在福康安会同达赖、班禅等西藏地方教、政要人共同商议后，经清朝中央政府审定颁行的《钦定藏内善后章程二十九条》的第一条就规定了转世灵童认定中的金瓶掣签程序。乾隆五十七年，皇帝派两名御前侍卫将一个金本巴瓶护送到拉萨布达拉宫，专门用于达赖、班禅等大活佛的转世灵童认定。清朝明确规定，今后寻认转世灵童时，要邀集四大吹忠(护法神)，将灵童名字、出生年月，用满汉藏三种文字写在象牙签上放进金瓶内，在有德活佛祈祷7日后，由众呼图克图(大活佛)和驻藏大臣在大昭寺的释迦牟尼佛像前正式掣签认定，即使寻访到的灵童只有一人，也需将他的签和一个空白签共同放入金瓶内，一旦掣出白签，就要重新寻找灵童。采用金瓶掣签方法后，原先的吹忠降神、打卦占卜和观湖等在寻找灵童过程中就主要用于求示寻访方向。

　　十世、十一世、十二世达赖喇嘛，都是用金瓶掣签认定的，而九世、十三世、十四世达赖喇嘛，因为只找到一个灵童，经驻藏大臣和蒙藏委员会代表以及摄政、各大呼图克图报请中央批准后免于掣签，就是说，即使免掣，也必须经过中央政府特批。金瓶掣签是成熟的宗教仪轨和历史定制，是中央对西藏行使主权的固有要策。