经过智檀、弥嵩修复的麓山殿堂建筑物，一直完整地保存到抗日战争中期。1944年日军攻陷长沙，弥勒殿、大佛殿、禅堂、斋堂等均被炸毁，仅留山门与观音殿。观音殿及其附属房占地面积约八百平方米，前坪为一千一百多平方米，荒废基地六千三百多平方米，总面积共八千四百多平方米。四周筑了围墙。面积稍有扩大。

　　1949年后,麓山寺曾一度由其他单位占用。1953年9月1日经长沙市政府批准，交由长沙市佛教工作委员管理。1966年佛教协会停止活动，寺宇及其土地暂由岳麓公园代管。“文化大革命”中，经像悉遭破坏，仅留有部分僧尼居住寺，人。1978年三中全会以后，落实宗教信仰自由政策，1980年3月长沙市佛教协会恢复活动，迄1985年元月又全面接管麓山寺，成立了寺务管理小组，开始规划进行修复。从这一年起先后投资人民币154万元，加上国家补助经费25万元，接收国内外佛教徒少量布施，重建仿重檐歇山顶式的大雄宝殿五百八十平方米，弥勒殿二进二十平方米，禅堂、讲堂各二进七十平方米，历时四年，基本完成。后又增建钟鼓楼名一座、尊客寮一栋，约二百平方米。与此同时，除保留岳麓公园于1981年新塑的观音、善财、龙女三像外，又新塑药师、释迦牟尼、多宝三尊佛像于大雄宝殿，两边墙上嵌千尊小佛像，因而大殿又名“千佛殿”。这些雕像是采用古代线雕技术和现代影雕技术雕制而成的，具有一定的艺术价值。此外，还购置了大批佛书，计《大藏经》100本，《大藏经补编》36本，《续藏经》150本，《世界佛学名著译丛》100本，《现代佛学大系》60本。现已成为略具规模的佛教丛林，，列为湖南省级文物保护单位。山门上嵌“汉魏最初名胜，湖湘第一道场”聊语，经考证，为僧人道香所书。