念祖于十年动乱期间，下放劳改，健康受到损害，故于晚年多种疾病缠身，本应多加调护休养，但他为法忘身，一九九一年于撰写《心声录》一书脱稿后，复着手撰写《佛说大乘无量寿庄严清净平等觉经白话解》，经常废寝忘食，工作不懈。终于一九九二年三月病重，于二十七日凌晨往生。临终前欲言而不能，但洒脱一笑而逝，全无牵挂，享年八十岁。四月七日荼毗，获五色舍利百馀粒。遗有《大经白话解》稿尚未完成。

一九九一年春，念祖于撰写《心声录》时，曾写「七十九龄自述偈」一首，录之如下，以见其晚年的「心声」∶

?浮世沧桑幻梦中，皤然需发一耄翁，

?虚名哗众惭实德，弱灯无罩惧微风。

?掩扉闹市堪藏拙，舍智如愚始大通，

?报恩无术仍思报，试演心声应远钟。