元代华严宗仍主要传播于五台山。仲华文才为五台山佑国寺主持，其弟子有五台山晋宁寺的大林了性等，有一定影响。
　　4.白莲教与白云宗
　　在传统佛教宗派外，元代江南地区还流行白莲教和白云宗等教团。
　　白莲教是在宋代结社念佛、净土信仰广泛发展的情况下产生的。它在初创时期是佛教的一个世俗化教派，但在后来则演化为民间秘密教团。
　　白莲教创于南宋初年江苏吴郡延祥院僧人茅子元。据《莲宗宝鉴》，茅子元先学天台教义，习止观禅法，后慕东晋慧远莲社遗风，“劝人归依三宝，受持五戒”，“念阿弥陀佛五声，以证五戒”；制定晨朝礼忏仪，劝人信仰西方净土。他在江苏青浦县的淀山湖边，建立“莲宗忏堂”，修持净业，自称“白莲导师”。他提倡吃斋念佛，不杀生，不饮酒，男女僧俗共同修持。因其断肉食菜，故又名白莲菜。
　　白莲教的教义以为，净秽迷悟只是一心作，根据心的染净程度，众生所生净土才有高下差别，因此，它要求把修心与修净土结合起来。在民众中得到迅速传播。绍兴初年，当局以“食菜事魔”的罪名将茅子元流配江州（江西九江），三年（1133）被赦，宋高宗召见，并赐“劝修净业莲宗导师慈照宗主”的称号。子元死后，小茅阇黎等人继续倡导，使白莲教盛行于南方。
　　元代白莲教与民间信仰逐渐融合，群众基础日益广泛，政府屡屡感到不安。武宗至大元年（1308），诏令“禁止白莲社，毁其祠字，以其人还隶名籍”。由于庐山东林寺普度撰《庐山莲宗宝鉴》，解释子元白莲教正义，加上白莲教其他上层人物的积极活动，一度恢复它的合法地位。但白莲宗的下层则转向秘密发展，教义也有变化，成了鼓动和组织农民反抗统治者的手段，终于导致了元末农民的大起义。
　　白云宗原属华严宗的一支，又名白云菜或十地菜，是北宋末年居杭州白云庵的沙门孔清觉（1043—1121），提倡菜食为主，吸引在家信众而建立的一个团体。
　　清觉以为唯《华严经》教义是“顿教”，属“菩萨十地”中第十地，因而是引导众生成佛的“佛乘”，需要特别加以弘扬。他依据华严宗圆融无碍之说，着力提倡儒释道三教一致，认为儒教明乎仁义礼智信，忠孝君父；佛教慈悲救苦，化诱群迷；道教则寂默恬淡，无贪无爱。虽然各有特点，其义则一。白莲宗僧人可娶妻生子，白云宗则不许娶妻，但强调信徒要耕稼自立。其余在戒荤戒酒戒杀等方面两宗大体相同。在浙江西部农村中，白云宗得到很多信徒，据说往往有以修忏念佛为名。男女混杂秽乱的情况，被视作“邪教”。政和六年（1116），清觉被发配广南恩州（广东恩平），四年后获释。南宋嘉泰二年（1202），有奏曰：道民“吃菜事魔，所谓奸民者也。自植党与，十百为群，扶持妖教，聋瞽愚俗。或以修路建桥为名，或效诵经焚香为会，夜聚晓散，男女无别，所至各有渠魁相统……假名兴造，自丰囊囊，创置私庵，以为逋逃渊薮”，请禁止流行。宁宗准奏。
　　到了元代，白云宗一度有较大发展，杭州南山普宁寺成为该宗中心。该寺住持道安组织雕刻了又一部大藏经，名《普宁藏》，除了复刻宋代思溪《圆觉藏》外，还加入了白云宗的撰述和元代新译经。元仁宗延祐七年（1320），白云宗再次遭到严禁。