藏传佛教奉行说一切有部戒律，各派对大乘菩萨戒及密宗根本戒等也都遵行。
但在后弘期中如噶举及萨迦两大派创宗传法者大多有妻室，宁玛派因经历禁佛而在家庭中世传。
　　 严格按照戒律建立比丘僧伽制度立寺推行的只有格鲁派。但其他各派也非全无具戒比丘。寺院组织因派别及寺院大小各不相同。格鲁派后来曾形成政教合一制度，以教统政，大寺院中的僧职亦可起官职作用。西藏振奋寺远望与汉地大寺相似，其实内部如一小型城镇，除异常、僧舍、灵塔、经幢外，尚有私人住宅及街巷等，形成一自给自足这社会。
　　 以格鲁派拉萨三大寺为例。寺中僧众集体构成札仓（经学院）。有一住持称“堪布”，实即汉译之“和尚”。堪布总理寺务，能代表寺院出度地方政府重要会议。
　　 堪布以下设有喇让强佐一人，为堪布的总管；格贵一人，俗称铁棒喇嘛，维持纪委秩序，查处犯戒及各种纠纷；翁则一人领众诵经；雄来巴一人管理僧众学经、辩率及考试格西学位事务。
以上职务由堪布自行任免。
　　 札仓下另设“康村”一层组织，按地区划分僧众。此一级组织在各寺中多少不一。如哲蚌寺的罗色林札仓即有23个康村。每一康村另设管理事务职事若干人。在大寺中常有数个札仓又合设一是高管理机构名喇吉，采取委员制各札仓的堪布为当然委员，从中选出年资最高者为赤巴堪布，俗称法台。喇吉下另设叶索二至四人为全寺大总管；磋钦协敖两人为全寺铁棒喇嘛，俗称大铁棒喇嘛；磋钦翁则一人领全寺僧众诵经。
　　 另各派皆有活佛转世制度。活佛藏语称朱古，即化身佛，有大、中、小这分，选定条件各不相同。在格鲁派中，班禅为无量光佛化身，达赖为观音化身，为最大活佛。另外甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺又有磋钦朱古为全寺活佛，札仓朱古为重新忆仓内活佛。磋钦朱古中也有大小的区别，最高为甲波朱古，有在新达赖未亲政前担任摄政的资格。其他活佛也都享有不同的政治、经济和宗教上的特殊地位，有各自的喇让（馆舍）和执事人员。
　　 西藏僧人的学制和学位在格鲁派中有严格规定。有资格的学僧称贝恰哇即读书者，一般从入寺起至考取格西学位需20～25年。如能出钱免服寺中劳役，称为群则（法行者），学程可以缩短一半以上。在显宗札仓学习的内容以五部大论为主，学习完毕即可申请参加辩论考取学位。学位总称是格西，即善知识或善友。
在三大寺系统中格西又分四级，即拉然巴、磋然巴、林赛和朵然巴（或称日然巴）。
　　 已得格西学侠的僧人如再进密宗学院学习时则佐仁巴，由此可逐步上升为格郭、喇嘛翁则、堪布、堪苏、夏孜却杰及绛孜却杰，后二者七年一届轮流升住甘丹墀巴，为格鲁派教主，享有与达赖、班禅、萨迦法王同等尊荣，任满后得荣举称号赤苏，死后有作为活佛转世的资格。