2．元代的密教
　　
　　因西藏密宗势力随元朝军事统治力量的推展，普遍渗入全国各地，据有宗教的特权，喇嘛们幻想政教合一的局面，全国各宗派的佛法，都受到极大的斫丧，从此各宗佛教，元气大丧，几至一蹶不振，只有禅宗在丛林制度的卵翼下，尚能存其微弱的传统命脉。净土宗因其平易近人，始终还能存在，而为民间普遍的信仰。
　　
　　3．明代的佛教
　　
　　明代承元朝的余绪，到永乐年间，虽然放逐密宗，但因两宋以后，理学家的思想，已深入知识分子的阶层，又因朱明政权提倡儒学与朱注经疏，将它们定为士大夫进身的范本，在明代三百年间，作为佛教唯一权威的禅宗，也难与理学相抗衡，只好故步自封，它的传统也是不绝如缕。晚明垂末，理学家的王学大行，佛教人才衰落，僧众良莠不齐，难以重振唐、宋时代的声威。到万历时期，先后产生佛教四位名僧，如憨山（德清）、紫柏（真可）、莲池（袾宏）、蕅益（智旭），佛教界称之谓“明末四大老”。他们都是深习儒家学说，后来宣扬佛教的思想，也都是儒佛同参，互为依傍。憨山大师因名位过高，牵涉宫廷争立太子的案中，被贬到过潮州，他一生著作等身，门弟子编集其全部著作，自题为《梦游集》，其中有佛化言儒的《大学》、《中庸》直指，佛化言道的《老子》、《庄子》注等。莲池、蕅益两位大师专弘净土。而蕅益的著述，也有佛化言儒的《论语点睛》和《周易禅解》等书。紫柏因争立太子案牵连，在狱中坐化。明末佛教的命运，也随帝室的兴衰而日趋没落。在明清交接之间，还有一位有名的诗僧苍雪大师，为明末志士遗老们的方外密友，以阴助他们匡复明室的活动。
　　
　　4．清代佛教的衰落
　　
　　清代入关之初，西藏密宗黄教的祖师，第五代达赖，已经在明末时期，潜与满人有了默契，同时满人为了牵掣蒙占，联合满蒙的力量，也极力崇敬章嘉呼图克图。所以满人入关之初，便册封达赖、班禅，又尊奉章嘉十四世为国师。自顺治至康熙，都与蒙藏两地的密教，有息息相关之妙。顺治虽然也从玉琳国师学过禅宗，但并不因此而改变其羁縻喇嘛，推崇密教的政策。无论为政治的需要，或宗教的信仰，初期的满清，是偏向佛教的密教的。到了雍正年间，因他本人在藩邸的时间，曾经与逝陵性音禅师等相往还，有过一段不算短的时间，专志参究禅宗，自己以为已经大彻大悟，认为迦陵性音的禅是不够的，倒是推崇章嘉十四世国师，说他是一位真知灼见的见道者。等到他就职登位的时候，以一代帝王之尊，在深宫内院领导和尚道士参禅，自称为“圆明居士”，也是一代禅宗的大宗师。并且屡下诏书，大弘禅宗的临济宗派，废除明末以来密云圆悟禅师旁门的汉月法藏禅师法统。命令天下禅师，可以随便找他谈禅论遭，决不以帝王的尊贵自恃。同时又下诏书，训诫和尚们不可学作文章诗词，要以专心修道为务。据传，中国佛教徒的出家僧众，受戒时在头顶上灼烧戒疤，便是他的杰作。因为他信仰佛教，大发慈悲，准许天下士庶，自由出家。但又恐明末的志士遗老，混迹其间，难免掀起匡复的工作，便在出家人的头上烧疤，以资辨认，同时也是防止乱源的办法。是有意或无意的作为，一时还难考证，但是佛教徒出家的滥觞，确从清初开启厉禁，为始阶，可谓“爱之适以害之”了。乾隆一代，承皇室传统习惯，也笃信佛教，他是专修密宗法术的专家，到了他退位为太上皇时，更加虔诚，临死前还口念咒语不绝。嘉庆以后，因欧风的东渐，西洋文化思想，随教会以俱来，佛教的命运，也随时势的推移，而大有转变了。

