萨迦派兴盛时，广泛传播到卫藏康区、安多等广大藏区以及蒙古和汉族地区，建有不少寺院，最著名的有西藏的萨迦 寺和康区的更庆寺。萨迦寺位于今后藏萨迦县仲曲河岸，为该派主寺，原由位于仲曲河南北的二寺组成。北寺即昆·贡却杰布所建，由此形成萨迦派，已毁。南寺始建于元世祖至元六年（公元1269年），由萨迦本钦释迦桑布奉八思巴旨意仿西藏吉热寺式样而建，据载寺墙高厚，东西长约166米，南北宽100米，四角置碉堡，四面有门楼，寺周有人工河围绕。现仅存主殿，名拉康钦莫，共3尼，高11米多，面积5500平方米，有40根粗大的贺柱，殿墙绘有各种壁画，反映当年建寺经过以及绘有萨迦派历代祖师、高僧图像和一些佛教故事，密宗坛城等的画面。殿内供奉着该派主要佛像，存有玉钟、玉板以及中国历代王朝所赐瓷器、法衣、盔甲等文物。殿后为藏经库，藏有四万多卷经籍和一部分贝叶经。其中一万多部经典是领先思巴时期用金、银、朱砂叶和墨汁清工写成的。正殿中还收藏有数以百计的画卷，记载着萨迦发展的历史，为西藏珍贵的古代艺术品。因该寺藏有丰富的经书和画卷，故有“中国第二敦煌”之称。更庆寺，亦称“伦珠顶寺”和“德格大寺”，为萨迦派在康区的主寺，在今四川德格县城，始建于正统年间，历来由德格土司的长子任寺主，掌管教权，为土司家庙之一。公元1958年宗教制度民主改革前，有寺僧630多人，下辖德格龚垭、嘎冷、银南、温根、门扎、柯洛洞诸寺及西藏江达燃灯寺。该寺初创于清雍正七年（公元1729年）的印经院，通称“蒙古族文化宝库”，印经院共藏有各类经版23万多块，其中各类佛教经典100部，经版15000块；医学、天文、历算、文学、艺、历史、语法及综合类藏书737曾，经版近22万块；各种佛像画版150多块。不少珍本、孤本尤为为世人瞩目。该院所印清代刻所印经书不仅流行国内广大藏区，而且远销印度、日本、尼泊尔、东南亚和欧美各国，对保存和传播藏传佛文化起过和继续起着重要作用，被国务院确定为全国重点文物保护单位。