禅学——直觉真理的方法论
自古以来，中国人的修身正心方法很多，到了唐宋之时，儒、释、道三学逐渐合流，产生了禅学的修行方法。成为人认知能力训练与道德情操训练的最完善的方法论。也就是个人的内圣之法。自大唐以至明清，有成就的政治家、商人都有其禅师。现在，西方人逐渐在兴起企业家咨询师的制度与中国政治家向禅师学习如出一辙。
禅学从佛学升华出来的，是印度佛教传入中国之后，与中国儒道之一学融合的精华。它实际上是一门人类认识自心，发现自性进而探索宇宙与人生真理的科学。我们说禅学是一门科学，绝不是用科学来粉饰宗教，正是禅学从传统佛教中超越出来，还其科学的本来面目。正象西方人把科学和哲学从神学中分离出来一样（传统的佛学已经被宗教化和神教化了）。
禅学作为认知科学的基本假设首先定人与自然是不二的。人不但是自然界的一部分，而且人本身具有满足一切宇宙与自然的真理。在禅学的基本假设中，没有主观与客观，唯心与唯物的断然分离，并以中道来标明自己的认知体系。但是，禅学也认为，做为个体的人，从无始以来，由于承袭了心造作的业力和历史文化的积淀，因而产生了无明，蒙蔽了原本的认知能力。这个过程，也就是当代人类所谓的进化过程。
人类越是进化，人类原来的认知能力就越相对地丢失，或被掩盖起来。因而产生了无明与烦恼。人在现代认知过程中，不断地在延伸感官的认识力，即在眼、耳、鼻、舌、身、意上不断用工具延伸其功能，以探索自然的真理。而禅学恰好相反，是通过特殊的修行，使人的认识能力不断地返祖归元，回复认识天然本能直觉真理。
禅学并不否认认知工具的延伸，它仍然是印证真理的有效途径，也是人们普遍接受真理的方便之门。但是，禅学认为认知工具的加强与感官能力的延伸，并不能保证认识真理的正确性与可*性。人类面对自然与社会都是通过感官来认识对象，从感性到经验，从知性到理性。而这一切都并不究竟可*，即便是被西方人推崇的理性，仍然是不可的，科学学说的发展史是在不断否定前人理论的基础上前进的，这恰恰说明了这一点。
那么为什么人的理性也不究竟呢？禅学认为，由于人承袭了遗传、社会文化、学习、经验、阅历等等，使人形成了各种各样的分别心和识，或叫作主观性。这些认识体现在三个方面：一是人的潜在意识；二是有意识的常识经验；三是身体内形成的各种反映和反射，如抵抗病毒的记忆与识别等。
这一切使自心在直感宇宙人生的实相或真实状态时，产生了知的障碍。这个障碍形成了认知屏蔽，使自心与实相不能构成直接感应的过程。或者说，把自心从真实的宇宙与人生中圈定出来，构成了一个假象的自我世界。也就是说每一个人，由于自己特定的生活形成了自己特定的认知系统是这个系统只认知相对它能接受的那部分信息，这样，就产生了人们认知过程中的偏执。这也是为什么理性也不究竟的原因。
瑞士的科学家曾经做过这样的试验。他们首先测试了人对外界信息接受和不接受的心理反映。然后，他们制作了一个人的面具，面具有两面，一面是凹进凸去的非正常的脸。他们把脸放在被测试人的眼前，测试者接受正常或经验意义上的凸出一面的脸，而排斥凹进去的非正常的脸。然后，他们给其中一个受测试者注射了适量的毒品——玛啡因；另一个放在黑盒子里，并进行不规则的旋转。中国道家也采用过类似的方法，他们用这两种方式打破了人的认知系统。结果，在受测试者进入了混沌状态，即暂时遗忘了经验的时候，他们不但接受凸出的脸，而且也接受了凹入的脸。更加意外的是受测试者出现了奇特的心理反应。他们感到了一个清澄宁静的高速流变的世界，并且找不到了自身的存在。
瑞士科学家得出了一个结论：在每一个人的意识中，都存在着一个信息过滤系统，这个系统的形成是由人的遗传，生活环境，学习以及生活经验决定的，在人的认知过程中，这个信息过滤系统起到了一个屏蔽作用，它筛选外界的信息进入人的大脑——认识器官。它使符合于这个信息过滤系统要求的信息进入，而排斥不符合要求的信息，这也是产生人类认知差别的原因。也就是因为这个信息过滤系统的存在使人产生了偏见。偏知与成见产生了人的烦恼。
当然，这个过滤系统是人类进化的产物，它的存在使人避免了许多危险。比如该系统对宇宙中不利于人生存的各种波也有屏蔽作用。人类之所只能感受到某一频率的声音或色彩，而不能感受其他种宇宙射线或场的存在，也是这个信息过滤系统的作用，它被禅学比喻为心镜上的尘埃。禅学的目的，正是要特定的方法和训练，使人善用这个信息过滤系统，直感宇宙与人生的实相。当然，打破不是消极意义上的，在自然与社会的生活中，建立自觉、自由，打破、重建并善用这个系统的能力，打破的那个瞬间，禅学叫作开悟。
人的自心或脑叫作人的知见力，就象是一个院子，它开着六个门径，即：眼、耳、鼻、舌、身、意。而这个院子本身是在宇宙之中的，院墙就是人的所知障或心碍。即偏见、偏知和成见。每一个门径上，都有把守的士兵，士兵与门就成了那个信息过滤系统，它们以好恶、善恶、是非、成败等标准决定着外部信息的进入和取舍。所以，无论门廊修得多远，无论士兵多么忠于职守，人的自心还是不能知见院外世界的全貌，这也就是理性的局限性的根源。禅学目的就是要打破院墙，撤去士兵，洞见宇宙真实状态。在这种状态下，才能直觉地证知宇宙与人生的真理，真实地感受自我与宇宙的一体，而真理的完美也能直接地作用于人的自心，或者说真理与人的自心合一，感受到真理的完美力量，产生慈、悲、喜、舍的道德良知的真实体验。人与自然、人与社会、我与他、我与物的一切界线——分别心，就在直觉体验的基础上打破了。
所以，禅学的基本假设是：人与宇宙是不二的：由于人的身、口、意妄作的业力，使人产生了无明，蒙蔽了人的知见力，洞见不到宇宙的实相；人可以通过禅学的修炼，产生无漏的智慧，直觉宇宙的真理，这就是禅学的实证的过程。