永乐十七年（1419），宗喀巴去世。他的几个重要门徒以拉萨为中心，分赴各地传教，西至阿里，东至康区，北及安多，使黄教迅速传播开来。绛钦却杰（大慈法王）曾到内地和蒙古地方传法，在五台山修建了五座黄教寺庙。根敦主于1447年在帕竹政权桑主孜（日喀则）宗本的支持下，修建了扎什伦布寺。堆·喜饶桑布到后藏和阿里传教，在芒域（吉隆县）建达摩寺；其侄喜饶巴在阿里建敕巴寺，并将阿里托林寺归入黄教。麦·喜饶桑布于1437年在昌都建强巴林寺。喜饶僧格在后藏赛地修建一座专授黄教密宗的寺院，后又在拉萨修建举麦扎仓（下密院），其弟子贡噶顿珠另建举堆扎仓（上密院）。十五世纪中叶以后，黄教已形成了一个全藏性的、政治经济实力大大雄厚于其它教派的寺庙集团。
　　 黄教寺庙集团的形成，与它大规模地聚积财富，经济实力日益增长有直接关系。起初依赖世俗封建主的布施，像巨大宏伟的哲蚌寺，由内邬宗宗本建成，帕竹贵族赠送土地、农奴等作为基础寺产，以后不断有新的布施。黄教禁止娶妻生子，严格区分僧俗界限，所以寺庙经济也要自身直接经营，改变了以前诸教派在经济上同世俗领主紧密结合的状况，取得了寺院经济的完全独立。此外，黄教还有一个特点，它不单纯地归属于某一个地方势力，而是为各个地方势力敞开大门，任何封建主均可做它的施主，这就使它可能免于地方政治变化引起的动荡，使它的独立经济得到相对稳定的发展。这样，黄教寺院很快遍布藏区，并形成母子联寺制。
　　 以甘丹、哲蚌、色拉、扎什伦布四大寺为主寺，散布在全藏的其它大小黄教寺庙为属寺，建立起层层的隶属关系像母子一样，联结成一个比较严密的整体。母子寺经济上各有自己的寺属农奴、庄园，之间虽有一定的联系，但又相对独立；在行政上，子寺的堪布等要职，均需由母寺派出的僧官担任，或由母寺派出常驻代表掌权，组成了一个集中统一的、全藏性的教团体系。寺庙内部有严密的组织制度和寺庙法规，使其统一集中的团体体系得以维系和发展。
　　 寺庙法规中最重要的一项是采取活佛转世制度。它开始于宗喀巴的弟子根敦嘉措（1475—1542），目的是为了同噶玛噶举派和仁蚌巴、藏巴汗等政敌作斗争，保持自身的巩固和稳定，解决宗教法统和寺产的继承问题。结果是巩固和发展了寺庙的政治与经济实力，同时形成了以活佛为核心的、享有至高无上特权的僧侣贵族集团。
　　 黄教的急剧膨胀，和其它教派及地方势力的矛盾日益尖锐，从15世纪末到17世纪中叶，以噶玛噶举派、仁蚌巴、藏巴汗和漠北蒙古却图汗为一方，格鲁派、帕竹巴、青海蒙古土默特部和硕特部为一方，展开了长达一个半世纪的斗争。教争与政争交织在一起，形成了僧侣贵族同世俗贵族、蒙古贵族与西藏贵族间，有联合、有斗争，错综复杂的政治局面。
　　 早在根敦嘉措时候，格鲁派就向拉萨四周及康、青、阿里等地扩展，遭到噶玛噶举派的强烈反对。1481年，噶玛噶举派在仁蚌巴家族的支持下，在拉萨附近修建两座寺院，以遏制哲蚌和色拉两寺的势力。继之，仁蚌巴武力占领拉萨，规定黄教僧人路遇噶玛噶举派僧人，必须让路致敬；禁止黄教僧人参加每年的大祈愿法会；止贡噶举还用武力强迫若干黄教属寺改宗。但这并没有制止黄教在其它地区的急速发展。到素南嘉措活佛时，除继续依靠帕竹政权的支持外，于1578年5月间，与蒙古土默特部俺答汗在青海湖东的仰华寺会晤，双方律立了政治上的联盟。