黄教的基本教义是宗喀巴奠定的。宗喀巴曾以隐语诗的形式宣布自己是阿底峡的继承者，他的思想体系也确实是对噶当派的发展。因此，当时组织涣散的噶当派寺庙和僧侣，先后改宗黄教，扩大了黄教在民间的影响，故有新噶当派之称。他从阿底峡的《菩提道灯论》出发，发展为《菩提道次第广论》，以此为中心教法，创显宗修习次第，立“三士道”，注重“出离心”、“菩提心”、“空性见”三要，最后以密宗为究竟，著《密宗道次第广论》，使密教修持规范化，在哲学理论上，以后期中观派为主，宗奉缘起性空之说，指导显密两教的修持，比其它教派的教义更加严密系统。
　　宗喀巴在其《缘起赞》中说，世间一切烦恼皆由无明起，只有懂得“缘起性空”的道理，才能克服“无明”，达到“明”（智慧），最后超出世间。因此。他将“缘起性空”作为全部佛教的“心要”。“缘起性空”也就成了黄教的认识论和世界观。
　　黄教把“缘起”与“性空”作为观察事物的两个相互依存、互有联系的范畴。一切事物都是因缘页起，和合而成，此即谓之“缘生”；“如果不是从缘起而生，任何事物都是无有”，此即谓之性空。“性空”的全称是“自性空”。“自性”指不依赖任何条件，永恒不变的实体。这样的实体，内外探求均不可得；实际所有的只是处于各种条件制约下、不断生灭的现象。因此，任何现实的事物既是“缘起”有，也是“自性”空，“缘起”与“性空”指的是对同一对象应该同时具有的认识。
　　“缘起性空”的理论为黄教的宗教出世修习和入世参政提供了根据。“缘起”中最根本的是“业感缘起”，即善有福报，恶有罪报，业力不失，因果轮回。因此，佛教应该是入世的。
　　拯救众生于苦海；但“性空”又强调一切都虚而不实，所以又可对社会不负责任，以至不拘俗法，放荡不羁。
　　黄教的修持，强调止观并重。但这与内地天台宗主张的“止观并行”在内容上有所不同。他们把瑜伽行派在修定中所要达到的“轻安”状态作为最高境界，认为以修止控制自己的心理活动，达到“心住一境”，即可获得身的“轻安”；修观在于“依止”如理思维，最后达到“心”与“理”的合一，可以获得心的“轻安”。所谓“轻安”，就是心身宁静安适的自勃感觉，有利于调节沉重烦躁紊乱的心绪。