　　结论
　　
　　佛教传入中国，自汉末历魏晋南北朝三百余年间，可以说为中国学术思想，注入了新的血液。也可以说引起中国学术思想，经过一段相当长久的纷争。但佛教在中国史上，白始自终，没有直接影响到政治的作用，在隋唐之间，只有为争取学术地位的师道尊严，经过几次辩论，结果被历代帝王政权所承认，对于出家僧众，在宗教地位上，始终以师道相待，彼等对帝王，可以长揖问讯而不跪拜，这个传统后来一直延续到清末。初期佛教，人才辈出，尤其在隋唐五代宋之间，历代高僧，都是学识淹贯，渊深通达之士，盛唐之间，有几次以考试佛学经论，选拔出家僧众，史称“某某和尚，以试经得度”，便是这个制度，所以出家僧众，素质也比较优良。但在唐玄宗时代，政府也曾用鬻买“度牒”（出家僧众的凭证）来充实财政经费，等于清末科举功名的捐官或捐监。总之，佛教在中国政治史上，因高僧大德们的注重教化，从不干预政治，所以向来都被优容尊敬，任从民间自由信仰。虽然在佛教史上，曾经在南北朝与唐代，发生过“三武一宗之难”，仔细研究历史，平心而论，也不全属帝王的政治见解，或为纯粹的宗教斗争，而当时佛教徒本身，实在也有许多问题。例如，唐代名儒韩愈的辟佛，详细研究史实，和他流传文章的思想，与其说他有严格排除佛教的观念，毋宁说是因佛教徒的作风，引起他的反感。当然政治主张的措施，也是很大的因素之一。不过他曾与佛教名僧如大颠禅师等，作方外好友，这也是事实。可见论事论人，极难轻下断语，不可遽从成见。倒是宋徽宗一度排佛，的确完全是受了道教的影响。此外，佛教在中国史上，一直与儒道两家，互相消长，此起彼落，形成中国文化思想儒释道三家的巨流。
　　
　　至于佛学思想，尤其是禅宗风格，在中国文化方面的贡献，影响极大，而且功多于过，美不胜收。例如政治、社会、哲学、文学、建筑、艺术、图绘及雕塑，乃至如中国人的生活艺术，食衣住行，已经到处都充满着禅佛的余韵，甚至影响日本更大。略举学术和文学方而的贡献来说，自曹魏时代，曹子建因听梵音，自制“渔山梵唱”，便为中国音韵学与音乐，别开生面。鸠摩罗什师弟创建佛教文学的风格，南北朝间因翻译佛经，高僧们发明韵声的反切，为中国音韵学的滥觞，千余年来一直沿用不衰，再变而有现在注音符号的出现。梁朝沈约所整理的声韵学，刘勰对批评文学的伟大贡献而有《文心雕龙》的著述，都是渊源于佛教的熏陶。陆羽的《茶经》，唐代一行大师的阴阳术数，宋代程明道太极图的发现，都与佛教有莫大因缘。少林寺的武术辅助唐太宗平定灭下，元朝耶律楚材对医学的贡献，刘秉忠的默化元朝君臣，施仁戒杀，明代姚广孝劝阻永乐的暴戾，这些都是历史俱在的一般贡献。有关艺术的贡献，举其荦荦大者而言，如云冈石窟、敦煌壁画等，都是举世皆知的事迹。总之，佛教因历代高僧大德学养的优越，使佛学思想影响中国学术与文学颇多，试看历代文人学者的专集，不与佛教高僧有关系，不渗杂少数佛学的思想的，可以说是极其少数的事。且如清代女诗人蔡季玉所作：“赤手屠鲸千载事，白头归佛一生心”的名句，它正透露了过去中国一般知识分子之所蕲致，最高思想的归趋，和最后人生的境界，也自充满着禅佛的余韵。这是具有权威性的代表意义的！