1949年以後,这座千年古刹得到政府保护,多次拨款堆修。1956年,中国佛学院在这里成立。1963年,亚洲11个国家和地区的佛教徒会议也在这里召开。1980年,创办了“中国佛教图书文物馆”,使之成为佛教文化和佛学研究的中心之一。
中国佛学院是以培养僧才为目标的高等佛教院校,1956年在法源寺创办,第一任院长是喜饶嘉措大师。当时设本科、专修两科,来自全国各地的寺庙100名学僧在这这里学习。1961年设研究部,1962年开办藏语班。到1966年停办时,已培养毕业生300人,他们现在大部分在各地寺庙中担任住持和寺庙管理工作,少数从事佛学研究。1980年,中国佛学院恢复招生,先後设立专修、本科和研究班,招生的对象是高中毕业或具有同等文化程度以上,已有相当时间的出家经历、信仰坚定、律仪端正、品学兼优、爱国爱教的青年僧人。近二十年来,中国佛学院以“教书育人,学修并重,爱国爱教,弘法利生”为教学的指导方针,培养学僧良好的道德品质,并具有较高的佛学造诣文、史、哲知识水平,使学僧在德(包括宗教情操)、智、体、美各方面全面发展,成为适应国家和佛教需要的佛教学术研究人才,寺庙管理人才及海外联谊和国际佛学交流人才。
为支持中国佛学院培育法门龙象,绍隆佛种,1998年在香港著名企业家、杨钊大居士的资肋下,新的教学楼拔地而起,既具民族风格,又备现代功能,是目前中国佛门最高学府中最为先进的设施。
中国佛学院院长由中国佛教协会会长赵朴初居士担任。法源寺现任住持为传印法师,72岁,原籍辽宁庄河人,1954年出家,师从崇仁法师并从虚云大师授戒,毕业於中国佛学院,留学於日本佛教大学。现兼任中国佛学院副院长。本寺现任监院是白光法师,73岁,原籍四川人,1947年出家,毕业於四川大学。