在中国近现代佛教复兴运动中，唯识、心性、如来藏思想及其相互关系一直是佛学思想研究的焦点。耐人寻味的是，唯识、心性与如来藏思想融合而成的作为传统中国化佛教核心范型的心性如来藏思想渐渐成为佛教批判的对象，如支那内学院系欧阳竟无、吕澂、王恩洋以及汉藏教理院系释印顺即分别依据唯识学与中观学立场有深刻的审察与批判。在建立了现代佛教学术研究规范的日本佛学印度学界也是如此，比如近年兴起的“批判佛教”思潮，不仅对心性如来藏思想，而且对唯识学，予以猛烈的批判，乃至否定。 
　　
　　从佛教思想发展史看，在心性、如来藏、唯识思想三者中，心性思想出现最早，次之是佛性如来藏思想，最后是唯识思想。佛性如来藏思想与心性思想合流，并与瑜伽行派唯识思想彻底融合，最终完成了印度如来藏学，这是一种心性如来藏类型，或者按照瑜伽行派唯识学的观点看，即无为依唯识学。而中国化佛教正是在此基础上经过重新诠释与发挥发展而成的。 
　　
　　具体而言，唯识思想与心性、佛性如来藏思想合流之形态传到中国后，没有直接围绕佛性如来藏思想侧面展开，而是以无为依唯识思想或者心性思想侧面为中心立说。在中国最先译传的这方面经典基本皆是无为依唯识学性质。在这些译典以及译师菩提流支、勒那摩提等的思想的影响下，在南北朝时期出现了地论宗。地论宗的南道系建立八识说，其中以心性真如之净识为第八识，亦即自性清净心、佛性、如来藏，而北道系建立九识，其中以第九识为自性清净之净识。此等皆为无为依唯识思想。真谛所宗亦为无为依唯识学，他所译出之典籍多为这方面著述，或者是“无为依唯识化”之经典，即有为依唯识经典被改译为无为依唯识学性质者。据此成立的摄论宗所宗当然即可认为是无为依唯识学性质。这相当于瑜伽行派唯识典籍的“旧译”阶段。而玄奘的译事所代表之“新译”阶段，是有为依唯识典籍的译传过程。奘传唯识作为对护法的“有相唯识”的继承与发展，以严密与系统化为特征，代表中印有为依唯识学的最高峰。 
　　
　　在无为依唯识思想的译传与发挥中，逐渐形成了中国的无为依唯识学，或者说中国的心性学说、佛性如来藏学说。其中最重要的是《大乘起信论》的思想。该论对《楞伽经》、《胜鬘经》、《宝性论》等以及地论师的思想予以总结并创造性发挥，无疑是中印佛教史上最为系统、严整的无为依唯识学著述，其说奠定了中国佛教的基本思想结构，相对于印度无为依唯识思想而言有相当大的发展。具体言之，提出了一心二门理论结构，以心性真如为真心、为如来藏，结合心生灭门之心性真如与无明的互熏，强调心性真如的实有与本觉，并强调心性真如为一切法之所依以及在缘起中之重要作用，导致被古今中国乃至东亚的一些佛学家表述得与印度吠陀奥义书传统的“梵我论”难以区别（比如真如缘起等说），梵化色彩极为浓重。特别是通过精致的理论化，此种无为依唯识思想（或者说心性如来藏思想）被奉为了义（显明、决定、究竟）之说，使前述梵化色彩固化而为中国化佛教的基本特质。《大乘起信论》标志着在中国佛教思想发展中，无为依唯识学，或者佛性如来藏学说，转以心性学说的面目出现。以《大乘起信论》为奠基，辅以《楞严经》、《圆觉经》等经典，天台、华严、禅宗等宗派，通过“性具”、“性起”、“本觉”等心性理论的发展，完成并终结了佛教理论的中国化过程。 
　　
