藏传佛教直贡噶举派的祖寺，创建於1179年。噶举派高僧帕木竹巴的弟子仁钦贝.济丹贡波至止贡地方（史书作“必力工瓦”，“必拉公”，“直工”，“朱工”等，在今西藏墨竹工卡县东北），将其师兄木雅贡仁所阳小寺扩建盛开座大寺庙，取名直贡替寺，他亦因此被称为直贡巴，其所传教派则称直贡噶举。

　　据直贡派教法史《直贡法论》记载，直贡噶举的创始人是帕木竹巴的弟子直贡巴.仁钦贝（1143－1217年），他是四川邓柯（今四川甘孜州）人，属居热家族。他的家族世代信奉宁玛派。父亲叫俄强多杰（持密金刚），母亲叫宗玛。6岁时学习藏文，同时在父亲跟随前闻习佛法。据说9岁时已能讲经说法。后拜帕木竹巴为师，闻习帕木竹马教义后，生起了照见一切法真宝性的智慧。此后帕木竹巴又传授给他一种特殊的密法，使他的名望日益升高。25岁随贡塘喇嘛、直隆巴、页巴杜僧三位大师授予比丘戒。1177年至于1179年他曾在丹萨替寺主持三年。他37岁时来到墨竹工卡的直贡地方，创建直贡替寺，直贡巴的名字亦由此寺名而来，他所传的教派也被称为“直贡噶举”。

　　寺庙建成后，慕名来此学法者甚多，据说仁钦贝的信徒多达10万人。仅在一次该寺举办的法会上，外地参加者就有55525人。元初分封西藏各地方势力时，直贡为前藏万户之一，直贡寺寺主则直接担任了十三万户长，不一度拥有宣慰使头衔。因该寺地处交通要道貌岸然，政治上又得势，加之土地富庶，又是晨牧产品集贸地，故位居前藏三大万户之首。12905上，萨迦本钦联合其他万户声败了直贡噶举派，直贡替寺也遭战火焚毁，藏史称“林洛”，即寺院之乱。后来，寺虽修得，教派势力则大减。明永乐十一年（1413年），直贡替寺寺主仁钦贝吉坚参受封为“阐教王”，并赐印诰，其子孙得世袭此职。清时，该寺处於格鲁派政权达赖喇嘛管辖之下，也采用活佛转世制度，延绩至今。

　　直贡替寺有其自己的特点。该派注重戒律，认为以因果说和所谓真宝相融合，可以达到“真空”与“大悲”的境地。全寺由经堂大殿、藏经楼、坛城、护法神殿和修禅密室组成。修禅密室散落在主佛殿周围的山坡上。第个禅室只有一个小木门和小窗口，面积约6.7平方米。寺里规定僧人在密室中修习时间需为三年三个月零三天，最短也需六个月。修满三年以上者，可得到“仓巴”（修禅者）头衔。修习“拙火定”是该寺的一特点，据说修成后，在御寒等方面有着特异的功能，因其复艰难学，修成者寥寥无几。据说到目前为止，该寺修成拙火定的共有两人：巴密仁波切和丹增尼玛。施行“颇哇功”，即“灵魂出窍法”，是该寺僧人独有的灌顶方法。直贡替寺外还有一个在西藏被称为“世界三大天葬埸”之一的直贡天葬埸，藏语意译为“直贡替坛城”，天葬埸不不定期处有六个前世直贡活佛的灵塔。

　　十年浩劫中，寺庙遭到破坏，僧侣被逐。1980年后国家拔给巨款予以修复。1992年时，有29名喇嘛在此修禅，年老的取冥想的修禅方式，年轻的还需念经。据传直贡噶举是西藏很有影响的一个教派，名扬川、甘、青、滇四省的藏区和喜马拉雅山南麓，闻名全藏的巴年转冈底斯山、猴年转日神山均为该寺所创。

　　近年来，随着宗教政策的落实，直贡替寺管理得越来越好，在周围群众中影响很大，人们纷纷要求来寺当喇嘛。目前，在该寺修习的喇嘛已达百人以上。