昌都寺自1444年创建以来，主要建筑在十七世纪时期被白日土司毁过一次。1912年5月12日，又被彭日升烧毁。文革时，再次遭到了极大的破坏。然而，值得可喜的是自从中央召开的西藏工作座谈会以来，党的宗教和民族政策的相继落实，从1982年起，由政府拨出巨款，加上群众自愿出工出力，昌都寺恢复的很快。现在，昌都寺不仅维修了僧众大殿、法相院经堂、帕巴拉、谢瓦拉、甲热三大活佛的官邸，而且按照原样重新建起了护法神殿、以及八个禅院的主要经堂以及数米高的八大如意塔、渡母神殿、护法神殿等。在僧众大殿顶上建起了金碧辉煌的歇山式大金顶和法车仑卧鹿像。在以上殿堂内，新塑了数米高的释迎牟尼、弥勒佛、宗喀巴师徒三人像，以及曾在昌都寺执掌过的高僧，如向生·西饶松布、格西向巴他那、帕邦卡等的塑或雕像。一尊极为精致的释迎牟尼合金镀金像，由已故帕巴拉的经师、自治区政协副主席雍增·土邓丹巴生前主持下，已供奉在大殿内，供信徒们朝拜。数以千计的佛像和唐嘎，在各级政府的关怀和支持下，“物归原主”，供奉在各个殿堂里。几千平方米的壁画，在昌都“麦萨”画派著名画师加永朗杰的主笔下，已绘制一新，使得整个殿堂富丽堂皇，满壁生辉、令人耳目一新。寺庙的传统宗教活动大都已恢复。其中最为热闹的是每年藏历1月15日的酥油花展供品；2月15日的迎请弥勒佛法会；10月15日的燃灯节；以12月27日至29日的跳神送鬼仪式等。

　　如今，昌都向巴林寺的广大僧众，在党和政府的领导下，发扬历代帕巴拉维护祖国统一的光荣传统，走爱国爱教的道路，为着佛教行善积德，普渡众生，为了人类的和平与幸福而虔诚地祈祷和祝福着。