清代佛教是从清顺治元年（1644）至宣统三年（1911）共二百六十八年间清朝一代的佛教。清朝对于佛教的政策几乎完全是继承明代的。首先在管理方面仿照明代僧官制度，在京设立僧录司，所有僧官都经礼部考选，吏部委任。各州府县僧官，则由各省布政司遴选，报送礼部受职。所有僧官的职别名称，都和明代无异（康熙《大清会典》卷七十一）。
　　清初对于寺庙僧尼悉有限制。顺治二年（1645）禁止京城内外擅造寺庙佛像，造寺须经过礼部允许。已有寺庙佛像亦不许私自拆毁。也不许私度僧尼。对于僧道，一律官给度牒。康熙四年（1665）以来，对于私立庵院及私度僧尼都有法律规定。但自乾隆四年（1739）以后，随着人口的增加，私度僧尼人数也有增加，一时难于查补给牒，因之从乾隆十九年（1754）起，通令取消官给度牒制度。此项政令一直延续到清末。
　　清初寺庙僧尼数字，据康熙六年（1667）礼部统计：各省官建大寺六千零七十三处，小寺六千四百零九处；私建大寺八千四百五十八处，小寺五万八千六百八十二处。僧众十一万零二百九十二人，尼众八千六百十五人。寺庙共七万九千六百二十二处，僧尼合计十一万八千九百零七人（《大清会典》卷十五、“礼部方伎”）。但自乾隆元年（1736 ）至四年（1739）止，共颁发过各省度牒部照三十四万零一百一十二纸，并令师徒相传，不必再发。其后私度的人渐多，乾隆十九年（1754）便通令废止给牒。至清末时，全国僧尼约有八十万人（太虚《整理僧伽制度论》）。
　　清朝统治者最初接触到的佛教，是中国西藏地区所传的喇嘛教。当十七世纪初起，已有喇嘛到关外传教，曾受到清太祖的礼遇。太宗时（1627—1643），盛京（今沈阳）方面已开始和当时西藏的达赖喇嘛第五世（1617—1682 ）建立关系。世祖顺治九年（1652）达赖第五世应请入京，受清朝册封。世祖又好参禅，先召京师海会寺憨璞性聪（1610—1666 ）说法。又召浙江玉林通琇（1614—1675 ）、木陈道忞（1596—1674）等入京说法。通琇弟子茚溪行森和道忞的弟子旅庵本月、山晓本晰相随入京，也各助传教。通琇后又入京，世祖命选僧一千五百人从他受戒，尊为玉林国师，以表示他对汉地佛教的推崇（《普济玉林国师语录年谱》卷下）。其次圣祖出巡南北，常住名山巨刹，赋诗题字，撰制碑文，对佛教也表示接近。世宗常与禅僧往来，自号圆明居士，辑古德参禅语要，成《御选语录》十九卷，以禅门宗匠自居。又从章嘉国师参学。清朝对于西藏地区的政教事务非常重视，于雍正六年（1728）设驻藏大臣，管理西藏政务。乾隆五十八年（1793）制定章程二十九条（即《钦定章程》），确定了西藏地区政教合一的制度。所有西藏地区寺庙和喇嘛都受清朝理蕃院管理。
　　清代的译经，主要是国内各族文字的互译。雍正初年北京黄寺土观呼图克图第一世奉命将藏文藏经甘珠尔部分译为蒙文。又乾隆六年到十四年（1741—1749 ）译成蒙文丹珠尔全部。乾隆三十八年至五十五年（1773 —1790 ）又译藏文大藏为满文。乾隆七年（1742）工布查布在北京依藏文佛典译成汉文的有：《造像量度经》、《造像量度经解》、附撰《造像量度经引》及《续补》各一卷；《弥勒菩萨发愿王偈》、《药师七佛供养仪轨如意王经》各一卷；稍后阿旺札什继译《修药师仪轨布坛法》、《白救度佛母赞》各一卷；嘎卜楚萨木丹达尔吉译《极乐愿文》一卷、萨穆丹达尔吉译《释迦佛赞》一卷。
