六祖之后，其诸大弟子各自承袭并发展了其学说的一个方面，南岳怀让重视如来藏之说，强调自性涅　　，青原行思与荷泽神会则重视其般若之说，强调自性菩提。怀让弟子马祖道一再次强调《楞伽经》在禅门的地位，以对抗神会《金刚经》传宗之说。行思弟子石头希迁则重视作为三论宗鼻祖的僧肇之说，继承了南方佛教重视般若的传统，强调自性灵智。马祖为不世出的大宗师，其门下又人才辈出，故能逆风而行，抗俗独立，使得南方风气几为之变，即心即佛，言满天下。牛头石头，皆不能顾视其肩。然而逆水行舟，力小莫为；顶风疾步，莫能持久。马祖虽然天下独步，其后世却未能在南方独领风骚，沩仰宗昙花一现，临济宗大行北方，并非偶然。
  药山惟俨往来于二大师之间，虽然他从马祖学法时间较长，其弟子冲虚等以其为马祖嫡传，但他于石头宗旨也非毫无汲取。石头一宗虽然在初期根本无法与洪州宗相比，却符合南方的佛教传统，具有持续发展的潜力。曹洞宗虽以马祖宗旨为主流，却又大量吸收了石头的思想理论。随着马祖系主流力量的北移，客观上被压制已久的石头一支开始抬头，本来就包含着石头法乳的曹洞宗改宗就变成依时顺世的自然而然的行为了。不光曹洞宗如此，就连早已被明确宣布为马祖弟子的道悟后世都急着宣称自己是石头的后人，这不能不说是风气使然，环境使然。
  也许还有一个曹洞宗人不愿道及的原因，即药山在两系的地位问题影响了曹洞宗的选择。马祖门下龙象辈出，且诸大弟子早有定评，就连后世名声显赫的百丈怀海、南泉普愿都无法挤入大弟子的行列，何况入门在百丈之后的药山呢？因此，虽然有唐伸的举扬，冲虚的尊礼，药山在马祖门下如孔门之洙泗的地位根本得不到时人的承认。而在石头门下则完全不同，石头本来门庭冷落，弟子无多，一转到石头门下，药山则顿时身价倍增，成为嫡传大弟子。这是因为药山的后人创立了曹洞宗，在南方成为继沩仰宗之后的影响最大的宗派，而天皇道悟由于被公认为是马祖的弟子，传承上存在争议，且其传人德山的弟子雪峰义存又先从洞山受学，不好抹杀洞山的祖师的影响，故使药山成为石头门下第一人，压倒了名声显赫的道悟和天然。
  原来兼学两家、而且更应视作马祖传人的道悟、天然、药山三大家均被后人宣布为石头的传人，马祖一门好象并未反击，而是予以默许，这也是比较奇怪的事。崔彦撝《有晋高丽中原府故开天山净土寺教谥法镜大师慈镫之塔碑铭并序》在言及禅宗传承时也称“能其后分而为二，其一曰让，其一曰思，其下昭昭，此则何述焉”，承认思与让分立的地位，虽然未曾明言，似乎也等于默认了药山等三家的改宗，若非如此，思与石头下无传人，何以与南岳并肩！这位法镜大师法名元晖（879—941），为麻谷法孙，属于江西一派。或许马祖一派人才太多，不在乎有几个人改换门墙。或许马祖后人乐得他们改换门庭，以免与自己争正统。但这些似乎都是靠不住的理由。向来一派之兴盛，既要有实力为基础，又须有舆论之举扬，而舆论文字之作用，愈是后世，愈得以显现，因为实力要受一定社会历史条件的局限，未必能长期保持，而一旦形成文字资料，就会发生长久的影响，这是不立文字的禅宗热衷于修宗史、作灯录的原因之一。与洪州宗的兴盛相应，南岳一系的智炬作《宝林传》，为之大加鼓吹，使之成为曹溪的正传。智炬特意借上代祖师之口，作了不少谶语，以预示后来南岳系的正统地位，其中借二十七祖般若多罗之口作一谶语：震旦虽阔无别路，要假侄孙脚下行。金鸡解衔一粒粟，供养十方罗汉僧。