儒学之传于九华山，约与佛教同时。这从名贤、隐逸、文苑在九华山的活动及书堂(院)的兴建二项可以看得清楚。九华山的第一位隐逸之士是青阳人费冠卿。他于元和二年(807)登进士第，未及拜官即奔母丧，结庐墓侧15年。长庆二年(822)，朝廷赞其孝节，诏拜右拾遗。冠卿以“禄以养亲耳，亲没何以禄为”为由，不就职，终生隐于九华少微峰下，此处有费拾遗书堂。唐代九华山的隐逸尚有王季文、李昭象，他们的隐居处也都建有书堂，前者在头陀峰下，即无相寺址；后者在碧云峰下。据说李太白诗魁也曾游九华，故在化城寺东、龙女泉侧也有太白书堂。此后至明代，山上又先后建起8所书堂(院)，即宋隐士滕宗谅的滕子京书堂(在云外峰下)、宋文士汤允恭的汤侍郎书堂(在文殊峰下)、宋文士程鹏飞的双峰居士书堂(在福安院前)、元隐士陈岩的九华书院(不知所在)、明名贤邹元标的首善书院、明隐士施达的天柱书堂(在天柱峰下)，明隐士吴钟的云波书院(在刘冲)、明文士程懋(鹏飞子)的闳肃书堂(在天柱峰下)。这些书院无疑都是传播儒家思想文化的场所，但由于多为私人所办，往往以隐居者读书自娱为主，并无更多的人就学，故影响似乎不大，这从历代记载语焉不详的情况也可看得出来。相对地说，儒学在九华山传播与影响较盛较大的时期是明代。除上面提到者外，此时活动于九华山的名贤尚有王守仁(阳明)、湛若水、吕楠、张元忭、罗赐祥、毕以范等辈。其中影响最大的是王守仁，他曾于明弘治、正德年间二游九华山，据说山上之宴坐岩因其于此静坐而得名。山中之高僧曾有与之交游者，如弘治中守仁来游时，僧实庵曾与语，意趣甚契合。王守仁题赠曰：“从来不见光闪闪气象，也不知圆陀陀模样。翠竹黄花，说什么蓬莱方丈。看那九华山地藏王，好儿孙，又生个实庵和尚。噫，那些妙处，丹青莫状。”又有周金僧，当王守仁于正德间游九华山时，亦曾与之谈心，言旨相契。守仁也书偈赠之，曰：“不向少林面壁，却来九华看山。锡杖打翻龙虎，只履踏破山召比兔岩。这个泼皮和尚，如何容在世间。呵呵，会得时，与你一棒；会不得，且放在黑漆桶里偷闲”。此外，又赠之以诗。嘉靖七年(1528)，郡令于九华山建仰止祠，内祀王阳明。后祠圯，僧慧庵曾竭力修复，使祀典大兴。慧庵所学者佛，所慕者儒，在他身上体现了儒佛一致的特点。王守仁之所以和僧人交处，僧人之所以与他友善，反映了阳明学说与佛学有着相通之处，而主要是通禅。阳明哲学是陆九渊“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”主观唯心主义的进一步发展，即“致良知”说，认为“知是心的本体，心自然会知，不假外求”；“良知”是先天就有的，人人皆有的；“天下万事万物不外于吾心”，故“君子之学唯求得其心”。这与禅宗关于佛性本具，万法尽在自心，成佛不假外求，但证于自心，若识自心见性，皆成佛道的说教如出一辙。所不同的是，阳明哲学思想的终极目的是要“求得其心”，即所谓“致良知”，得其心即可得“天理”；禅宗的终极目的是明心见性，见性即成佛道。在一定程度上说，王守仁的哲学思想是受了禅宗思想影响的结果，而王守仁对于禅宗思想的采撷和认同则使儒、佛两家靠得更近。