萨迦派的派名，是来源于萨迦寺名。萨迦寺是公元11世纪时衮却杰布所创建。衮却杰布(1034－1102)是吐蕃贵族昆氏的后裔。初学旧派法门，后往莫古隆，依卓弥·释迦耶协大译师学法，不久又去往依桂·枯巴拉孜已得新译密乘法要的传授，尚不满足，又往莫古隆请求卓弥传授《道果语教宝法，卓弥为他分期传授。四十岁时，在奔波日山灰白土上建立寺院，灰白土藏语为萨迦，遂名萨迦寺。他住持该寺广传新派密法，但当时萨迦派的派名还不显著。
　　衮却杰布长子名衮噶宁布(1092－1158)，又称萨钦。他是住持萨迦教法的法座第一人，但他并未出家，衣白衣，故认他为白衣初祖。父死时年尚幼，遂请八日译师 (1040－1111)住持萨迦寺，并依之学法。十二岁时依仗底·达玛宁布和琼·仁钦扎等学习对法、中论、因明等显教经典，从朗·卡乌巴昆仲学《密集》、《胜乐》、《大黑天》等密法，后在向敦·却八大师处尽学《道果法门》。此后印度成就大德毗瓦巴亲来萨迦为其传道果法，总传有十三种续部要门，别传以十四种不出寺围之金法。他后来传弟子康巴·阿森，阿森笔之以书，名为《阿森玛》。由于他掌握了甚多显密教法，遂称为一切显密法之教主。住持萨迦寺四十八年，弘扬萨迦派法，有弟子甚多，派名大著。寿六十七岁圆寂。
　　萨钦有四子，长子早夭，次子锁南孜摩为萨迦五祖中之白衣第二祖(1142－1182)，幼年从卡乌巴·却季僧格等先学显教之龙树中观和慈氏五论。至十六岁时即透彻通达一切续部要门，继承家传《亲口教宝》法门，并为众多弟子讲授，从学者众，门庭颇为兴盛。
　　三子扎巴坚赞，系五祖中的白衣第三祖(1147－1216)。从降森·达瓦坚赞大师受勤策戒，不茹荤酒，严持戒律。十二岁时从父萨钦听法甚多，得近传的道果讲解。二十六岁继承法座年七十圆寂。他的心传弟子即降仰萨班。萨班即萨迦班智达之简称，本名衮噶坚赞，系五祖中的红衣第一祖(1182－1251)。为扎巴坚赞弟白钦沃布之子，十五岁以前即从伯父扎巴坚赞完全学得萨迦所传的一切显密教法，从克什米尔班钦学《金刚歌》，从宿敦、粗敦、玛甲·绛尊等学弥勒法、量论。从喀什班钦授比丘戒，又从其弟子僧迦室黎等学声明、诗学，博通一切大小五明，遂有班智达之称号。曾造《理藏论》和《三律仪差别论》驳斥邪说。驻守西凉的阔端王闻其名，将其迎至西凉州议定西藏归入祖版图之事，七十岁圆寂于凉州。
　　其弟桑查·索南坚赞(1148－1239)幼从萨班学习各种显密教法。他善于世务，对扩建萨迦寺庙，为昆氏家族营置私产颇竭心力。五十六岁去世，其长子即八思巴帝师。
　　八思巴本名罗朱坚赞系萨迦五祖中的红衣第二祖(1235－1280)。幼从萨班受沙弥戒，从其叔尽学萨迦派一切显密教法。十七岁随萨班到凉州。十九岁时即为元帝忽必烈传授《喜金刚》大灌顶，二十岁时受比丘戒，二十六岁时被忽必烈封为帝师，并令统率卫藏十三万户。有弟子甚多，四十六岁圆寂。
　　萨迦派在元代时颇为得势，族系分支又多，建立若干分院。后来由于互争权力渐渐衰微，法座嗣承无力，不能弘兴教法。后由其傍系法嗣继承住持萨迦教法。其中最有名的住持显教者则有雅、绒二人，住持密乘者有鄂、宗二人。
