早在十六世纪以前，此地就有一个古老的寺院，后来第九世大宝法王旺趣多杰和第四世泰锡度仁波切来到此寺，于1556年正式把这座古老的寺院建成为具有“黄金念珠”传承的八邦寺和措卜寺的分寺；并且，由第四世泰锡度仁波切亲自管理，在此寺院中传法修行安住很久。

 

　　在寺院后面的古珍神山上有个神奇的山洞，当时的泰锡度仁波切在此闭关修行，以此缘起，历代的泰锡度仁波切都在此修行，后来被人们尊称为“泰锡度闭关洞”。从第九世到第十五世的历任大宝法王也来此修行闭关，为弟子们加持传法，利益众生。

　　在很长时间当中，大宝法王和泰锡度仁波切，亲自住持和管理该寺，经过大宝法王和泰锡度仁波切两位尊者的慎重考虑，最终决定将祖雅寺托付他们共同认定的金成公主的儿子法王赤松德赞的化身南加多杰来管理、住持，弘扬正法。在他住持期间，传授了嘎举派的恒河大手印、纳若六成就法、玛哈嘎拉护法等，还传授了其他许多生圆次第法门以及五部大论等显密并行的佛法，使嘎举派的妙法甘露遍洒整个康区。受到德格土司、拉妥土司、朗庆土司这些大施主们的广大布施，由此祖雅寺成为康区嘎举派的主要寺院。

　　十九世纪时期，大宝法王、泰锡度仁波切和吉宗仁波切共同认定，只翁嘎玛才仁为降伏魔王朗达玛的莲师二十五大弟子其中之一的拉龙巴多的化身。只翁嘎玛才仁活佛的母亲是整个康区共认的智慧空行母的化身，她善良贤慧，为了弘扬佛法让只翁嘎玛才仁出家为僧，学法修行，广闻博思各派教法。十几岁时，只翁嘎玛才仁活佛已经能够自在地为四众讲经说法。

　　在只翁嘎玛才仁活佛一生中，为利益众生多次开取甚深伏藏，成为康区有名望的伏藏大师。他从自己自性智慧的海洋中取出了赫赫有名的《马头明王五修法仪轨》及其《会供仪轨》等诸多殊胜的法门。

　　二十世纪，由大宝法王、泰锡度仁波切、吉珠仁波切、敏林赤清法王共同认定，嘎玛丹增志美为只翁嘎玛才仁的第四代转世，并迎请活佛主持祖雅寺的一切事务，承担起祖雅寺的建设和僧众教育的一切义务。

　　闭关

　　闭关是修行者直接体验、体会心性的实修方法，西藏称为“古萨里觉贡”。严格说来，闭关以后才是真正的修行。因为只有闭了关，才能真正远离尘世的染污影响，真正按次第顺序修行。

　　习定是闭关的主要内容之一，习定又是闻、思、修的精华。因此，不受外界影响，有一定闻、思的基础再去实修，这样才能称之为“闭关”。密宗强调“即身成佛”，因此必须限期亲证实修。

　　按米拉日巴祖师的规定，应该去闭关的地方有三种：墓地、岩洞、最高的雪山。这些地方适合于修藏密瑜伽较高层次的功夫，如大手印、大圆满、施身法等。

　　方便闭关由行者自主，可以看经书、观心性，但是也要禁语、禁足、立功课表。究竟道的了生死闭关，是指未成就前誓不出关，未达目标誓不出关，一直闭到证悟成就。初修者不宜立即闭长关，当从三天、七天开始渐渐延长时间。闭关长的可有一年、三年、五年至十三年不等。闭关所修的内容分为几个次第：首先是五加行、四加行、六加行或十加行（任选其一），之后是生圆次第的修法，在这些基础上再修大圆满、大手印等无上密法。

　　闭关必须长期持续，不可间断；闭关期间应摒弃一切世俗琐事；每日除短暂的睡眠外，其余时间全部用来修定，不容有一丝散乱，才可能成功；有时外界的打扰也会使闭关事倍功半，因而选择闭关地点就成为重要的一环。

　　祖雅寺就设有闭关中心，祖雅寺的每一位修行喇嘛，都要经过至少三年三个月零三天的闭关实修，有的是六年、九年，甚至更长的闭关，这些喇嘛们发愿：在闭关期间，若不获得利益一切有情的圆满成就，誓不出关。正因为在此修行的每一位修行人都有此大愿，所以自古以来从这座寺庙中走出了难以计数的大成就者。

　　喇嘛们闭关的条件十分艰苦，闭关房是刮风入风、下雨漏雨。每天从早上睁开眼，就跏跌而坐开始一天的功课。

　　为了利益一切众生，在简陋的关房里将自己全部时间与精力投入到对真理的实修体验当中，他们熟练地运用恒河大手印、大圆满、大中观的利剑，身披精进修行的铠甲，手持利众菩提心的盾牌，在通向彻悟本性的道路上披荆斩棘，一路降妖除魔，不达目的誓不罢休。护关的人送去的三餐，经常是满满的又端回去。

　　有时他们一天吃一、两顿饭，甚至有时几天吃一顿。连说话都不可以，更不用说去洗漱、剪指甲了。

　　从入关那天起到多年后出关，头发胡子长得长长的……这里几百年以来一直沿续着这种良好的闭关传统。