以金鸡喻怀让出生地金州，以十方喻道一出生地汉州什邡，表明怀让一系才是六祖正传。然般若多罗又有一谶语说菩提达摩：路行跨水又逢羊，独自恓恓暗渡江。日下可怜双象马，两株嫩桂久昌昌。其中“日下”《祖堂集》释为京都，“双象马”释为宝志和傅大士，“两株嫩桂”释为“少林”。但这种解释不能说是唯一的，“日下”也可以释为“日后”，“双象马”也可释为后世的两大传人，同样，“两株嫩桂久昌昌”也可释为后世两大支派并行不悖，长久昌盛。
  在智炬作《宝林传》的时代，既有南宗与北宗的相互抗衡，在南宗内部，又有洪州系与荷泽系的并立。故“双象马”初期可能喻指惠能与神秀，后来北宗渐衰，也可以此喻指南宗门下的怀让与神会，故“两株嫩桂”可能先是喻指南宗与北宗，后来又指南岳派与荷泽派。但在会昌法难之后，形势大变，不仅北宗势力衰微，就连靠攻击北宗起家的神会一系也法系不明、难以为继了，只有南岳一系仍旧保持着繁荣兴盛的势头，这就和祖师所预言的“两株嫩桂久昌昌”不符了。
  虽然智炬可能是拉大旗作虎皮，但他打的是祖师的旗号，后世虽然知道他不过是假传圣旨，也不得不加以承认，如今祖师的预言有落空的危险，这是一件不得不赶紧解决的大事。《宝林传》（后为《祖堂集》袭用）借那连耶舍之口所预言的六祖弟子只有四人，一是怀让，二是神会，三是印宗，四是慧忠，没有行思的影子，却有石头希迁，这可能是因为智炬住锡南岳，对希迁有所了解。说印宗大概是因为他与六祖有大因缘，言慧忠是因为他被尊为国师，对当时禅宗影响颇巨。然至后世，四大弟子中只有怀让一支独盛，其他三人传承不继，无法承担与南岳并传的重任，在曹溪门下，也找不到另外一支。数来数去，只有希迁的名字在那连耶舍的预言中出现过，并且也算得上是有些影响的一家，宗密《禅源诸诠集都序》中述禅门十家时提到过他，虽然宗密将之列为第二等，认为其不足以代表曹溪，但在南宗门下，算是江西、荷泽之外的第三家，既然荷泽宗已然衰落，就只有让石头一支补缺了。
  只是让石头一支补缺，还不能解决问题。因为石头门下有影响的弟子太少，虽然其弟子道铣有意抬举，道是“自江西主大寂、湖南主石头，往来憧憧，不见二大士为无知焉”，好象石头处于与马祖并列的地位，门下皆相互参访，但真正属于石头的却寥寥无几，其中毫无争议且为时所重的更是曲指可数，除潮州大颠有些影响外，再难觅其人。而后世影响较大的江陵道悟、丹霞天然、药山惟俨三大家，全是与马祖关系密切、或者说被认为是属于马祖一系的。在这种情况下，只有将此三家转入石头一支，才能从根本上解决问题，使之力量大大增强，成为与南岳系并列的一大门派。因此。三家的后世不约而同地宣称自己是行思的后人，而马祖一派也加以默认。
  改宗事件正好发生在会昌法难及荷泽宗衰落之后，并非偶然。然三家后人的意见也不是完全统一的，道悟一支以雪峰义存为代表，明确宣布自己属于青原系，药山一支则不太明了，这一方面是由于已经有唐伸碑文的存在，对于改宗是一个不小的障碍，另一方面，洞山之后谁代表药山一支的问题也未解决，石霜庆诸影响不小，传说洞山卒后学徒云聚石霜山，而庆诸却避入深山，而洞山门下也有云居道膺和曹山本寂两大家，嫡庶难分。从洞山的意旨、当时宗门的影响和理论上的创建来看，曹山无疑应当是洞山的嫡传，曹洞宗之名自有来历。但从法系的延续、后世的地位及当时的社会作用来看，云居无疑占有更为突出的位置。