居千圣寺不久,祖以化缘既毕,端居而逝。其时必后魏幼主钊与孝庄帝废立之际。是岁乃当梁武帝大通二年(528)。以其年葬于熊耳山,起塔于定林寺。
传说其后三年,魏宋云自西域返回时,与达磨相遇于葱岭,见其手携只履,翩翩独行。云即问曰;“大师何往?”祖曰:“西天去。”即谓云曰:“汝主已崩。”云听闻茫然相别。云回复命,明帝果已去世。云寻以其事奏闻于后主孝庄帝,帝令发其圹视之,唯一草履尚在。朝廷为之惊叹,诏取所遗之履,存于少林寺供奉。至唐开元十五年(727)丁卯,为信道者窃往五台山僧寺供养,后亦亡之,今不知所在。