　　清代的刻经事业，在顺治、康熙（1644 —1722）年间，民间各地所刻的僧传、语录等都集中于嘉兴楞严寺，当时发行的有《续藏经》九十函，二百三十七部，《又续藏经》四十三函，一百八十九部（见1920年北京刻《嘉兴藏》目录），都是清初所刻而附于明版《嘉兴藏》的典籍。此外，如福州鼓山清初所刻的有《华严经》、《华严疏论纂要》、《憨山梦游集》等（《福州鼓山庋藏经目录》）。清代官版藏经之刊行，始于世宗时代。世宗雍正十一年（1733），特开藏经馆，延请博通教义的僧人于北京贤良寺校阅编稿。正式开刊始于雍正十三年（1735）二月，至乾隆三年（1738）十二月完成，前后历时四年，称为《龙藏》。内容系据明刻《北藏》本而增入经论义疏及禅宗语录等，凡七百二十四函，一千六百七十部，七千二百四十卷；嗣于乾隆中，撤去其中五种七十三卷。总理藏经事务者为和硕庄亲王允禄，参加监造、校阅人员共七十余人（《大清三藏圣教目录》）。版本形式为梵夹本，国内名山大刹多请置，并建藏经楼贮藏。全部经版，现保存于北京柏林寺。康熙二十二年（1683）命刊藏文藏经甘珠尔（乾隆初略有修补）。雍正二年（1724）又刊丹珠尔，即今之北京版《西藏大藏经》。乾隆中又刊《蒙文大藏经》。后又续成《满文藏经》。全藏共一百零八函，六百九十九部，二千四百六十六卷。经版于1900年毁于入侵中国的八国联军之手。
　　清代从道光以后，国势衰落，佛教也不振。佛徒多致力于经典的校刻与流通，有助于佛教的传播。先是郑学川（1826—1880 ）于同治五年（1866）在扬州成立江北刻经处，他自己即在这一年出家，法号妙空。以后他又创立苏州、常熟、杭州、如皋四个刻经处，前后十五年间，所刊佛经近三千卷。杨文会（1837—1911）字仁山，初时对郑学川在扬州的刻经事业，极力护持，并募财相助。后在南京自创金陵刻经处，从事校刊佛典。光绪四年（1878）他随曾纪泽到过英法，于伦敦认识日僧南条文雄（1849 —1927），知道中国唐宋间散佚的佛典章疏，尚多保存于日本。归国以后，即托南条在日本搜购古逸经论撰述二百余种。前后刻成经典三千余卷，并图像多种。到了清末宣统元年（1909），金山宗仰（1865 —1921）得罗迦陵之助，与黎端甫、汪德渊等在上海依日本弘教书院《缩刷大藏经》加以校印，全藏共四十函，一千九百十六部，八千四百十六卷，由频伽精舍刊行，号《频伽大藏经》。
　　清代佛教宗派，继承着明末的遗绪，仍以禅宗为最盛，净土次之，天台、华严，律宗、法相等又次之。
　　清初禅宗，有临济的天童、磬山二系和曹洞的寿昌、云门二系相对峙。天童密云一系，以汉月法藏（1537—1635 ）、费隐通容（1593 —1661 ）、木陈道忞（1596 —1674）、破山海明（1597 —1665）四支为最蕃衍。法藏开法三峰（江苏常熟），门徒最盛，后继者有杭州灵隐具德弘礼（1600—1667）、苏州灵岩继起弘储等。弘礼门下，出有晦山戒显、硕揆原志等，各传禅道于吴楚。弘储历主浙江大刹，广受缁素皈依。他的门下金赋原直住南岳和德山（湖南常德），楚奕原豫住潭州云盖山，灵岩之道，遂大行于湖南。通容历主福严（浙江石门）、黄檗（福建福清）诸大刹，他的法系传入福建，门下出有隐元隆琦和亘信行弥。隐元（1592—1673 ）晚年应请东渡日本，成为日本黄檗宗的开祖。亘信（1603 —1659）历主雪峰和南山，大扇宗风于闽南。其徒如幻超弘（1605 —1678）住泉州小雪峰，被称为一方宗匠。道(忞)继密云主持天童，应召入京说法，受清世祖礼遇。海明门下出有丈雪通醉，其法系盛行于四川、贵州，至今传承不绝。磬山天隐门下一系，出有箬庵通问与玉林通琇等。通问开法杭州理安寺，后主镇江金山，成为清初以后禅宗最盛一系。通琇自武康报恩寺应请入京传戒后，名重朝野。晚年开法浙江西天目山，所居号禅源寺，一时称为法窟。