14世纪以后，由于儒学的发展，儒士阶层势力上升，僧侣集团开始失去在国家政治生活中的巨大作用。陈朝末年，朝廷多次沙汰僧徒，并限制寺院僧侣势力的发展。后黎朝(1423～1526)建立后，独尊儒学，执行抑佛重儒政策，道教日益兴起，佛教由此日趋衰落。朝廷禁止新建寺宇，将寺田、寺庙领地收归国有，勒令不知诵经不持戒律的僧尼还俗，并以改革民俗之名，在民众中宣传佛教为迷信异端。至15世纪后半叶，僧侣人数大减，通达佛教教义者寥寥无几。从1500年起，黎氏朝廷下令只许庶民信奉佛教。从此，越南佛教便由皇室庇护的贵族化宗教转化为以平民信仰为主的民间宗教。 

　　   16～17世纪，天主教开始传人越南。越南佛教虽不似以前兴盛，但仍绵延不绝。当时，封建中央政权衰落，形成南北朝分裂割据局面，佛教有所振兴。北方郑氏王府和南方阮氏王府都曾延请中国高僧讲解佛经，修建寺院。1665年，郑王选拔国内有名佛师，为御用寺宇塑造几百尊佛像，禅宗再度复兴。隐居安子山的竹林禅派名僧白梅麟角将竹林三祖的教义和净土宗融合为一体，在河内的婆（石多）寺开创新教派——莲宗。主张禅教双运，以教为眼，禅是佛心，以阿弥陀佛为禅的公案，但实修上专念弥陀名号，由此而得悟平生。此外，在越南北方有中国和尚拙公创立的拙公派，这一派以临济宗为主，并受净土宗影响，亦称竹林新派。同时，还有曹洞宗的水月派。南方阮王府于1604年在顺化修建了大乘佛教的寺院——天姥寺。中国僧人道明、原绍等在越南传授禅宗佛学。原绍创建临济正宗的原绍禅派，造平定十塔寺，宣扬禅净并修的教义。迄今，莲宗在越南北方仍有一定影响，而临济正宗教派在南方势力则较大。 

　　   19世纪初，阮朝建立。阮朝初年执行保护临济正宗、歧视莲宗的政策。僧纲的职位皆授给临济正宗派僧侣，对莲宗僧侣限制颇多。但莲宗派仍在北方民间活动。 

　　   1858年届，法国殖民者入侵越南，越南佛教徒参加了爱国抗法运动。进入近代时期，越南兴起佛道儒三教合一运动。19世纪宋，随着天主教之传播，又出现“四数一源说”。这一时期建立的高台教则是把佛、道、儒和天主教及民间信仰糅合起来的新宗教。