萨迦派得名于该派主寺萨迦寺，并因该派寺院围墙上涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色图案，故又俗称“花教”。北宋神宗熙宁六年（公元1073年），昆·贡却杰布（公元1034-1102年）于后藏萨迦地方建成萨迦寺，从这里发展出萨迦派。昆·贡却杰布的先祖昆·鲁旺布传为吐蕃赤松德赞时期藏人最早出家的“七觉士”之一，从昆·鲁旺布起，至贡却杰布之兄喜饶崔臣，昆氏家族世代信佛，主要信奉宁玛派，至贡却杰布，改学新派密乘，他向卓弥译师释迦益希（公元993-1074年）学习道果教授，并世代相伟，成为该派在见修方面的根本法门。萨迦寺建成后，采取寺主由家族家传的血统传承方法。贡却杰布死后，其子衮噶宁布（公元1092-1158年）住持萨迦寺。他佛学造成诣颇深，使该派主要弘扬道果教授等显密教法系统化，确立了该派体系，把萨迦派真正发展起来，因此被称为“萨钦”（萨迦派大师），尊为“萨迦五祖”的首祖。衮噶宁布有四个儿子，长子贡噶拔因学经死于印度摩揭陀国。次子索南则摩（公元1142—1182年），汉译作“福顶”，除向其父学习萨迦派法要外，曾向噶丹派名僧桑浦寺第六任堪布恰巴却吉僧格（法狮子）学习显密专教法11年，是为萨迦二祖。三子扎巴坚赞（公元1147-1216年），汉译作“称幢”。13岁时被其史委为萨迦寺座主，是为萨迦三祖。四子贝钦沃布娶妻延嗣，生有2子，长子衮噶坚赞（公元1182-1251年）汉译作“遍喜幢”，学富五明，精通显密，于克什米尔大班乔达释迦师利尊前受比且戒，一般通称“萨迦班智达”，简称“萨班”。公元1247年，萨班应请在凉州与阔端会面，劝导西藏僧俗上层各界归顺元朝，为祖国统一做出过重要贡献，同时也为萨迦派了得了它在卫藏地区的政治、宗教领袖地位，是为萨迦四祖。萨班之弟桑擦索南坚赞，生子罗哲坚赞（公元1235-1280年），汉译作“慧幢”，传他“3岁能诵咒语，8岁能背《本生经》，9岁时能为人讲经，又生于名族”，故时人称他为八思巴，意为“圣者”。八思巴与其弟恰那多吉随伯父萨班去闵州（今甘肃武威），后来被忽必烈尊为帝师，领总制院事，统领天下释教，在西藏建立萨迦派政教合一的地方政权，并奉命创制蒙古新字，一度颁行全国，在元王朝的支持下，萨迦派盛极一时，是为萨迦五祖。以上萨迦五祖中，衮噶宁布、索南则摩、扎巴坚赞3人仅受居士戒，未曾受过出家戒，身着白色俗装，故称“白衣三祖”；萨班衮噶坚赞和八思巴出家持戒，管理政教，身着红色袈裟，故称“红衣二祖”。
　　八思巴之后，到大元罗哲坚赞（1332-1364年），又有七任（或云九任）萨迦寺座主。在此期间，元朝为加强西藏地方行政建设及管理，于萨迦设置西藏地方三路十三万户长官“本钦”，通称“萨迦本钦”。首任本钦释迦桑布由八思巴提名举荐，经元世祖忽必烈批准任命，后成定制。从释迦桑布至旺宗，历20任本钦，萨迦派在西藏实行政教合一统治凡91年。元朝中期以后，萨迦派随着蒙古皇室统治力量的衰落，在西藏的声望地位低落下来，元末被新兴起的帕竹地方政权取而代之。公元14世纪初，出身于萨迦昆氏家族的大元帝师衮噶罗哲坚赞（公元1299-1327年）把萨迦寺分为希脱、仁钦岗、拉康、丁却四个拉章，分给四兄弟，萨迦派遂由统一施政而分裂。希脱、仁钦岗、拉康三拉章传数代后绝嗣。丁却拉章后又分为上下两院，下院的后裔晓仲在清康熙年间因与藏王拉藏汗不和，逃来青海，后裔亦断绝。唯上院的血统不断，沿袭萨迦法王，直到公元20世纪50年代西藏民主改革前。