　　雅为雅楚·桑结白，公元14世纪时人，为雅茹之养子，故名雅楚，他是尊追白的弟子。他的弟子最有名之为绒敦·马畏僧格(1367－1449)，他在前藏澎波地区建那烂陀寺，以十大经论立宗辩论，讲说六十四部教典，并造四十部经论著述，从此造就的佛学人才不少。他的弟子达布·扎西朗吉，师死后继承那烂陀寺法座。
　　雅楚又一弟子绛钦·然绛巴·桑结培(1411－1458)，1449年建哲域纪泽寺，创兴辩论学规，使晚期萨迦的教法大为振兴起来。1473年桑结培弟子果让巴·索南僧格，在后藏南木林县建吐丹朗杰寺；桑结弟子班钦·邦查松巴建宁悦甲雄寺；弟子德顿巴·丹巴绕赛建热瓦麦寺；弟子衮噶却桑和其弟子建却柯伦布寺等等。其所建皆是法相学院。学成后授以“然绛巴”学位名号，也是由桑结培所创兴的。
　　又绒敦弟子释迦乔丹(1428－1507)在后藏日喀则南建土丹色多坚寺。孟推鲁珠的《佛教大事记》中又提出住持萨迦显教教法的雅、迅二人。雅即楚·桑结白，迅则指的是仁达瓦·迅努罗朱(1349－1412)。此人曾为宗喀巴和甲曹吉之师，在萨迦显教观点中他持应成派的中观见，他的著述有：《中观根本颂》、《入中论》、《四百论》、《大乘宝生论》《俱舍论》、《吉祥密集续经》等的经论注疏约十余部。
　　萨迦派住持密教的有鄂、宗二人。鄂即鄂巴衮噶桑布(1382－1456)，为喇嘛当巴索南坚赞(1312－1375)的弟子白丹楚逞，白丹弟子佛陀室利，室利弟子即鄂巴衮噶桑布。鄂在1429年建艾旺却丹寺，作为专门弘扬密乘的道声。他曾讲《道果》八十三遍，传《金刚曼》灌顶六十余遍，其所传之灌顶、教敕、要门等我至不可胜计，他终身守持戒律，传授具足戒者过万人，七十五岁去世。弟子中最为上首者有沫钦·衮乔坚赞(1388－1469)、绛钦·然绛巴·桑结培、果让巴·释迦乔丹、邦查松巴·衮噶却桑多人。鄂对他人未曾宣说之《道果》心果，皆秘传与衮乔坚赞，从此讲授《道果法门》的风规，遂有“对众说”和“对徒说”之分。鄂巴一系则传持道果对徒说讲规，由衮乔坚赞、衮却伦珠、塔孜巴·南喀白桑、朱康巴·白丹顿朱等法嗣，次第相承，这一传承系统则为鄂系。
　　宗巴前后有两人，前者是喇嘛当巴传弟子宗穹巴·安羌·陀罗尼室利。宗传吉·桑布坚赞、坚赞衮乔、格瓦桑布等。坚赞衮乔弟子沫舍巴·多吉坚赞，此派传持《道果》对众说的讲规，一脉相承，则称为前宗巴派，或名沫舍系。
　　后宗巴系，即由喇嘛当巴的另一弟子大乘法王衮噶扎西(1349－1425)所分出。扎西传宗巴·衮噶坚赞和扎托巴·索南桑布等多人，扎托巴传心传弟子吐敦·衮噶南杰。衮噶南杰(1432－1496)初从降巴林巴受比丘戒，在前藏贡噶县建贡噶多吉丹寺，创立各种曼荼罗仪轨，法事实修次第，弘扬萨迦派显密教法，自成一系称为后宗巴系，或称贡噶系。
　　又有一派系由刹钦·罗赛嘉措(1494－1566)所创建。罗赛从多仁巴·衮桑却季尼玛及达钦·罗朱坚赞广学鄂、宗二系所传萨迦不共教授，并获鄂、宗等所特有之萨迦家传的嫡系耳传，遂将萨迦派各种不同教流总汇成一大海。其弟子有降仰钦则旺秋、孟推·罗朱嘉措、安羌·锁南群培、堪钦·娄松巴、博克巴·强巴顿朱坚赞等多人。五世达赖(1543－1588)亦曾从他学萨迦道果和十三种金法。其它能主持刹派耳传教授之人亦复不少，从刹钦传出极密对弟子说的要门自成一系，后来遂称为刹系。