13世纪中叶，在元朝中央政权的直接管辖下，西藏结束了数百年的分裂割据局面，进入了一个相对稳定的历史时期，封建农奴制得到了巩固和发展，各僧俗领主对其土地和属民的封建关系，通过中央王朝的政令被固定下来。元朝扶植萨迦地方政权，分封十三万户，统由萨迦节制，形成由中央到地方的各级行政管理体系。14世纪下半叶，明王朝基本上承袭了元代对藏区的制度和措施，但不采取元朝单一扶植某个教派的做法，而是“多封众建以分其势”，对有影响的佛教各派首领均加封号。最高的封号是“法王”，如永乐五年（1407）封噶举派得银协巴为“大宝法王”，永乐十一年（1413）封萨迦派昆泽思巴为“大乘法王”，宣德九年（1434）封黄教释迦也失为“大慈法王”；次等封号是“王”，如“赞善王”、“护教王”、“阐化王”、“阐教王”、“辅教王”等；其下还有大国师、国师、禅师等名号。此与同时，明朝还设立茶马司，专管藏汉两族间的茶马交流，民间的商业往来也相应发达。这些措施既有利于中央对西藏的统治，也有利于西藏政治、经济和宗教的活跃与发展，西藏与内地的联系，在多方面得到加强。据《明史》记载，15世纪60年代藏区朝贡人员一次就达3、4千人。他们把藏区的牲畜、皮毛、药材、藏香、铜佛等土特产和手工艺品带到内地，把内地的金银、绸缎、市疋、各种生产工具等运回藏区。
　　从西藏社会本身看，到14世纪，萨迦派势力渐衰，帕竹等地方实力集团之间，战争频起。帕竹·绛曲坚赞由山南起兵，1348年灭前藏蔡巴，1350年灭止贡等万户，1354年攻下萨迦寺，控制了后藏大部，建立了帕竹地方政权。元中央承认了这一地方政权，顺帝加封绛曲坚赞为大司徒，并准予世袭。帕竹政权为加强自己的政治。经济和宗教实力，除大力争取中央王朝的支持外，对内还实行了许多新政。首先，将“谿卡”分封给有功的贵族，使封建等级制度进一步完整起来；同时整修4个旧宗（城堡），新建13个宗，确立以“宗”为单位的行政组织，设兵镇守。他还注意发展生产，整修驿路交通，植树造林，饲养家畜家禽，奖励开荒等。又造农奴制法典《十六法》，强化集中统一的统治。这些措施为帕竹近百年的政权打下了基础。格鲁派就是在帕竹统治集团积极支持下产生并发展起来的。
　　从西藏佛教内部看，元代给予僧侣许多特权，随着萨迦派的衰落和各教派积极参与世俗的政治、军事斗争，使喇嘛们更加飞扬跋扈，为所欲为。他们占有大量财富，过着荒淫糜烂的生活，甚至借修持“密法”为名，霸占民女，残害农奴。宗教史籍也承认：“寺院僧侣，尽同俗装”，不习经典，“乱受灌顶”，“不知戒律为何事”。到14世绍后半期，西藏佛教已普遍呈现“颓废萎靡之相”，在人民群众中已经丧失了必要的号召力，从而也失去了实行精神统治的功能。统治阶级急需要一个新教派来取代；对于长期生活在宗教气氛中一般民众而言，他们厌恶的只是那些横行霸道、腐化堕落的僧侣，并没有放弃他们的传统信仰，因此，他们也渴望能有一个“纯正”、“清净”的新教派出现。