原分布于额尔古纳河流域的蒙古人，在成吉思汗的率领下，统一大漠南北，于1206年建立蒙古汗国。1260年，忽必烈在开平(今内蒙古正蓝旗东)即帝位，1271年定都大都(今北京)，国号大元。1276年，忽必烈攻陷临安(今浙江杭州)。1279年，消灭南宋，征服全国。元朝疆域东起海岸，西至新疆，南达海南，北领西伯利亚大部，东北起自鄂霍次克海，西南囊括云南、西藏。到1368年朱元璋攻克大都为止，元朝历十一帝，九十八年。
　　元朝虽以藏传佛教为国教，但对其他宗教如汉地佛教、儒教、道教，乃至外来的回教、基督教等，也不予排斥，而取宽容姿态。汉地佛教与藏传佛教有许多共同点，作为佛教，两者一般均为元朝历代帝室所崇尚。
　　元世祖忽必烈带头崇佛，他于“万机之暇，自持数珠，课诵、施食”。1261年，诏建大乾元寺、龙光华严寺。1285年，“发诸卫军六千八百人，给护国寺修道”(《元史》卷十三)。1285年，他亲自于西京普恩寺集全国僧侣四万人举行资戒会七日，并令帝师于各大寺庙做佛事十九会。1287年，命西藏僧侣在宫廷以及万寿山、五台山等地举行佛事三十三会。忽必烈曾对群臣说：“自有天下，寺院田产，二税尽蠲免之，并令缁侣安心办道。”(《佛祖统记》卷四八)这在宋、辽都是没有的。
　　此后元朝诸帝对待佛教，大多依据世祖的范例办理。如成宗在位时(1295-1307)，曾于多处建立佛寺，并对寺院广施财物。大德五年(1301)，“赐昭应宫、兴教寺地各百顷，兴教寺仍赐钞万五千锭；上都乾元寺地九十顷，钞皆如兴教之数；万安寺地六百顷，钞万锭；南寺地百二十顷，钞如万安之数”(《成宗纪三》，《元史》卷二十)。这种大量营造寺院和大规模赐田赐钞的风气，有元一代几乎没有中断。其结果，“凡天下人迹所到，精蓝胜观，栋宇相望”(《续资治通鉴》卷一九七)。两宋以后逐渐趋于稳定、衰退的佛教，入元后又有了新的高涨。据至元二十八年(1291)宣政院统计，当时境内有寺四万二千余所，僧尼二十一万三千余人；加上伪滥之众，至元代中叶，僧尼总数约在百万左右。
　　由于元帝室对佛教的多方庇护，一些寺院大量兼并土地，甚至公然侵夺公田、民户。成宗时，常州僧录将官田二百八十顷归为己有；仁宗时，白云宗总摄沈明仁强夺民田二万顷。据大德三年(1299)统计，仅江南诸寺即拥有佃户五十余万。元代寺辽院除经营土地，也从事各种商业、手工业活动，各地当铺、酒肆、碾硙、货仓、旅店、邸店等多为寺院所有，比之宋代还要活跃。