首先,西方基督教传统的核心观念——上帝创造世界、创造人类并以教会救赎人类——发生了巨大的变化。在马克思主义无神论、强调人的存在价值和独立思考禀性的存在主义和科学的进化论的批判和冲击之下,基督教社会并不再对上帝于某日创造伊甸园、创造世界万物乃至人类的祖先亚当夏娃之类的观念像过去那样坚信不疑了。他们在阅读和宣讲《圣经·创世纪》时往往更加强调上帝对人类的博爱和信仰者内心深处的体验性虔诚,而不是要求信仰者断然接受创世纪中具体事实的真实性。不仅如此,基督教世界还经历了从三位一体之一的上帝之子——耶稣对人类的救赎到依靠教会对人类的救赎、到在教会之外对人类的救赎、甚至到基督教世界之外的其他宗教传统或文明传统对人类的救赎的巨大演变,这些都不能不使人们承认马克思主义无神论和其他世俗的价值观对有神论传统的批判所产生的积极社会效果。

　　其次,基督教传统内部也逐渐形成了开放的判教标准。过去基督教神学界只以基督教为真正的宗教,而将一切其他传统统统斥为某类意识形态,如与基督教同属于一个“亚伯拉罕信仰系统”的犹太教和伊斯兰教分别被贬称为“犹太主义”和“穆罕默德主义”,以别于自己的“基督宗教”,其他的文明传统则统统被贬称为“某某主义”,如“印度主义”、“佛陀主义”、“道家主义”、“儒家主义”及“共产主义”等。而现在基督教世界的神学界也不反对将世界宗教理解为各具民族特色的文化体系了,这其中包括以人格神为特征的犹太-基督-伊斯兰宗教,以神秘主义的“梵”为最高观念的印度教体系和以“天人合一”为特色的中国圣人宗教体系。甚至在宗教的基本定义上,基督教的神学界也提出了以“终极关怀”、“实体”这样的心理体验和哲学概念来补充或替代传统的人格神宗教的定义,使超越人格神之神这一绝对的神秘观念占据了传统宗教最核心的地位。

　　最后,在宗教与科学的关系上基督教教会在很大程度上已经放弃了敌对科学的立场。如今的罗马教廷已经公开承认历史上对科学家的审判是个错误,而且今后也不可能再在教会的干预下,用宗教裁判所审判科学家或用火刑柱烧死科学家了。西方的宗教院校甚至神学院也可以开设自然科学的各类课程,传播与《圣经》教义相径庭的科学思想,神学家的著作中也有了达尔文进化论的引证……。这些情况表明,无神论与具体的科学思想已经促成了传统的基督教与科学之间关系的深刻变化,传统宗教的存在和新的发展是以放弃某些与无神论及科学思想相矛盾的观念和原则为前提的。而这也恰好证明了无神论、理性主义和科学思想对传统有神论宗教批判的价值之所在。

　　另一方面我们也应该看到,有神论或一般意义上的宗教仍然有其积极的社会功能。这就是说,无神论、理性主义和科学思想必然削弱传统有神论宗教思想的权威并促进其顺应历史发展而放弃某些违反科学的原则,但是传统宗教本身所具有的某种社会功能如维系社会的伦理道德,又使得它可以在放弃或改变某些基本原则的前提下仍然继续存在。

　　无论是代表西方传统的美国社会还是代表发展了的马克思主义传统的中国社会,都实行的是政教分离的政策,其基本原则也是基于宗教自由和宗教宽容精神之上的。这种情况或许可以说明,马克思主义的无神论在认识论方面的价值在于其突破了有神论对人的精神束缚,有利于促进科学技术的进步和发展;马克思主义的无神论在解释宗教产生的社会根源方面可以为社会主义国家的革命提供理论依据。但是,马克思主义的无神论在解释宗教的社会功能时只是将其与宗教产生的认识论和社会根源产生联系,而忽视了宗教的普遍社会功能,这就使得它在被运用于解释西方科技发达社会中普遍长期存在的宗教现象时缺乏应有的说服力,也不能够完全说明社会主义国家中长期存在的群众信教现象。因为在这两种情况下,历史上的马克思主义者预言的那种产生宗教的条件—社会不平等及人的思维颠倒混乱—基本上都被排除了,即从理论上讲中国的社会主义制度和北欧国家的福利社会制度消除了社会不平等,西方科学家群体已具备了高精度的理性思维,可是我们却不能因此自然推论说在这些情况下宗教基本消亡了。这些不争的现实要求我们实事求是地、科学地看待现在仍然存在的宗教现象和问题,而不能仅仅拘泥于过去的教条。只有这样才能真正发展马克思主义。而中国共产党人也正是在坚持马克思主义的普遍原理的前提下,用“三性”（宗教存在的长期性、宗教问题的群众性和特殊复杂性）和“四句话”（全面贯彻党的宗教信仰自由政策,依法管理宗教事务,积极引导宗教与社会主义社会相适应,坚持独立自主自办的原则）来揭示中国社会中具体的宗教状况并依此而制订符合中国国情的宗教政策,这当然可以视为是发展和丰富了马克思主义的无神论思想。要言之,马克思主义的本质就要求它的信仰者以与时俱进的、开放的、普遍原理与具体情况相结合的心态发展马克思主义,而中国共产党人在分析中国的宗教状况和制订具体的宗教政策方面正是按照马克思主义的这些本质要求发。