1683年（康熙二十二年）八月，清朝领有台湾，第二年四月，将承天府更名为台湾府，府下分设台湾、凤山及诸罗三县，藉资统辖。另在澎湖设置巡检司（视察司），自此，台澎均隶属于福建省台湾厦门道。清朝订下这样的新政策来统治台湾，佛教也随着逐渐传播开来。康熙二十三年（1684），台南名士李茂春的隐居之所梦蝶园改为法华寺，当时的知事蒋毓英就将梦蝶园后面的两甲多空地（每甲约九千九百平方公尺）捐给这座寺院。

　　 之后，在1688年（康熙二十七年），左营守备官孟太志捐款兴建黄檗寺，就这样，各地陆续盖了许多寺院。刘枝万的论文〈清代台湾之寺庙〉中指出︰有清一代，台湾境内建了纯佛教寺院约一0二座。斋教（在家佛教的一种）所设的斋堂（等于寺院）似乎尚不包括在内。一0二座寺院中，多以观音寺（或观音宫、观音庙、观音亭等名称）为其名称，约有五十五座以上。这种情况充分反映着当时台湾的观音信仰是如何地盛行，这可能是因为能够急速地实现民众现世利益愿望的是观音，所以观音信仰会如此迅速地普及。

　　 综观台湾的寺院，即可对当时观音信仰之盛一目了然，而且多数寺庙是向里（乡）民或地方上的士绅募捐而建成的。观音信仰的普遍，显示着当时社会心理之所趋，在于寻求苦难的解脱，也反映着大多数人心里的不安，观音信仰实乃他们精神之所依。依上述的情况看来，也意味着当时佛教信仰已普及到全台湾各地了。除了前述的观音寺之外，现特列出几座颇具影响力的寺院于下。这些寺院正是后来台湾佛教的中心，时至今日，仍然不可忽视其重要性。首先还是从台南先开始。

　　 (1)开元寺

　　 此寺建于1690年（康熙二十九年），当初叫做海会寺，据高拱干《台湾府志》的记载，此寺的建地原为郑成功的别馆。台湾隶属于清朝后，总镇王化行与台厦道王效宗将郑氏别馆改建为寺，命名为海会寺。今根据其后史书的记录，添加下列三项变革的经过︰1750年（乾隆十五年），巡道书成迁寺至此地，改名为榴禅；1777年（乾隆四十二年），知府蒋元枢提倡改建，陈朝梁负责施工；1796年（嘉庆元年），提督哈当阿予以改建之，同时改寺名为海靖，后亦称开元寺。据说开元这个寺名很可能是嘉庆年间大改建时所定，此寺至今仍为台湾最大的古刹。

　　 (2)竹溪寺

　　 若以寺基之始而言，这乃是台湾最古的寺院，此事已在前述。但若依王必昌的《台湾县志》（1752，乾隆十七年）所云，则此竹溪寺系建于1693年（康熙三十二年），此外，尚有建于1683年之说（请参照《台湾一统志》及《台湾通史》）。1789年（乾隆五十四年），地方人士蔡和生曾加以重修，1796年（嘉庆元年），再由黄钟岳及吴邦杰重加修筑，遂具现在之规模。

　　 (3)法华寺

以前名为梦蝶园，郑成功时代，漳州人李茂春曾隐居于此，过了一段悠游自适的生活。高拱干曾记载当时的情况说︰漳人李茂春寓此，筑茅斋以寄放浪之情，其扁（匾）书梦蝶，后以陶瓦之名易之。清流、修筑，日增胜况，后改为准提庵。后来重修时改称法华寺。

　　 上述三寺，是台湾最古的寺院。如果说佛教的中心是在寺院，那么，这三座寺院可说是清初至民初，全台湾佛教的大本营。

　　 (4)元兴寺

　　 此寺从前属于凤山县，《凤山县志》云︰寺在县城南鼓山麓，乾隆八年（1743），由住僧所募建，寺负山面海，门前有小港。茂密林园环之，竹林花果之数甚盛，登曲径仰则绝顶，俯则望大海，为近邑名胜之地。寺田有数甲。

　　 此寺目前隶属于高雄市，位于鼓山岩下。在台湾南部的寺院来说，是最具影响力的寺院之一，每日香火不绝。

　　 (5)超峰寺

　　 连横《台湾通史》上说︰超峰寺在县辖嘉祥外里岗山之上，旧志以岗山树色为邑八景之一。雍正间有僧绍光者终茅于此。乾隆二十八年知府蒋允焄乃建为寺。当时的寺名叫观音亭或观音寺（例如范咸的《台湾府志》称为超峰石观音亭，卢德嘉的《凤山县来访册》则称为观音寺）。

　　 (6)碧云寺与大仙寺

　　 碧云寺在台南县关子岭，一般称为火山，与邻近的大仙寺并称为台南县内的二大名刹。对于这两寺，《台湾通史》上有简单的说明︰碧云寺在县辖哆啰啯堡之火山，康熙十四年，僧参彻自福建来，住锡龙湖岩，偶至此地，以其山林之佳，遂辟茅结庐，奉龙湖岩之佛祀之，朝夕诵经，持戒甚固。附近庄人乃谋建，寺曰大仙岩，嗣命其徒鹤龄居之，又建一寺于玉案山之腹，后祀如来而前奉延平郡王神位。乾隆五十五年二月，参彻殁，遂葬于寺前，建浮屠。五十六年，邑人洪志商募修，嘉庆二十四年子爵王得禄重修。

　　 由这些说明来看，现在的大仙寺正是当时的大仙岩，碧云寺是建在玉案山腹的另一寺。照文章推察，大仙岩与碧云寺是一对姊妹寺。这是附近的村民为了参彻而前后建立的两座寺院。

　　 (7)龙山寺︰台湾全境共有三座龙山寺（台南另有一寺亦名龙山寺，但因规模很小，不算在内）。三座龙山寺的第一座在鹿港，第二座在台北，第三座在淡水。台北的龙山寺是目前北部著名的古刹，已成为一般观光客必访之名胜。可是在清朝时代，鹿港的龙山寺远比台北的有名，因为当时台南和鹿港是两个繁荣的港口，其次隆盛的则是淡水的龙山寺。不过，现在前面这两座都比不过台北的龙山寺。

　　 鹿港的龙山寺开发较早，也因此现在已没有足够的文献来察知建寺的时期，不过碑文上记有重建的日期，那是在1786年（乾隆五十一年）。此寺是由福建泉州人共同筹建的。台北的龙山寺建于1738年（乾隆三年），可是在1815年时全毁，只剩佛座，在1867年（同治六年）才又重建。至于淡水的龙山寺，《台湾通史》云︰在县辖沪尾街，乾隆间建，规模颇大。光绪十二年巡抚刘铭传奏请赐匾，御书慈航普度四字悬于寺中，今存。

　　 台北的《龙山寺寺志》（题为《艋舺龙山寺全志》）中，有一段记载，大意是说︰本寺所奉乃三邑（指福建之漳、泉、晋三地）人士所信仰的观音佛祖之分灵，移自泉州府晋江县安海乡龙山寺而来。

　　 其他二寺也一样，都是由三邑之人请来晋江龙山寺观音佛祖的分灵，建立龙山寺加以祭祀。由此也可证明，此三寺所在地的人，都是由中国本土的福建移民而来的。