栖霞寺位于江苏省南京市东北栖霞山。创建于公元483年，初名"栖霞精舍"，山也因此名为栖霞。

主持僧朗在这里大力弘扬"三论"，梁朝皇帝曾派十个僧人随他学习，其中僧诠成就最大，几代相传，逐渐开辟了三论宗派，因而栖霞成为三论宗的祖庭。 唐朝初年，皇帝高祖李渊对寺院进行了大规模扩建，增加殿宇、楼阁达四十九座，与当时山东长清的灵岩寺、湖北当阳的玉泉寺、浙江天台的国清寺，并称国内"四大丛林"。后几经改名，"妙因寺"、"普云寺"、"栖霞禅寺"、"岩因崇报禅院"、"景德栖霞寺"、"虎穴寺"等。明代又改称"栖霞寺"。清朝咸丰五年(1855)，毁于战火。现存建筑大多为清朝光绪三十四年(1908)重建及民国初年陆续修建。 在修建寺院时，孙中山先生为报答栖霞寺方丈宗仰上人早年慷慨资助革命，捐银万元。1978年后又重修，现在寺内还设有中国佛学院栖霞山分院。

栖霞寺主要建筑有山门、天王殿、毗卢殿、客堂、斋堂、祖堂、念佛堂、藏经楼、法堂等。 1983年，该寺被定为汉族地区全国重点寺院。