　　萨迦肖除血统传承外，尚有法统传承。法统传承的绍继者，在显宗方面主要有雅周·桑杰伯和绒敦·麻维僧格，称“雅、绒二师”；在密宗方面主要有俄巴·衮噶桑布和宗巴·衮噶南杰，称“俄、宗二师”。雅、绒二师中的雅周·桑杰件学经于萨迦寺和泽当寺，晚年常住萨迦寺，讲经授秆。绒敦·麻维也纳僧格（公元1367-1449年），是雅周·桑杰位的弟子，出生于今四川省金川地方的一个本教徒家庭，18岁入藏，于桑浦寺学习显宗经典，27岁起师事雅周，系统学习萨迦派的显崇教义和各种佛事仪轨，也曾向明朝封为大乘法王的贡噶扎西（明史作昆泽思巴）学习过萨迦派密法。明宣德十年（公元1435年），他在西藏拉萨北部的彭域地方建成那兰托寺，正统十四年（公元1435年），他在西藏拉萨北部的彭域地方建成，正统十四年（公元1449年），又在今锡金境内建成结蔡寺，以后又从这里发展出5个支寺。这些寺院都按照萨迦派的规矩讲授经论，是晚期萨迦派的重要讲经寺院，绒敦著有《量决定论疏》等，以讲授《现观庄严论》、《般若经》等显宗经论著称，有不少弟子，其中许多人后来改信了格鲁派，密宗方面的俄、宗二师系统，均传自八思巴的侄孙喇嘛丹巴索南坚赞。其中，俄巴·衮噶桑布（公元1382-1456年），萨迦人，曾任萨迦寺堪布。明宣德四年（公元1429年），他在后藏那塘寺和丰鲁寺之间仿南的俄尔地方创建艾旺却丹寺，后来通称俄尔寺，是西藏传播萨迦派密法的重要场所，在青海有许多属寺，较有影响；宗巴·衮噶南杰（公元1432-1496年），亦称“图敦”，明天顺八年（公元1464年），他于前藏贡噶宗境内创建多吉丹寺，后来通称贡噶寺，这是萨迦派晚期在前藏传播密法的重要场所。除上述显密专教法方面军的主要绍继者外，公元14世纪后半叶，萨迦派晚期在显密方面还有过一些出名人物，其中以仁达瓦最著名。仁达瓦，法名循奴罗哲（公元13349-1412年），后藏萨迦和拉孜二地交界地带的仁达地方人，他博通显密，在西藏佛教史上是介于布顿·仁钦珠和宗喀巴大师之间的一位重要人物。他苦心钻研中观学说，对月称的《入中论》、《中论明句论》等研习颇深，写有不少著作和注疏，由于他的努力，中观学派的哲学思想在西藏再次弘传，并在佛教界居于重要地位。他又是宗喀巴大师在显宗方面的主要师长之一，对后来格鲁派的形成有过重要影响。萨迦派在密宗方面后来有影响的人物学有擦尔钦·罗赛嘉措（公元1494-1566年），他先在扎什伦布寺为僧，后业改学俄、宗二师及其它上师所传萨迦派密法，是萨迦派密法的集大成者，在公元16世纪的西藏宗都办颇有声名，相传三世达赖和五世达赖喇嘛都向他或他的后辈学习过萨迦派密法。擦尔钦·罗赛嘉措常住萨迦以西、拉孜以南茫喀地方的图丹根培寺，从学弟子众多，形成一个传承，称为萨迦派的擦尔去派。
　　萨迦派的教义中，最主要的是道貌岸然果教授，也叫道果法，以修欢喜金刚二次第道及共支分为主要内容，系由龙树传出。但学者们的解释多有分歧，龙树一派对此摄为“最初舍非福，中断于我执，后除一切见，知此为智者”，是对道貌岸然与果的基本概括。这种见解，虽称萨迦派的不共法，但仍建立在显密两种次第的关系上，与其它各派的教授大体相似。在见修方面，萨迦派诸师多不一致，如萨班、绒敦等很多人持中观自续派见解，后来转成觉囊派的他空见；也有的持大圆满见解。萨迦派的法门，有所谓不越寺墙的十三金法，包括空行三类、大红三类、小红三类、长寿金刚天女、戏财神、狮面母和黑文殊等修法。上外，尚有属于新法的金刚灌顶、修法海论、龙树所传集密、佛智所传集密、时轮金刚、喜金刚四教敕、胜乐金刚卢那直三法、红黑畏怖三种阎曼德迦等修法；属于旧法的有清净父法和金刚橛修法等。护法类主要有帐明王、四面明王、尸林主白则、金刚橛护法等。