药师琉璃光如来，一心精进，修三摩地。所以者何？彼如来行菩萨道时，所发十二微妙上愿，殊胜功德，令诸闻者，业障消除。一切所求，皆得满愿。故是唯一生所系菩萨，为能如实信解。如说修行，应当以身命财，不生吝惜。竭力庄严，必获果遂。是故今日与现前众等各各志心，皈命顶礼。

南无毗卢遮那佛　
南无本师释迦牟尼佛　
南无药师琉璃光如来　
南无无量寿佛　
南无尽十方遍法界过去一切诸佛　
南无尽十方遍法界现在一切诸佛　
南无尽十方遍法界未来一切诸佛　
南无药师琉璃光如来本愿功德经　
南无日光遍照菩萨　
南无月光遍照菩萨　
南无文殊师利菩萨　
南无观世音菩萨　
南无得大势菩萨　
南无无尽意菩萨　
南无宝昙华菩萨　
南无药王菩萨　
南无药上菩萨　
南无弥勒菩萨　
南无消灾障菩萨
南无增福寿菩萨　
南无乐音树下三万六千菩萨　
南无阿难尊者八千比丘诸大圣僧 　
南无救脱菩萨

礼诸佛已，志心皈命。惟愿诸佛菩萨，同运慈悲，降临道场。一切天龙八部，药叉诸将，悉生哀怋，来到道场。是诸圣众，愿悉证明。我于今日欲为十方一切六道众生，修行无上菩提，断除一切业障，同入如来大本愿海。普现色身，于一念中，供养一切十方三宝。于一念中，普度一切六道众生，令入平等大慧。故于今日，一心精进，如说修行，惟愿诸佛菩萨。
药师如来本愿力故，受我忏悔。令我所行，决定破除罪障。行愿圆成，如经所说。愿悉证明。
南无药师琉璃光如来，应正等觉，明行圆满，光明广大。功德巍巍，身善安住。焰网庄严，过于日月。幽冥众生，悉蒙开晓。随所乐求，一切皆遂。所有病苦，悉皆消灭。无量菩萨，行无量善巧方便。无量广大愿，我若一劫，若一劫余，而广说者，劫可速尽，彼佛行愿，善巧方便，无有尽也。是故志心，皈命顶礼。

消灾延寿药师忏法卷上

南无薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薜琉璃。钵啰婆。喝喇阇也。怛他揭多耶。阿啰诃帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。

赞

药师如来　世界琉璃　慈悲喜舍悉随宜　忏法度群迷　稽首皈依　所愿满求祈　
药师佛 药师佛　消灾延寿药师佛　南无消灾延寿药师佛(绕坛起佛偈念佛回向)

稽首东方满月界　微妙正觉药师尊　三祇果满不思议　十号名称无等伦
二六愿门因地发　百千相好果中圆　慈悲海阔测难量　功德山高赞莫尽

南无东方净琉璃世界药师琉璃光如来　南无消灾延寿药师佛(或百声千声随意回向)

 

三千界内慈悲主　百亿洲中大法王　愿开莲目鉴凡情　众生有求皆感应
消灾延寿药师忏法卷中

一切诸佛愍念众生。为说药师道场忏法。今当皈命一切诸佛
南无毗卢遮那佛　
南无本师释迦牟尼佛　
南无药师琉璃光如来　
南无无量寿佛　
南无尽十方遍法界过去一切诸佛　
南无尽十方遍法界现在一切诸佛　
南无尽十方遍法界未来一切诸佛　
南无药师琉璃光如来本愿功德经　
南无日光遍照菩萨　
南无月光遍照菩萨　
南无文殊师利菩萨　
南无观世音菩萨　
南无得大势菩萨　
南无无尽意菩萨
南无宝昙华菩萨　
南无药王菩萨　
南无药上菩萨　
南无弥勒菩萨　
南无消灾障菩萨
南无增福寿菩萨　
南无乐音树下三万六千菩萨　
南无阿难尊者八千比丘诸大圣僧
南无救脱菩萨

礼诸佛已，次复忏悔。弟子某等普为四恩三有及法界一切众生，悉愿断除三障，皈命忏悔。我与众生，无始来今，由爱见故。内计我人，外因恶友，不随喜他。一毫之善，惟遍三业。广作众罪，事虽不广，恶心遍布，昼夜相续，无有间断。覆讳过失，不欲人知。不畏恶道，无惭无愧，拨无因果，如斯罪障，未经忏悔。我于今日，对十方佛，药师如来，深信因果，生重惭愧。生大怖畏，发露忏悔。断相续心，发菩提心。断恶修善，勤策三业。翻昔重过，随喜凡圣。一毫之善，念药师佛，有大愿力，能救拔我，出二死海，置三德岸。惟愿慈悲，哀怜摄授。各各志心，皈命顶礼。

南无毗卢遮那佛　
南无本师释迦牟尼佛　
南无药师琉璃光如来　
南无无量寿佛　
南无尽十方遍法界过去一切诸佛　
南无尽十方遍法界现在一切诸佛　
南无尽十方遍法界未来一切诸佛　
南无药师琉璃光如来本愿功德经　
南无日光遍照菩萨　
南无月光遍照菩萨　
南无文殊师利菩萨　
南无观世音菩萨　
南无得大势菩萨　
南无无尽意菩萨　
南无宝昙华菩萨　
南无药王菩萨　
南无药上菩萨　
南无弥勒菩萨　
南无消灾障菩萨　
南无增福寿菩萨　
南无乐音树下三万六千菩萨　
南无阿难尊者八千比丘诸大圣僧 　
南无救脱菩萨

礼诸佛已，次复忏悔。弟子某等自从无始以来，至于今日。所有贪嗔嫉妒之病，娇慢自傲之病，不识善恶之病，不信罪福之病，不孝五逆之病，破辱三宝之病，不修斋戒之病，破犯尸罗之病，自赞毁他之病，贪得无厌之病，迷声逐色之病，贪香爱触之病，信邪倒见之病，□淫嗜酒、放逸无度之病，设复遇医，授以非药之病，及余无量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦之病，欲令是等，病苦消除，所求愿满。尔时药师琉璃光如来入三摩地，名曰除灭一切众生苦恼。既入定已。于肉髻中，出大光明。光中演说大陀罗尼曰∶

南无薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薜琉璃。钵啰婆。喝喇阇也。怛他揭多耶。阿啰诃帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。

尔时光中，说此咒已。大地震动，放大光明。一切众生，病苦皆除，受安稳乐。是知忏悔之功，诸病心疗之灵剂，了生脱死之奇方。有大医王，应病设药。所谓慈悲喜舍是药。忍辱柔和是药。正信三宝是药。勤修福慧是药。六波罗密是药。饱餐(左冰-水右食)甘露是药。贪求法味是药。修真养气是药。返本还元是药。有过能改是药。善巧方便是药。不动声色是药。清心断欲是药。常用如是等药，捣筛和合，时取服之。众生若病，应同一病，众生须药，应同一药。若说多法，是名颠倒。若据一乘实相而言，则何增何减、何垢何净、何善何恶、何罪何福、何病何药。观昔方便，如梦中人。梦身患病，求医服药，而得除愈。及其梦醒，则悟本来无病，无病亦无。而况医药。故众生之病，同一幻病，如来之药，同一幻药。故知如来说法，一相一味。所谓解脱相，离相灭相，究竟涅槃，终归于空。如一云所雨，而药树大小，各得滋茂。我等今者，蒙佛因力。得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有病苦之难，乃能究竟无上菩提。是故今日，我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧。今当归命一切诸佛。