创立真言宗 以传金刚界密法为主,亦称“东密”。其教义与中国密宗略同,但重视空海的《十住心论》、《秘密宝钥》、《辩显密二教论》、《即身成佛义》等所含基本要义。镰仓时期,赖瑜创新义真言宗,认为大日如来的法身不说法,其化身说法,以和歌山根来寺为中心,现有真言宗丰山、智山两派;反对此说的为“古义真言宗”,以东寺和高野山为中心,现有高野山真言宗、真言宗山阶派,真言宗醍醐派、真言宗东寺派等。此外,又有日僧最澄、圆仁、圆珍等先后来唐学天台宗和密宗教义,回国后在比睿山等地进行弘传,被称为“台密”,以传胎藏界密法为主。此派基本上可分为根本大师(最澄)派、慈觉大师(圆仁)派和智证大师(圆珍)派三个流派。由此瑜伽密教盛行于日本。
藏地密教 在中国西藏行区的密宗通称“藏密”。早在7世纪松赞干布时期的藏传佛教,就传入密部经典。8世纪间印度密教僧人寂护和莲花生到藏弘法,建有密教的根本道场桑耶寺。其后又有法称来藏传瑜伽金刚界法、大曼荼罗等灌顶;无垢友、施戒等来藏译出《集密》等许多密宗典籍。密教在西藏得到了流传。但公元841年赞普朗达玛禁佛时受到了严厉的打击。直至10世纪,藏地阿里地区统治者智光派沙门宝贤等赴印学习“集密”、“时轮”等经续、注释及仪轨等。并迎请印僧作信恺、作莲密、佛祥静、佛护、莲花密等来藏翻译显密经论,而以瑜伽密部尤其是《集密续》为重点。东印度僧人法护及其弟子等也在藏地译出许多前所未有的密乘典籍,使密教在藏地又得到弘传。11世纪中期,中印度超戒寺僧人阿底峡应请入藏,宣扬显密观行教法,使密教得到相应发展。其弟子续其法灯,弘通无上瑜伽,首开西藏密教噶当一派。此外,弘传密教的,还有宁玛、噶举、萨迦等派。15世纪初,宗喀巴及其弟子贾曹杰、克主杰等创立格鲁派。下传达赖、班禅两大系,为现今藏地盛行的一大密宗教派。西藏密法一般分为四部,即事部、行部、瑜伽部和无上瑜伽部。但密宗各派几乎全以无上瑜伽部各种教授为主要修习法门。无上瑜伽部又分为三部。其中父部奉密集金刚、大威德金刚为本尊;母部奉胜乐金刚、喜金刚为本尊;无二部奉时轮金刚为本尊。各尊均有自已大量的“本续”、“蔬释”和“仪轨”。藏密的重要法门有大圆满、大手印、道果、五次第、六加行、拙火定等。
教义 该宗认为世界万物、佛和众生皆由地、水、火、风、空、识“六大”所造。前“五大”为“色法”,属胎藏界(有“理”、“因”、“本觉”三个方面的意义);“识”为“心法”,属金刚界(有“智”、“果”、“始觉”、“自证”四个方面的意义)。主张色心不二,金胎为一。两者赅宇宙万有,而又皆具众生心中。佛与众生体性相同。众生依法修习“三密加持”就能使身、口、意“三业”清净,与佛的身、口、意三密相应,即身成佛。此宗仪轨复杂,所有设坛、供养、诵咒、灌顶等,均有严格规定,需经阿阇梨(导师)秘密传授。
典籍 密宗典籍浩瀚,梵本传世不多,但中国西藏和汉地保存译本颇多。汉译密藏经轨计有400部,681卷,经疏14部,81卷,合计414部,762卷;日本《大正藏》收入密宗著述计193部,1109卷,以上各有少量重译及复本;西藏甘珠尔中收密部经典728部,丹珠尔收各种经疏、仪轨、成就法等计3120部,全部约合100余万颂,约当汉译3000余卷。西藏各派关于密宗的著述数量亦极庞大,目前尚无确切统计。中国保存的密宗译本不但数量巨大,质量亦甚高,是研究印度、中国密宗的珍贵史料,目前已引起国内外的重视并引起了研究的高潮。日本和西方国家巳刊行很多校本,如《集密》、《摄真实论》、《宝箧庄严》和《成就法鬘》等等。