固始汗本名图鲁拜琥（1582—1654），以英勇善战著称于蒙古诸部，曾被黄教的东科尔寺（在青海惶源县）和喀尔喀汗尊称为大国师，固始汗就是国师汗的转音。他在消灭却图汗之前，曾到拉萨与黄教领袖密谋消灭政敌的办法，决定共同派代表赴盛京（沈阳），和尚未进关的清政权取得联系，8年后（1639），清廷派人去见第悉藏巴和“掌佛法大喇嘛”，邀请西藏高僧前去传教。崇祯十二年（1639），固始汗出兵康区，消灭了信奉苯教、反对黄教的白利土司顿目多吉，十四年率军入藏，十五年（1642）攻陷日喀则，杀死第悉藏巴·丹琼旺布，结束了噶玛噶举控制的地方政权对卫藏地区24年的统治，黄教在西藏的优势地位从此得以确立。同年，四世班禅、五世达赖、固始汗以及西藏各派势力派人赴盛京，分别争取清廷支持。清太宗皇太极给予极高的礼遇，并给这些教派领袖一一回信。
　　 固始汗的军事政权，统治着青、康和整个藏区。他让他的十个儿子率部驻牧青海，在当雄驻扎八个旗的蒙古军队，自己坐镇拉萨。将庄园和农奴分封给有功的蒙藏贵族，同时任命为各级行政官员，五世达赖的第巴索南群培被任命为地方政权的第巴。把卫藏地区的赋税作为对黄教的供养赠给达赖喇嘛。此外，在前藏和德格地区分别建成13座黄教寺庙，扶植黄教的扩展。
　　 清顺治二年（1645），固始汗赠四世班禅罗桑却吉坚赞以 “班禅博克多”尊号，并将日喀则周围的土地拨归他管辖。四世班禅在当时复杂、危机的局势中，为拯救黄教并使之最终强大起来，起了巨大作用。“班禅”原是后藏用以简称学识渊博的高僧，“博克多”是蒙族对智勇双全英雄的尊称。班禅活佛的转世体系，也就从罗桑却吉坚赞开始。
　　 顺治九年（1652），清帝邀请五世达赖阿旺罗桑嘉措进京，礼遇异常殊厚，更特为他兴建黄寺，作为在京住所。翌年，顺治册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并赐金册、金印。同时遣使进藏封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，指示他“作朕屏辅，辑乃封圻”，要他给皇帝保卫边疆，把封给他的地区治理得平安和睦。这表明，清朝中央正式肯定了固始汗为领有西藏封地、掌握地方政权的王，承认达赖喇嘛为西藏的佛教领袖。
　　 顺治十一年（1654），固始汗病殁于拉萨，五世达赖的号召力逐步增大，黄教与和硕特蒙古的联盟日渐瓦解。五世达赖为黄教在政治上取得独占地位，和巩固封建农奴制度，他清查寺庙，规定僧人数额，确立寺院组织制度和经济制度，清查寺院属民，让寺属庄园向黄教寺庙集团交纳一定数量的实物地租；他还几次巡游各地，委任宗本，制定法规和服饰等级，以削弱蒙古汗王的势力。康熙十八年（1679），五世达赖任命桑结嘉措（1653—1705）为第巴，并安排了自己的权力继承人，1682年去世。但桑结嘉措密不发丧，利用五世达赖名义继续掌握教权，同时请求清廷封他为王，以取得与和硕特蒙古汗王分庭抗礼的地位。此外，他还加强了与新疆蒙古准噶尔部噶尔丹的联系，以牵制和硕特蒙古的力量。这样，黄教和代表世俗政权的拉藏汗（固始汗的第三代）间的矛盾愈演愈烈，直至兵戈相见。
　　 康熙三十六年（1697），清朝中央发觉了五世达赖去世被隐瞒一事，桑结嘉措受到严词责问，只得呈报事实真相，禀明转世“灵童”早已选定，并按宗教规程进行“供养”。是年十月，15岁的“灵童”在布达拉官正式坐床，这就是六世达赖仓央嘉措（1683—1705）。
　　 康熙四十二年（1703），在拉萨正月大祈愿法会上，桑结嘉措和拉藏汗双方部众发生冲突，拉藏汗被迫退出拉萨，组织兵力反击，于是战争爆发。中经休战，四十四年战事又起，桑结嘉措兵败被杀。拉藏汗把事情原委奏报清廷，康熙下令废黜仓央嘉措，解送京都，途中死于青海湖畔。此时拉藏汗扶植意希嘉措为六世达赖喇嘛，受到藏族内部及和硕特部汗王的反对。康熙了解此情况，于1713年遣使齎金册金印，封五世班禅罗桑耶歇为“班禅额尔德尼”。“额尔德尼”是满文，意为宝，这是康熙有意再扶植一个黄教领袖。康熙五十六年（1717），准噶尔部以武力占领西藏，杀拉藏汗，另立第巴，引起西藏僧俗的强烈不满，请求清廷中央出兵干预。
　　 康熙五十九年（1720），清廷派兵护送七世达赖喇嘛格桑嘉措（1708—1757）入藏，驱逐准噶尔军队，平定战乱，加强对西藏的直接治理。次年，清廷废除了第巴总管政事的制度，另设四噶伦总理地方行政事务。不久西藏各地贵族之间斗争又起，数数发生内哄和叛乱，于是清廷决定强化黄教寺庙集团的作用。雍正年间，先后多次调整达赖与班禅的地位，到乾隆十六年（1751），正式诏令七世达赖格桑嘉措掌管西藏地方政权。黄教寺庙集团由此开始掌政，噶厦政府归达赖喇嘛领导。噶厦政府的僧官系统和俗官系统也从这时逐渐发展起来，终于形成了一个在清廷直接管辖下、由僧侣和贵族联合专政、组织完整严密的西藏政教合一体制。它用神权支持政权，政权扩大神权，二者相互为用，成了制约西藏地方发展的重要因素。