明代佛教是从明太祖洪武元年（1368）至毅宗崇祯十七年（1644）前后二百七十六年间朱明一代的佛教。
　　明代政权建立之初，有鉴于元代崇奉喇嘛教的流弊，转而支持汉地传统的佛教各宗派，因此喇嘛教在内地渐衰，而禅、净、律、天台、贤首诸宗逐渐恢复发展。太祖早年出身于僧侣，对于佛教有意加以整顿。洪武元年（1368）即在南京天界寺设立善世院，命僧慧昙管领佛教，又置统领、副统领、赞教、纪化等员，以掌全国名山大刹住持的任免。三年（1370）又召集各地僧耆，规定寺院为禅、讲、教（包括依瑜伽教修行及应赴佛事等）三类，要求僧众分别专业。随后又召集江南名僧至南京，启建“广荐法会”及点校藏经，进行刻版。对于僧人普给度牒，废除过去计僧卖牒的免丁钱，并命各地沙门讲习《心经》、《金刚》、《楞伽》三经。到了洪武十五年（1382），对于佛教的整顿更为积极，仿照宋制设各级僧司、僧官［其制在京设僧录司，各府设僧纲司，州设僧正司，县设僧会司。僧录司诸僧官由礼部任命，有左、右善世，左、右阐教，左、右讲经，左、右觉义等职。主要任务是监督僧众行仪及主管考试等。从洪武二十五年（1392）起，僧录司务僧官都按级给俸，最高的月给米十石，最低的五石。见太祖实录］，制定僧服色别，严格区分禅、讲、教三类。十七年（1384）采纳礼部尚书赵瑁的建议，规定每三年发度牒一次，并加考试，不通经典者淘汰。二十四年（1391）命各州府县只许保留大寺观一所，僧众集中居住，限各府不得超过四十人，州三十人，县二十人。规定男子非年达四十岁以上，女子非五十以上者不准出家见《明史.职官志》三）。复通告全国，防止僧俗混淆，规定僧人诵经仪式和施主布施金额，这就是所谓《申明佛教榜册》，是明初整理佛教的一项重要文件。又命各府州县的僧官，就地调查杂处民间的僧人实数，要他们集中居住。次年（1392）通知全国各级僧司造僧籍册，拟刊布各寺，使互周知，名为《周知板册》。后以执行手续过烦，不久就停止了。
　　明初以来，僧道度牒是免费发给的。但考试限制很严，私度因而激增。代宗景泰二年（1451）因救济四川、贵州饥荒，采纳朝臣建议，实行收费发牒制度，凡僧道纳米五石者，给与度牒。宪宗成化二年（1466），淮扬地方大饥，也用同法以赈济。成化八年（1472）淮扬巡抚张鹏请给僧道空名度牒一万道，以买米济荒，虽一度遭到反对，但到了次年户部却发给空名度牒十万道，以赈济山东。这样，有牒僧道既大量增加，寺观自然随之而增。据成化二十一年（1485）统计：在成化十七年（1481）以前，京城内外的官立寺观，多至六百三十九所。后来继续增建，以致西山等处，相望不绝。自古佛寺之多，未有过于此时者。而纳费发牒之举，直继续到明末为止（《大明会典》卷一百零四）。
　　明代寺院的土地虽不如元代的多，但明初对于大寺，也常有给田赡僧之举。如报恩、灵谷、天界，号为南京三大寺，都有许多寺田。南京报恩寺的田地塘荡就有一万余亩（《金陵大报恩寺塔志》）。江南各地著名寺院也都有相当多的土地。常州武进县土豪陆衡典了弥陀寺田土三千亩，到期不肯全部交还，因此兴讼，于是开始禁止买卖寺田（《钦录集》洪武十九年条）。洪武二十七年（1394），规定全国大寺有钱粮者，设钻基道人一人，专办差税，其余僧众都不许在外奔走，交结官司。到了景泰年间（1450—1456），令各处寺观田地，每所限置六十亩为产业，其余都拨给农民佃种纳粮（《大明会典抄略》“僧录司”），钻基道人之制也就跟着废止了。明代对于喇嘛仍给以应有的宗教上优遇。洪武六年（1373）前元帝师喃迦巴藏卜入朝，即与以炽盛佛宝国师称号。洪武七年（1374）帕思巴后代公哥监藏巴藏卜入朝，又尊为帝师，加国师称号。设置西宁僧纲司，任喇嘛三刺为都纲；于甘肃河州，设置番汉二僧纲司，以藏僧任僧官。