)地区爆发的真宗农民起义、1563年参州一向宗起义、1570年伊势长岛真宗僧徒起义等。而加贺国地区的真宗农民起义的胜利，使其后百年间加贺国的管理权掌握在真宗教徒手中，由农村上层、僧侣和农民代表组成领导机构。宋期，由于儒学影响的扩大，佛教的影响逐渐缩小。
　　德川时代(1603～1867)  儒学特别是朱子学取代了佛教，成为德川封建社会占统治地位的意识形态，佛教的影响进一步缩小。当时京都佛教虽趋衰落，但关东地区(指箱根以东的关东八州，即今东京横滨地方)的佛教渐盛。德川幕府一方面采取锁国政策，同时订立各方面的制度。对于佛教，自寺院的等级，僧阶的高下，乃至僧侣的法服等，都有一定的规制。先定皇室的佛教制度，明示“门迹”、“院家”以下的级别。门迹有“宫门迹”，“摄家门迹”及“准门迹’之别，订立晋级的法规，禁止僧位、僧官的滥授。划定区域，一寺一山皆令有所隶属。以总本山德大本山，以大本山统摄其所属各寺。如净土宗以东京增上寺为本山统辖关东诸寺；天台宗以日光门主统辖一宗：真宗东、西两派的别院各设“轮番”(别院轮流住职之称)等。这些制度小自一寺、大至一宗一派，其应遵守的法规，修行的阶段，僧阶的晋级，法衣的等差等，完全具备，一直维持到明治维新以前。
　　日本禅宗自镰仓时代以来，由临济与曹洞两宗平分天下。到了德川时代，由于锁国政策，只留长崎一港与外国通商。当时中国贸易商舶往来频繁。居住在长崎的华侨，先后开创了分紫山福挤寺(漳州寺)、东明山兴福寺(南京寺)和圣寿山崇福寺(福州寺)，即所谓三唐。三唐寺的住持，均从中国请去。最初有明僧真圆、觉海、超然、途然等。后有福州黄檗山万福寺，在临济、曹洞之外，另立黄檗一宗，成为日本禅宗二派之一。
　　明治维新后  日本兴起资产阶级改革运动，提出王政复古、“神佛分离”和“废佛毁释”。首先命令门迹亲王复饰(还俗)，废止宫廷的佛教仪式，排除神社内的佛像，废止供于神前的佛具，禁止僧侣参加神道仪式，禁止“神佛混淆”，颁布所谓“神佛判然”的法令。从而日本各地发生了烧弃佛像佛画、破坏寺庙堂塔、命令僧尼还俗、把守院改作医院和学校等事件。明治5年4月25日，新政府以太政官布告，许可僧侣带妻食肉和蓄发，同时又命僧侣于法名上加姓,于是某些寺院的僧侣便公开娶妻食肉。佛教徒为适应新的形势,兴办各种社会事业,派即解遣僧侣出国考察和留学,创办学校，陪植人材，并开始向国外传播佛教及从事监狱的教化等。明治22年，日本政府颁布宪法，允许信教自由，各宗竞相兴办大学或专门学校，出版了不少佛教著作，同时于备大学设佛教讲座，一时佛教虽有复苏的迹象，但总的趋势是影响越来越小。自明治维新以后购60年间，日本的佛教形成了13宗56派。