同年，双方互赠尊号，俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”；索南嘉措赠俺答汗“咱克喇瓦尔第彻辰汗”。索南嘉措曾向土默特部宣讲黄教教义，为它以后在蒙古民族中的广泛传播奠定了基础。万历八年（1580），索南嘉措得到西康土司的资助，在康区建造了理塘寺（春科寺），纳西族土司则赠他《甘珠尔》和《丹珠尔》。
　　 万历十一年（1583），俺答汗死，索南嘉措应邀参加葬礼，万历十二年，再次到达土默特。一路上讲经传教，许多蒙族皈依黄教。他在途经甘州时，曾给宰相张居正写信，表示效忠明王朝，为皇帝念平安经，同时说明他劝说俺答汗率部返回土默特的情况，请求明廷准许他定期朝贡等。这些活动为后来黄教求助蒙古统治者武力统治全藏作了准备。万历十四年（1586）在俺答汗葬礼举行时，中央政权遣使封素南嘉措为“朵儿只唱”（执金刚），并邀他进京。次年，在赴京途中病殁于卡欧吐密。
　　 索南嘉措死后一年，俺答汗之孙，苏密尔的儿子出生，被认定为索南嘉措的转世“灵童”，是为四世达赖云丹嘉措（1589—1616）。万历三十年云丹嘉措在土默特部蒙古军队护送下，进藏学经和坐床，翌年到达拉萨。蒙古族统治集团同黄教的关系日益紧密起来。
　　 从索南嘉措离藏到回世达赖来藏后的数十年中，噶玛噶举及其支持者藏巴汗，同黄教及其支持者帕竹政权，各自引进蒙古势力，展开了激烈的斗争。早在明嘉靖四十四年（1565），仁蚌巴阿旺儿扎的家臣辛厦巴才旦多吉，联合后藏的一些封建主，推翻了仁蚌迅的统治，自称藏堆杰波（后藏上部之王），汉文史料称为藏巴汗。后经三代征战，控制了卫藏大部。万历四十六年（1618），藏巴汗噶玛丹琼旺波推翻了帕竹政权，建立第悉藏巴政权（噶玛王朝）。与此相应，崇敬噶玛派的藏巴汗，多方压制黄教，“几欲根本灭除”。黄教面临失去帕竹支持的严重危机。四世达赖死后，藏巴汗“疑达赖诅咒，致感多病”，于是下令不准达赖继续转世，目的在于制造黄教集团分裂，切断黄教与蒙古势力的联系。万历四十五年（1617）和天启元年（1621），蒙古军队两次进藏，与第悉藏巴交战，扎什伦布寺主罗桑却吉坚赞（后追认为四世班禅）出面调解，藏巴汗不得不收回成命。另由罗桑却吉坚赞主持，与哲蚌寺上层喇嘛及蒙古土默特“拉尊”（对出身王族僧人的称谓）共同协商，确定山南穷结巴家族中的阿旺罗桑嘉措为五世达赖的转世“灵童”，天启三年（1623）被迎入哲蚌寺坐床。
　　 时五世达赖尚为幼童，黄教寺庙集团的实际领导人是罗桑却吉坚赞。他引进青海、蒙古土默特部击败藏巴汗，收回了被兼并的黄教寺庙、土地、庄园等，黄教势力有所恢复。不久，漠北蒙古喀尔喀部却图汗占领青海，征服了土默特部。支持藏巴汗和噶玛噶举。崇祯八年（1635），却图汗派其子阿尔斯兰率兵入藏，冀图消灭黄教，并说服察哈尔部的林丹汗由 支持黄教而改宗噶玛噶举派。但结果，阿尔斯兰受到贿赂，转而支持黄教，把噶玛噶举红帽系六世杀死在当雄，次年，却图汗将阿尔斯兰处死。1637年，由新疆进入青海的蒙古和硕特部固始汗消灭了却图汗。这样，青海地区就成了固始汗的势力范围，支持黄教发展。