西藏佛教有许多教派，其中主要有四大教派。一是“宁玛派”，以传承弘扬旧密法为主，称为旧派，故名宁玛瓦。该派僧人均著红色衣冠，又称“红教”。它是传入西藏的密宗吸收了当地笨教内容而形成的最早教派。由于宁玛派在早期采取秘密单传，所以没有寺院僧侣组织和构成教派的系统教义。到了十一世纪后才开始有了红教寺庙，并逐步整理宁玛教派经典，也才正式形成为一个教派，尊莲花生为祖师。

　　“萨迦派”　萨迦派主寺为萨迦寺，建立在西藏萨迦地方，因地而得名，萨迦派的寺庙围墙涂有象征文殊、观音、金刚手菩萨的红、白黑三色花条，故称花教。萨迦派始于十一世纪，创始人是西藏昆氏家族的后代昆·贡觉杰布。他幼时随父学旧密法，后到纽古隆拜卓弥·释迦益西为师，学习新密法，创立了自己的一套教法，于一○七三年（宋熙宁六年）在仲曲河谷萨迦之地建寺，开始形成萨迦派。昆·贡觉杰布从一开始就决定，法位以家族相传的形式向下延续。政教两权都集中于一个家族之手。其中最著名的有萨迦五祖。其中萨迦第四祖萨班·贡嘎坚增和第五祖八思巴·洛追坚参于一二四七年应元太祖窝阔台的二子阔端的邀请前往凉州。萨班到了凉州与阔端相会，经过协商，议妥了卫藏归顺元朝的条件，由萨班向西藏写了著名的《致西藏僧俗的书信》。萨班于一二五一年死于凉州。其侄儿思巴继承了他的地位。一二五三年，忽必烈召见八思巴，并受密教灌顶。一二六○年，元世祖忽必烈即位，封八思巴为“国师”（后封为帝师）。一二六四年（元至元元年），元朝中央设总制院，掌管全国佛教事务和西藏地方行政事宜，命八思巴为国师兼领总制院事，协助中央王朝对西藏的管理。一二六九年，八思巴奉忽必烈之命创制“蒙古新文字”有功，被封为“大宝法王”。

　　“噶举派”　噶举意为教谕或教传，师徒相承，口语传授，耳听心会，注重密法，不重经典，相传该派远祖马尔巴、米拉热巴等人修法时，穿白色僧衣，故称“白教”。噶举派是公元十一世纪中形成的教派，它的支系众多复杂，从一开始就有两大传承系统，一为香巴噶举，一为达布噶举，但香巴噶举到十四五世纪就销声匿迹，而达布噶举的创始人为塔布拉吉·索朗仁钦，他生于西藏隆子县涅区，是宋代西藏著名的佛学家。幼年学医，二十六岁出家，专攻显密佛教，修行亦有所得；后来拜马尔巴之徒米拉热巴为师，学完密法，居达拉岗波寺，广收弟子，逐渐形成达布噶举派。他的最著名的四弟子在前后藏建寺收徒，形成四大支系，即：噶玛噶举、蔡巴噶举、拔戎噶举、帕竹噶举，其中帕竹噶举一系又分出八个小系，总称噶举“四大八小”系。

　　“噶当派”　噶当派本是西藏最早出现的教派。噶当，意为佛的教诲或教诫，即用佛语来教导人们接受佛教道理。它的创始人是仲敦·加唯琼乃。一○四五年，仲敦从阿里迎来高僧阿底峡，并拜他为师。阿底峡死后，仲敦于一○五六年倡建热振寺，以该寺为基础逐渐形成噶当派。该派的特点是强调戒律，即僧人戒律、修行次第和调整显密关系。该派教法以阿底峡的《菩提道灯论》为基础。到了十五世纪，宗喀巴以该派教义为基础，创立格鲁派后，噶当派也就先后改宗格鲁教派。