平安时代，除六宗外，天台、真言两宗的教学研究也颇为盛行，东大寺标榜“八宗兼学”。由于鉴真和尚带来的经典被广为传诵，华严教学与天台教学关系密切起来。真言密教方面，自金钟寺时代起古密教就很盛行，更有弘法大师空海及其门下在南都奈良弘传密教的基础，因此专研密教的学僧聚居于此，建立了十余所子院(院家)，如弘法大师创建的真言院(821)、圣宝僧正(理源大师，醍醐寺开山)创建的三论真言兼学的东南院(875)等。
　　东大寺的经济收入主要来源于天皇施封的五千户及数国的租税。随着收入的大幅度减少，为了补充财源，开始在大和(奈良)、伊贺(三重)、摄津(兵库、大阪交界处)、山城(京都)、北陆道等地经营庄园。管理、经营大伽蓝、庄园及物资运输都缺帮手，故而新增了许多僧人，被称为众徒、大众(后称僧兵)，并形成集团，在社会上势力很大。平安末期，东大寺与权力巨大的平家一门在经营庄园方面不断产生摩擦。治承四年(1180)，源赖政奉命举兵，兴福寺、东大寺众徒与三井寺的众徒联手抗击，终被击败，东大寺大半毁于兵火，卢舍那大佛因大佛殿烧毁而大损。
　　俊乘房重源上人自61岁就任大劝进一职，至建永元年(1206)86岁去世的25年间，复兴了大伽蓝的大半。他在民间广行念佛行，长于治水架桥，曾三次入宋，因而异国寺院建筑知识丰富。他广结良友，作风果断，被誉为“廻国游行之圣”。其未竟的复兴大业由荣西(建仁寺开山)、行勇两上人继承。随着伽蓝的逐步复兴，沉闷的教学活动变得日趋活泼。镰仓时代，华严教学活动振兴，名僧辈出，其中宗性、凝然等高僧有两千余册著作流传至今。
　　战国时代的永禄十年(1567)，发生三好、松永之乱，大佛殿再次被烧毁，卢舍那佛的头部、左手被烧落，上半身及莲华宝座受损严重。由于东大寺各地庄园已归武士所有，堺(在大坂附近)和兵库港的关税也不能征收，经济陷入危机。直至江户时代中期，卢舍那佛百余年间仍裸露在外，遭受风雨的侵蚀。在公庆上人奔走之下，元禄五年(1692)大佛修复完工，举行了开眼供养大法会。法会规模宏大，并与万僧供养法会同时进行，持续达一月之久。当时参加的僧众二十余万人，结缘之人更是不计其数。宝永六年(1709)举行大佛殿落成法会。其后大佛殿虽经过明治、昭和时代的大修，规模趋小，但它仍是世界上最大的木结构建筑。
　　东大寺重要法事——修二会
　　因“取水”而闻名的二月堂修二会，是东大寺一年中最重要的法事活动，始于天平胜宝四年(752)东大寺开山良辨僧正的高徒实忠，其正式名称为十一面悔过法。“十一面悔过”即在十一面观音前忏悔日常所犯的过错。人有贪、瞋、痴三毒，要犯各种错误，随着心垢不断积蓄，就会迷失方向，不能正确认识事物，甚至患病。因此，要忏悔罪障，消除因自己所犯的恶业而带来的不幸和灾难，清净心身。远在修二会开始的古代，它本是为国家举行的宗教仪式。天灾、叛乱及疫病流行被视为国家大患，为消除此患，就要举行祈祷天下泰平、五谷丰登、人民幸福的活动。
　　为国家和万民悔过，须有特定的集团和大型仪式。因此，由僧团共同举行法会以悔过，修二会便是其中的仪式之一。僧侣被称为“练行众”，现在由11人组成，分工各不相同。授戒师、大导师、结印诵唱陀罗尼咒的咒师，及总管修二会内外杂务的堂司等4人被称为四职，其余7人名平众，而且还有许多人辅佐练行众，直接参加法会的人多达30余名。
　　练行众代人忏悔罪障，向观音菩萨祈福，即在观音菩萨与人之间起一种媒介的作用。修二会分前行和本行两个阶段，2月20日至28日是前行期，在戒坛院举行，称别火。练行众在此期间，告别平日的生活，清净心身，为本行做准备，如给只在修二会期间穿的纸衣纸染花纹，用纸做庄严二月堂须弥坛的山茶花，练习诵唱“声明”经(即梵歌)。别火结束的2月28日下午，练行众转移到二月堂内的参笼住宿，当日深夜开始举行本行法会。本行持续2周，分上7日和下7日，每日又分日中(白天)、日没(傍晚)、初夜、半夜、后夜、晨朝(早晨)等6个时段分别举行活动，即“六时行法”。各时唱诵的经即“声明”，因时段不同而长短、缓急有异，富于变化。这也是佛教音乐的一种，其主要部分是唐玄奘译《十一面神咒心经》的精华，唱观音菩萨名，祈愿观音菩萨慈悲济世。
　　初夜奉读“神名帐”。相传实忠开始六时行法时，由于奉读“神名帐”，诸国神灵竞相来到二月堂，祝福并守护行法，唯独若狭远敷明神喜欢钓鱼而迟到，幸亏在行法即将结束时赶到。若狭远敷明神非常激动，为了表达歉意，声称要敬献阏伽水。话音刚落，两只黑白鸬鹚从地上破石飞出，甘泉喷涌，香水四溢。时人用石块将它围起来，取名阏伽井。从那以后，每年旧历二月十二日后半夜，取此香水供奉观音菩萨。这就是“取水”的由来。
　　此外，练行众挽起袈裟和衣服，沿堂“疾走”；为了烧尽人间的烦恼，在堂内挥舞松枝球，举行名为“哒陀”的火行法；青衣女人也闪亮登场，奉读“过去帐”，极富浪漫色彩和想像力。东大寺通过举行这些梦幻般的活动，将人们重新带回一千二百年前的世界。

东大寺因唐代高僧鉴真和尚曾在这里传授戒律而与我国佛教界结下了殊胜法缘。作为华严同门，目前东大寺为复建我国陕西长安县的华严寺正做着不懈的努力，谱写中日两国佛教文化友好交流史上的新篇章。
　　东大寺寺宝
　　东大寺历史悠久，许多建筑及佛像、佛画都是建筑史和美术史上的珍品，具有很高的价值。现以奈良时代和镰仓时代的佛像为中心，介绍一下东大寺富有特色的寺宝。
　　举国兴建并名扬海内外的卢舍那大佛，历史上因天灾和战乱而数度修复，现在大佛的腹部及莲花座的一小部分是仅存的原物。刻于莲花座上的莲花藏世界图，从基坛上发掘出的狩猎文银壶、蝉形鏁子(锭)、金佃庄大刀及镇坛具、大佛殿前的八角灯笼、灌佛会(花会)本尊——诞生释迦佛像等，都与大佛同期建造，好像均出自于造东大寺司之手。卢舍那佛深受唐代美术作品的影响，匠心独运，气势雄浑，金色生辉。
　　法华堂本尊不空羂索观音像，是用两年时间于天平十九年(747)完成的脱活干漆像，三目(额上有第三只眼)八臂，象征观音菩萨超现实的普渡众生的能力。中间两只手合十，另六只手的肘部都靠近躯体，设计得天衣无缝；表情端庄，富有感染力。此像造于兴建大佛的准备阶段，当时严酷的现实生活并没有动摇人们造佛的意志，从这尊观音像中似乎可感受到人们希冀以造佛的功德来化解世间苦难的心情。