　　从宋代到清代，中国佛教之理论发展随着社会化佛教之衰落而停滞，但在民国时期开始复兴。而此中的先声是对中国佛教传统的反省、批判。欧阳竟无、吕澂、王恩洋等本着回复印度佛教本来面目的情怀，力斥中国化佛教的真如缘起以及心性本觉等思想的梵化色彩，发起中国佛教思想史上对中国化如来藏思想与心性理论的首次批判浪潮。继之有释印顺本着回到佛陀本怀的意趣对包括中国化佛教在内的如来藏思想的系统之批判。在理论建设方面，欧阳竟无、吕澂依据所宗的有为依唯识学，重新诠释心性如来藏思想，提出了依于第八识的如来藏说即“有为如来藏说”，以取代中印佛教传统的心性如来藏说即“无为如来藏说”，这对唯识思想与如来藏思想皆是重要的发展。而释太虚、释印顺则对中印佛教传统思想形态予以解读，在中观系、唯识系外，区分出如来藏系思想，比如释印顺有对印度佛教的“性空唯名”、“虚妄唯识”、“真常唯心”的三分说。将标为“真常唯心”的心性如来藏思想独立出来，实际是对中国化佛教作为佛性如来藏思想的印度渊源的梳理。 
　　
　　回眸中国佛教思想史上对唯识、心性与如来藏思想以及三者间的关系的认识，不能不说屡屡堕入思想误区。比如习惯于将印度唯识学简单归为一种类型，没有认识到印度唯识学具有有为依与无为依唯识思想二分的复杂性，忽略了印度唯识学对印度如来藏思想的定型性影响。这跟奘传唯识的思想倾向有关。玄奘西行取经的主要原因之一就是对“旧译”的无为依唯识性质的心性如来藏思想有疑问，因此，他回国后弘传的完全是有为依唯识思想，没有译传瑜伽行派无为依唯识的最基本典籍如《究竟一乘宝性论》、《大乘庄严经论》、《楞伽经》、《密严经》等。结果，玄奘学派就与唯识学的“旧译”以及主要依据“旧译”发挥的中国化佛教分道扬镳，甚至将无为依唯识学完全逐出唯识思想领域，这导致在20世纪宗有为依唯识学的支那内学院与中国传统佛教界间发生激烈且影响深远的思想冲突。总之，虽然支那内学院针对心性如来藏思想的梵化色彩的批判具有相当合理性，但其对心性如来藏思想的判断由于佛教“意识形态”的偏见而多显偏颇。其实佛学界一直没有意识到如来藏学与唯识思想的密不可分的关系，忽略了在唯识思想兴起后如来藏思想即没有独立于唯识思想的发展，即使是像释印顺这样缜密与博通的佛教学术家，也没有真正解读出唯识思想对早期素朴的如来藏思想发展到晚期成熟的如来藏学所起的关键作用。 
　　
　　统心性与佛性思想的如来藏思想在出现初期即受到部派佛教修学者的批判，也为后世的中观派学人所诟病，而瑜伽行派虽然与之合流而有无为依唯识学，但亦尽量避免其梵化色彩，所以一方面强调佛性如来藏是建立在“无我”基础上的“无我如来藏”，另一方面强调佛性如来藏思想具有对治意趣，以及是用于导引我执重者进入佛教的方便。在瑜伽行派的进一步发展中其主流有为依唯识学与代表如来藏思想的无为依唯识学分道扬镳，所以以十大论师为代表的印度体系时代唯识学即成为纯粹化类型———有为依唯识学，并以护法的有相唯识学为正统。玄奘在传译唯识学经典时，唯传护法之学，因此，奘传唯识与以无为依唯识学（或者说心性如来藏学）为基础的中国化佛教是异质的。由于中国化佛教进一步强化了印度早期如来藏思想的梵化色彩，奘传唯识追随者支那内学院判其为“相似佛教”。稍后，持中观立场的释印顺，通过对如来藏文献的梳理，试图抉择如来藏思想的源流与实质，以“真常唯心”之名将其判为非了义之方便说，这可看成为20世纪中国佛教批判思潮最终达到的结论，与印度瑜伽行派对心性如来藏思想的判摄有异曲同工之处。这些反省与批判，在相当大程度上是缘于现代学术方法以及历史主义、理性主义、人本主义之影响。