历史上的元朝，是把藏传佛教奉为国教的朝代。元朝统治者封藏传佛教萨迦派第4、5祖为帝师，蒙古社会上层也皈依了佛教。藏传佛教在元代统治者的倡导下迅速扩大影响，并在中国不少地区得到了长足发展。在元代留下的文字记载中，历代元朝皇帝曾聘封14位藏族藏传佛教高僧为帝师，朝廷各大事务，都经过喇嘛的卜算、祈祷。可见藏传佛教对元朝统治者的影响之大。

　　明代，中央政府与藏传佛教的领袖也有着密切的联系。

　　明朝初途时期洪武五年，明太祖朱元璋遣使臣册赐藏地宗教领袖章阳沙加灌顶国师称号。此后又不断派遣使臣去藏地进行贸易和联络佛教事宜。

　　明惠帝继位后，也曾派宦官候显和内地智光和尚到西藏，特请藏传佛教噶玛噶举派黑帽系活佛——得银协巴到南京，为他的父母——朱元璋夫妇荐福。明惠帝赐予得银协巴喇嘛“如来”的封号，并封他为“万行具足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大法王西天大善自在佛”。使他一跃为藏区宗教首领，加之后藏地方势力的支持，一度夺取了拉萨传召大会的主动权，其声势显赫一时。

　　大明永乐皇帝也曾派遣使者专程赴西藏迎请藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴，宗喀巴申明了进京的诸多碍难，使者回京向永乐皇帝进表后，明成祖表示充分理解，又降旨“诚如所述，法王不能亲临，但需请一位与法王无别之国师光降。”法王宗喀巴遂从众多学政兼具的弟子中遴选释加益西为代表，祥细教导一切行止事宜。释迦益西到内地时，正值皇帝身染重病。尊者释迦益西设法为他医治，并予以灌顶，皇帝疾病立即全愈。佛的无边法力，使当朝君臣虔诚信奉，都认为是法雨普降。于是明成祖命在五台山上建大寺5座，在寺中广布藏传佛教格鲁派修行之法。并在皇宫御花园一侧，修建了法渊寺，弘扬佛法。

　　明成祖敕封释迦益西为“万行妙明真如上胜法净般若弘照普应辅国显教至善大慈法王”’，赐金册。在此之后，明成祖共赐封了阐化等5王、法王2位，西天佛子2位，灌顶大蕃师9位，灌顶国师18位、其他禅师、僧官更不可胜记。

　　明成祖时，在内地首次雕刻《大藏经》版。该版以朱字印刷，卷首以黄金粉书写而成。这部在内地雕刻的精美的《大藏经》头版带回西藏受到宗喀巴大师嘉许，此经卷至今仍珍藏于色拉寺内。明成祖进一步制定了西藏的僧官制度，把僧官分为法王、西天佛子、大国师、禅师、喇嘛等等级。

　　公元1421年，大慈法王释迦益西再度应邀前往内地。行至京畿地域，皇帝驾崩。而太子宣德皇帝比其父亲对法王更加礼敬。于是在京城大举利生事业。

　　到了明万历时，由于太监杨英去西藏而使朝廷与藏传佛教联系更为密切。太监杨英带去皇帝赍敕楚布寺、业朗寺的红帽、黑帽呼图克图噶玛巴、沙玛巴2人为西天大善自在佛如来大宝法王、灌顶大国师的赐封印册，以示朝廷对藏传佛教领袖的崇敬。

　　明万历六年间，藏传佛教著名的哲蚌寺夺主索南嘉措与蒙古土默特部首领俺达汗在青海会见，被尊为“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”，成为达赖三世。明万历十五年，达赖三世受到明朝的承认和册封，成为藏传佛教的领袖。

　　明万历十六年，明政府第二次派使团赴藏，邀请第三世达赖赴京。但就在这年，他圆寂于进京的途中。

　　索南嘉措圆寂后，俺达汗的裔孙被认定为达赖三世的转世灵童，为达赖四世云丹嘉措。万历四十四年，明政府派来以索南罗追为首的使团，册封云丹嘉措为“普持金刚佛”。这个使团还带来了大量珍贵礼品。

　　由于明朝对藏传佛教高僧的崇泰，藏族喇嘛去北京、在京师一些寺庙长期住下，接受僧官封号的逐渐增多。仅明宣德十年，在京城各寺的法王、国师、喇嘛达690余名。慈恩寺、隆善寺、能仁寺、宝庆寺、护国寺等是当时藏族喇嘛最多的寺庙。而明武宗对藏传佛教的崇信到了偏爱的程度。明史记载，他“常服其服，诵习其经，演法内厂，”并在西华门内修建豹房，专供藏传佛教喇嘛演奏娱乐。当时在京城的藏传佛教法王“服食器用僭拟王者，出入乘棕舆，卫卒执金吾杖前导，达宦贵人莫敢不避路。”至使一些大臣与汉族僧人嫉妒不已。北京护国寺内的三道臧文碑和两道汉文碑说明了这一点。明朝皇帝对藏传佛教喇嘛高僧的优礼相待，是史无前例的。

　　清代，清政府对藏传佛教的崇信更进了一步。关于其中的原因，署名为曼苛的学者曾在1931年《国闻周报》上发表的《西藏神秘的宗教》一文中表达了如此看法：“推原此项政策，实为驾驭藩服之无上妙诀，西藏以宗教治世，其人民之背向即以寺院之意旨为转移，故清代自征服西藏以来，即广置寺院，推崇黄教，以信仰代征诛，以喇嘛制藏人……”

　　清代之初，顺治入关作了皇帝后，派人到西藏问候达赖、班禅，并在西藏寺熬茶、发放布施。

　　公元1652年，顺治又派使臣前往西藏，敦请五世达赖前往北京会晤。次年，五世达赖启程赴京，率领藏官伺从3000人。达赖行抵青海境内时，顺治皇帝派内务府大臣前往迎接，并由国库发给口粮。行至根协地方时，顺治皇帝赏给达赖乘坐金顶黄轿入京。这年的农历十二月十六日，达赖到达北京。在达赖到达北京之前，顺治帝召集满汉大臣讨论欢迎达赖的礼节。当时因外蒙古尚未“归顺，”故满族大臣主张皇帝出京城迎接；而汉族大臣却认为皇帝乃为天下国家之主，出城迎接不当……争执不决。后来顺治帝采取了折衷办法，以“畋猎”名义，出南苑与达赖作为路遇，顺便表示欢迎。

　　五世达赖到达北京后，住在特为他修建的黄寺里面。顺治帝在太和殿为达赖洗尘，并赏赐黄金550两，白银11000两，大缎1000匹。其他还有很多珠宝、玉器、骏马。

　　公元1653年，达赖启程返藏。临行时顺治帝亲赴南苑，在德寿寺内设宴为达赖饯行。并命和硕承泽亲王率八旗兵护送至代噶地方。

　　达赖行至代噶地方时，顺治帝又派礼部尚书罗郎丘、理藩院侍郎席达礼等赴代噶地方，送去顺治帝册封达赖的满、汉、蒙、藏四种文字的金册金印。金印的全文是“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛之印。”正式确立了达赖在西藏政治上的地位。