孜珠寺位於西藏昌都地区丁青县境内，黑昌公路边的苯教圣山琼波山顶上，海拔高约400米以上，距今已有千年的历史，是西藏地区著名的苯教寺院之一。据苯教有关史料记载，孜珠寺始建於第二代藏王穆赤赞普时代，依照苯教堪钦尼玛的教历记载，穆赤赞普出生於公元前1075年，若依此推算该寺大约建於公元前1000年，至今约有三千年的历史。但此说未必可靠，还有待於研究。依孜珠寺高僧嘎尔旺郎吉美合著的《吉祥则珠寺历史摘要》介绍：“即第一代蕃王聂赤赞普之子穆赤赞普，从象雄迎请108位智者至蕃区，在蕃域上中下修建了37睡苯教徒聚集的庙宇，如拉九处中的谢勒嘉格，就是现今所说的吉祥则珠寺，也是十三传承八十持明修行圣地，后由公元1360年诞生的罗丹活佛等将寺庙重新修复后，讲辩著书，苯教日益兴盛。”以上只是一家之说，但有些藏史也曾记载，当聂墀赞普至雅隆地区时，曾接受正在那里放牧的十二名苯教徒的迎请，而这些苯徒代表着不同的族姓，并建造了第一座苯教寺院——雍仲拉孜寺（见《雍仲苯教目录》）。对以上的观点，佛教徒们提出了自己的看法，他们认为苯教传入西藏的时间是在第八位藏王止贡赞普时代。对於苯教传入的年代还有待於研究，但孜珠寺可算是吐蕃之前最早修建的苯教寺院之一。

　　孜珠寺基本上是依山而建的，除大经堂、佛殿之外，不有僧舍以及建筑在各个山岩上的修行小屋和修行洞。据传，孜珠寺在历史上曾受到三次毁灭性的破坏，最后一次是在文革时期。十一届三中全会以后，丁青县成立了寺院复修领遵小组，并开始修复工程。现已基本完成了修复工程建起了有36柱的大殿、金塔殿、禅院、讲经院等建筑。在各殿堂内塑造了诸本尊和觉者祖师等的塑像。

　　　金塔殿中有纯金铸成的难能可贵杰林巴上师的一座肉身灵塔、桑林班玛格旺的一座灵塔、用药泥塑成的一座无量寿塑像等。壁书有桑杰林巴本生传，内殿供有苯教《甘珠尔》的经堂，甘珠尔经堂中有以金铜合高约两层楼左右的誓愿无边佛像。其背面有十二仪轨诸神塑像，壁面绘有祖师辛绕弥沃的一百业绩及十二大业绩，并有《甘珠尔》和《丹珠尔》的经堂。寝室内有铜铸的上师莲花生大师塑像。壁书有不变金刚本部狮吼，上师红猛。土瑞寝室的外壁绘有十六罗汉、上师、千佛，还有孜珠寺的护法神杰布尼邦赛、火佑宝剑等。中殿经堂内塑有一人大小的色桑统治时轮身塑像、八处灵塔。壁书有具智本部的玛知仁青噶玛、普巴、谢玛尔，以及护法神大勒辛那布钦布等本尊。金殿中以金铜合铸的诸觉者合一化身辛拉奥格的巨大塑像及靠背，并塑有高大的的智慧狮吼、时轮、无量辛绕全胜的塑像。讲经院大殿内塑有大母介玛奥措和约有一人大小的启蒙知虹化身夏扎。扎西坚参的像用语诸多静室。还有占巴修行沿，穆曲修行洞，次旺修行洞，罗丹修行洞、莲花生修行洞。各大经院各有六个小院。孜珠寺的主寺六尖上有子寺哇格寺平措雍仲林，达西文当寺，扎科达杰寺，解姆雪寂静见司山寺，本寺色东雍仲林等等。这些子寺严守戒律，继承和发扬了本寺的优良传统。寺院内有两位司库管理寺中财产；禅房中有七位僧人长期修持密宗道次第的四生起次第，修持内外密三本尊，以闻思修三者证悟道。护法神殿中有三位僧人不间断地育吟三根本及诸护法本尊的颂辞。