成祖即位后，对喇嘛更加重视。永乐元年（1403）遣中官侯显入藏，迎哈立麻至京，亲往慰问，请于南京灵谷寺启建法会，给与大宝法王称号。当时宗喀巴（1357—1419）在藏传弘佛法，名称普闻，成祖又派大臣四人往请，宗喀巴派遣上首弟子释迦智（1354—1435）前来京师，成祖即给他以大慈法王称号。后释迦智回西藏创建色拉寺（拉萨三大寺之一），又再度至京，任永乐、宣德两代国师（张建木《宗喀巴大师传》）。计永乐时代（1403—1424）受封的藏族喇嘛，有五王、二法王、二西天佛子、九大灌顶国师、十八灌顶国师（《明会要》卷七十八）。宪宗、孝宗、武宗三代（1465—1521）都深崇喇嘛。来京藏僧，也多给以西天佛子、灌顶国师等尊号。武宗且通达梵语，自号大庆法王，给藏僧食茶八万九千余斤。神宗万历五年（1577）蒙古可汗俺答入青海，闻第三世达赖索南嘉措（1543—1588）至西宁附近弘法，即率众万人欢迎，给以“遍知一切瓦齐尔达赖喇嘛”尊号（达赖喇嘛之名就从这时开始）。索南嘉措遂致书当时宰相张居正致敬，表示当劝顺义王（时俺答受封为顺义王）早日回蒙，并献礼物四臂观世音、氆氇、金刚结子等。万历十六年（1588）神宗曾派人迎索南嘉措前来北京，但他于是年即在内蒙逝世了。
　　明初各宗派中，禅宗盛行，而以临济为最，曹洞次之。元末禅僧继续传法于明初的，有楚石梵琦、梦堂昙噩、愚庵智及。明初知名的禅僧有季潭宗泐、恕中无愠、呆庵普庄、见心来复、斯道道衍、雪轩道成、南洲溥洽等。中叶以后，则有楚山绍琦、空谷景隆、笑岩德宝、无明慧经、无异元来、永觉元贤、湛然圆澄等，各阐禅学于南北各地。
　　梵琦（1296—1370）和昙噩都曾参加蒋山法会，为太祖所礼重，著有《北游集》、《凤山集》、《西斋集》及《六会语录》。昙噩（1283—1371）著有《新修科分六学僧传》三十卷行世。智及（1311—1378）四主名刹，为元叟行端以后的有名宗匠（《南宋元明禅林僧宝传》卷十）。
　　宗泐（1318—1391）与来复齐名。洪武五年（1372）于钟山建法会，太祖命他升座说法，并作《赞佛乐章》八曲，又命主金陵大天界寺，掌全国僧事。与如玘笺释《心经》、《金刚经》、《楞伽经》，颁行全国。所著有《全室外集》九卷。无愠（1309—1386）从元叟行端出家，居台州瑞岩时，日本怀良亲王慕他的名望，遣使请往日本传教，太祖因此召他至南京，但无愠以老病辞。所著《山庵杂录》二卷，称为宗门七书之一（《南宋元明僧宝传》卷十二）。普庄（1347—1403）深于禅学，又善讲说。洪武十年（1377）朝廷命各地僧徒讲习《心经》、《金刚》、《楞伽》三经，他受请讲授于金山寺，由是著名。又曾主江西訟E居山及浙江径山。所著《呆庵语录》，后湮没不传（《南宋元明僧宝传》卷十三）。来复（1319—1391）擅长诗文书法，历主宁波天宁及杭州灵隐诸大刹，曾被召至京，受四众归敬。后因丞相胡惟庸案牵连被杀。著有《四会语录》及《蒲庵集外集》六卷。道衍（1335—1418）号逃虚子。成祖起兵时，任为军师，即位后，论功授僧录司左善世。永乐二年（1404）任太子少师，复姓姚，命名广孝。常居僧寺，冠带而朝，还仍缁衣。他除监修《太祖实录》及监修《永乐大典》外，著有《道余录》一卷、《净土简要录》一卷、《诸上善人咏》一卷、诗文《逃虚子集》十卷（《明史》卷一百四十五）。溥洽（1346—1426）博究教典，并通儒书，曾任僧录司左善世。建文帝出奔时，成祖疑他与闻其事，把他拘禁十余年。后因道衍临终之请，始释其狱。寂后，杨士奇为撰塔铭（《补续高僧传》卷二十五）。道成（1352—1432）出于万松法嗣雪庭福裕一系，尝住金陵天界寺，永乐初曾出使日本。