东晋朝廷中奉佛的也很多。元帝（317—322）、明帝（323—325）都以宾友礼敬沙门，元帝又“造瓦官、龙宫二寺，度丹阳、建业千僧”；明帝也“造皇兴、道场二寺，集义学、名称百僧”（《辩正论》卷三）。习凿齿《与释道安书》中并说明帝“手画如来之容，口味三昧之旨”。由于佛教收到崇尚，至咸康五年（339），庾冰辅政，代成帝诏令“沙门应尽敬王者”，尚书令何充等以为不应尽敬，使礼官详议，主张不一，往复三次不能决，于是搁置。后来隆安中（397—401），太尉桓玄又重申庾冰之议，慧远便著《沙门不敬王者论》五篇，其时朝贵亦致力宏护。建康的佛教，乃盛极一时。又东晋初期，名流相继避世江东，玄风也跟着南渡，从而长于清谈的义学名僧竺潜、支遁都为时人所重。竺潜（又作竺道潜，286—374），于《法华》、《大品》有深入的了解，永嘉初（307顷）渡江，为元、明二帝及丞相王导、太尉庾亮所尊重，后来隐居剡山三十余年，宣讲《方等》及老庄。哀帝时，应召重到建康，于宫内讲《般若》。他的学说，世称为“本无”义。支遁（314—366）研钻《道行》、《慧印》等经，出家后，在吴（今江苏吴县）立支山寺，后又入剡，住在卬山，晚年又到石城山（今浙江绍兴县东北）立栖光寺，游心禅苑。撰有《庄子内篇注》、《即色游玄论》等。哀帝时也召他到建康东安寺讲《道行般若》。他的学说，世称为“即色”义。当时名流郄超、孙绰、王羲之等都和他交游。他晚年在山阴讲《维摩经》时，许询为都讲。又当时名流的撰述，现存的有孙绰的《喻道论》载《弘明集》卷三），郄超的《奉法要》载《弘明集》卷十三）等。
　　东晋时代南北两地的佛典翻译，作出了许多超越前代的业绩：
　　其一是《阿含》、《阿毗昙》的创译。苻秦通西域,先后来了西域昙摩持、鸠摩罗佛提，天竺昙摩蜱，罽宾僧伽跋澄、僧伽提婆兜(佉)勒（吐火罗）昙摩难提等人。僧伽跋澄于建元十七年（381）到长安后，先后择出《鞞婆沙论》、《尊婆须蜜菩萨所集论》、《僧伽罗刹所集经》等，为《毗昙》的创译作出了贡献。其中《鞞婆沙》的翻译，由道安主持、对校，还为之作序。其次，昙摩难提于建元年中（364—389）译出《中阿含经》、《增一阿含经》等，是为大部阿含的创译，也是由道安与法和加以考证,道安并作了《增一阿含经序》。同时僧伽提婆和竺佛念一同译出《阿毗昙八犍度论》，道安也参与校定并作序。既而提婆南渡，慧远请他到庐山，于东晋太元十六年（391）译出《阿毗昙心》和《三法度》两论。隆安元年（397），更到建康，讲述《毗昙》，冬天又和罽宾沙门僧伽罗叉重译《中阿含》、校改《增一阿含》等，这就是现存之本。另外，道安曾在苻秦建元十八年，请鸠摩罗佛提（童觉）口诵《四阿含暮抄》梵本，佛念、佛护替他翻传。后来佛念又于姚秦弘始十四年（412）为佛陀耶舍传译《长阿含经》。佛念世居西河，精通梵语，传译了不少经籍，世称他为苻、姚两代译人之宗（《出三藏记集》卷十五）。
　　其二是大乘重要经论的译出。这主要是当时译家罗什的劳绩。罗什从弘始三年到十五年共十二年间译出经籍有七十四部（现存五十三部），其中重要的大乘经论有《大品般若》、《小品般若》、《金刚经》、《维摩经》、《弥陀经》、《弥勒下生经》、《首楞严三昧经》、《大智度论》、《十住毗婆沙论》、《中论》、《百论》、《十二门论》、《大庄严经论》、《成实论》、《坐禅三昧经》等，大都对于后来佛教义学发生巨大的影响，而发展有各种学系与宗派（如成实师、三论宗、天台宗等）。其次，佛陀跋陀罗所译的《六十华严》为后来贤首宗根本所依的经典。
　　其三是密教经典的译出。西域帛尸梨蜜多罗，于西晋怀帝时（307—312）东来，正碰到永嘉之乱，于是渡江，住在建康建初寺，于东晋元帝时（317—322）译出《大孔雀王神咒经》、《孔雀王杂神咒经》、《大灌顶经》等。
　　其四是律典的译出。在印度流传的五部广律，此时先后译出《十诵》、《四分》、《僧祇》三部。初译《十诵》的，是罽宾沙门弗若多罗。他于弘始六年（404）诵出《十诵》梵本，罗什译作华言，刚译到一半，而多罗圆寂；次年（405），西域沙门昙摩流支来长安，诵出其余部分，罗什又为翻译，两共五十八卷，《十诵》一部于是具足。又其后一年（406），罽宾沙门卑摩罗叉来到长安，他在罗什圆寂后，重校《十诵》译本，把最后一诵改作《毗尼诵》，并译出《十诵律毗尼序》，放在最末，合成六十一卷。这就是现行的《十诵律》。其次，罽宾沙门佛陀耶舍，于弘始十二年（410），诵出《四分律》，竺佛念翻译，到弘始十五年（413）译成六十卷。以后佛陀跋陀罗于东晋义熙十二年（416）在建康，和法显一同译出《摩诃僧祇律》四十卷。这些译本即为后来研习律学者的根本典据。
　　东晋时代的佛教义学，上承西晋，以般若性空之学为其中心。在罗什以前，从事《般若》研究的，不下五十余人，或读诵、讲说，或注解经文，或往复辩论，或删繁取精而为经钞，或提要钩玄而作旨归，或对比《大品》、《小品》，或合《放光》、《光赞》，从而对于般若性空的解释，产生种种不同的说法，而有“六家七宗”之分。六家是：一、道安（说无在万化之前，空为众形之始）、法汰、竺法深（说从无生有，万物出于无）的本无义。二、关内的即色义（说色法依因缘和合而生，没有自性，即色是空），和支道林的即色游玄义（说即色是本性空）。三、于法开的识含义（说三界万有都是倒惑的心识所变现）。四、释道壹的幻化义（说世间诸法都如幻化）。五、竺法蕴（对外物不起计执之心，说它空、无）、支愍度、道恒（两家之说不详）的心无义。六、于道邃的缘会义（说诸法由因缘会合而有，都无实体）。六家中本无家有两说，所以合称七宗。由于此时《中论》、《百论》还没有翻传，而且《道行》、《放光》、《光赞》诸本般若的文义又不畅达，故各家对于性空的解释，不免各有所偏。只有道安的学说还符合经义，但“炉冶之功，微恨不尽”。般若性空的正义，直到罗什才阐发无遗。罗什综合《般若》经论而建立毕竟空义，其说散见于《大乘大义章》和《注维摩经》中。后来僧肇继承他的学说，更建立不真空义。
　　在道安的时代，还有用“格义”的方法来讲述佛教的，这是和道安同门的竺法雅及康法朗、毗浮、昙相等。法雅少善外学，长通佛义，当时依附他的门徒，多半于世典有相当造诣，而于佛教教理却还没有入门，法雅于是和康法朗等把佛经当中的事数和世间典籍比配讲说，今门徒了解；这就叫作“格义”。后来这种方法为道安、法汰所驳斥而废弃。